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dCas9をGfap遺伝子プロモーターに結合させる数種のコンストラクトを成熟神経幹細胞に導入したところ、dCas9の結合が転写開始点に近づくほど遺伝子発現が低下することが明らかとなった。以上の結果から、enChIP法をエピジェネティクス修飾誘導因子の探索に用いる場合、転写開始点近傍に結合するタンパク質の探索には不向きであることがわかった。しかし、本研究課題の中で、enChIP法が非常に高い領域特異性をもっていることも得られたことから、標的とする領域がプロモーター領域外や転写開始点から離れた領域である場合においては、結合タンパク質群の探索に十分に有効であることが示唆できた。
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