| 研究課題/領域番号 |
15K14593
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| 研究機関 | 大阪大学 |
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研究代表者 |
宮澤 清太 大阪大学, 生命機能研究科, 助教 (10377905)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | 模様パターン |
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| 研究実績の概要 |
種間交雑・遺伝子浸透といった網状進化に関連する事象が、環境への適応や新たな形質の獲得など生物進化の過程において一定の役割を果たしてきたことが近年徐々に明らかとなってきている。動物体表にはさまざまな模様パターンが見られ、これらは交配選好や擬態等、適応的にも重要な形質であるが、新奇の模様パターンが獲得されるメカニズムについてはまだよくわかっていない。我々の先行研究における数理モデルの検討から、複雑で擬態的な「網状模様パターン」が「網状進化」によって生じ得るという仮説が導かれている。本研究では、網状模様パターンを持つ動物種とその近縁種との間で比較ゲノム解析を行うことで仮説を検証し、網状進化という新たな視点から模様パターンの多様性と進化をとらえなおすことを試みている。本年度は、硬骨魚類の中で網状模様パターンをもつ生物種のうち、トラフグ属、モヨウフグ属、サケ属、イワナ属、タイセイヨウサケ属に属する複数種について、斑点模様をもつ近縁種と合わせ、次世代シーケンサを用いたゲノムリシーケンス解析、RNA-seq解析を行った。このうちいくつかの種についてはリファレンスゲノムへのマッピング率が極端に悪いか、そもそもリファレンスゲノムが存在しない状況であったため、ドラフトアセンブリの構築も試みた。これらのドラフトゲノム配列に対して再度マッピングを行ったところ、極めて高いマッピング率が得られた。以上により得られたデータを用いた比較ゲノム解析について、現在進めているところである。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初計画で予定していた研究対象生物種のうち多くについてサンプル収集に成功している。またゲノムリシーケンスやRNA-seq解析についても進めることができており、総じておおむね順調に進展していると認識している。
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| 今後の研究の推進方策 |
当初計画で予定していた研究対象魚種のうち未収集のものについてサンプル収集を進める一方、これまでに次世代シーケンスで得られたデータの解析を進めていく予定である。また、当初計画で研究対象としていた魚種のうち一部の属について、本研究の研究機関開始後、極めて興味深い新種が新たに発見、記載されたため、当該種についてのサンプル収集およびDNA解析を追加で行う予定である。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
本研究の当初計画で研究対象としていた魚種のうち一部の属について、本研究の研究機関開始後、極めて興味深い新種が新たに発見、記載されたため、当該種のサンプル収集およびDNA解析を追加で行う必要が生じ、研究計画の見直しが必要となった。また、当該サンプルの入手に時間を要したため、DNA解析を次年度に行う必要が生じた。
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| 次年度使用額の使用計画 |
当該新種について、サンプルの収集および次世代シーケンサを用いたDNA解析を行うために使用する予定である。
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