| 研究課題/領域番号 |
15K14435
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| 研究機関 | 京都大学 |
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研究代表者 |
古賀 章彦 京都大学, 霊長類研究所, 教授 (80192574)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | 塩基配列 / バイオテクノロジー / 反復配列 |
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| 研究実績の概要 |
縦列反復配列（特定の配列の繰り返し）の塩基配列の決定で、既存の方法では、高い正確性は期待できない。シーケンスリード（素データとなる短い配列）をつないでコンティグ配列（長い領域に渡って予想される配列）を組む際に、ほぼまたは完全に同一の配列が頻出し、つながりの判定が困難であるためである。研究代表者は、テンプレートに人為的に変異を導入することでつながりの判定を容易にすることを考案した。この過程を組み込んで、縦列反復配列の塩基配列を正確に決定する方法を開発することが、本課題の目的である。
人為的な変異の導入には、DNA修復に関する遺伝子に欠損があって塩基置換を起こしやすいバクテリア株を、使用する。このバクテリアをホストとして、調べるべきクローンを挿入したプラスミドを複製させた後、プラスミドを回収する。本課題の目的のためには、培養の間に導入される変異の量が、コンティグ配列の作成に最低限必要な程度となることが必要である。それを超えると最終的な結果の信頼性が下がるためである。平成２７年度は、そのような条件を選定するための作業を行った。種々の培養温度や培養時間でクローンを回収し、一部について塩基配列を調べた。これを繰り返して、条件を徐々にせばめた。年度末の時点で、条件がおおまかに絞られたという状況にある。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
２年の期間のうちの１年目は条件の検討に費やすことを、当初から予定している。この予定のとおりにすすんでいる。
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| 今後の研究の推進方策 |
次年度は、条件をさらに絞り込んだ後、これを実際のクローンに適用してクローン全域の塩基配列を調べることを、予定している。同時に、既存の方法での測定も行い、正確さをを比較する。新規方法が正確さで勝っていれば、本課題の目的の達成となる。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
実験法の向上には常に注意を払っており、不要な工程を省く、薬品をより少量ですませるなどの工夫を、重ねている。時間と労力と資金を効率よく使うためである。この効果があり、資金に剰余が生じた。
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| 次年度使用額の使用計画 |
次年度の作業で想定外の停滞が生じることは、十分にあり得る。そのような場合に、追加で必要になる作業に使用する。
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