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2016 年度 実績報告書

無脊椎動物を用いた哺乳類の個体群調査法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 15K14604
研究機関京都大学

研究代表者

半谷 吾郎  京都大学, 霊長類研究所, 准教授 (40444492)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
キーワード個体数調査 / iDNA / 哺乳類 / DNAバーコーディング
研究実績の概要

捕獲の難しい野生動物では、遺伝子試料は、従来糞が用いられてきた。しかし、糞に含まれるDNAは少量で、増幅阻害物質を含むため、実験で困難を伴う。吸血性の動物、糞食・腐肉食性の無脊椎動物に含まれる、脊椎動物由来のDNA(iDNA)は、個体群の遺伝的モニタリングにかかわる困難を一挙に解決してくれる、有望な試料である。
本研究の目的は、長年哺乳類の個体数調査を行っている屋久島上部域で、吸血性動物、糞食・腐肉食性の無脊椎動物を採取し、そこに含まれている哺乳類由来のDNAを増幅して、哺乳類に関する様々な遺伝的情報を収集する方法を確立することである。
2年間の研究期間中、2回の個体群調査を行い、合計で805匹のハエと、100匹のヒルを採取した。ヒルのうち、一部は解剖して消化管を取り出し、のこりはそのまますりつぶしてからDNAを抽出し、哺乳類のバーコード領域を増幅して遺伝子配列を解読した。その結果、消化管を取り出した試料では、80%以上で解析に成功し、すべてシカの配列だった。一方、そのまますりつぶした試料では、増幅の条件により異なるが、30%程度しか解読できなかった。ほとんどがシカだったが、イヌの配列も確認された。屋久島での哺乳類の分布調査の結果と比較すると、ヒルはシカを選択的に採食していることがわかり、ヒルは、調査域内の哺乳類についての情報をまんべんなく収集するよりは、シカという特定の動物について詳しい情報を得るのに有益な動物であると考えられた。イヌのような、ごく生息数の少ない動物の存在を明らかにできることも分かった。
これら無脊椎動物由来の遺伝子試料を、従来から用いられてきた糞由来の遺伝子試料を比較する目的で、屋久島で採取したシカの糞からのDNAの抽出、解析も行った。新鮮な糞はほぼ間違いなく遺伝的な性判別ができる一方で、排泄後半月以上経過した糞では、まったく遺伝的性判別ができなかった。

  • 研究成果

    (13件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (4件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Factors affecting leaf selection by foregut-fermenting proboscis monkeys: New insight from in vitro digestibility and toughness of leaves2017

    • 著者名/発表者名
      Matsuda I, Clauss M, Tuuga A, Hanya G, Yumoto T, Bernard H, Hummel J
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 ページ: 42774

    • DOI

      10.1038/srep42774

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 屋久島のニホンザル生息状況の過去20年間の変化2017

    • 著者名/発表者名
      宮田晃江、好廣眞一、高畑由起夫、萬田正治、古市剛史、栗原洋介、早石周平、半谷吾郎
    • 雑誌名

      霊長類研究

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Species Richness and Distribution of Primates in Disturbed and Converted Forest Landscapes in Northern Borneo2017

    • 著者名/発表者名
      Bernard H, Bili R, Matsuda I, Hanya G, Wearn OR, Wong A, Ahmad AH
    • 雑誌名

      Tropical Conservation Science

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • DOI

      10.1177/1940082916680104

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Draft genome sequences of Sarcina ventriculi isolated from wild Japanese macaques in Yakushima island.2016

    • 著者名/発表者名
      Ushida K, Tsuchida S, Ogura Y, Hayashi T, Sawada A, Hanya G
    • 雑誌名

      Genome Announcements

      巻: 4 ページ: e01694-15

    • DOI

      10.1128/genomeA.01694-15

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Seasonal and inter-island variation in the foraging strategy of the critically endangered Red-headed Wood Pigeon Columba janthina nitens in disturbed island habitats derived from high-throughput sequencing.2016

    • 著者名/発表者名
      Ando H, Setsuko S, Horikoshi K, Suzuki H, Umehara S, Yamasaki M, Hanya G, Inoue-Murayama M, Isagi Y
    • 雑誌名

      Ibis

      巻: 158 ページ: 291-304

    • DOI

      10.1111/ibi.12345

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Seasonally consistent small home range and long ranging distance in Presbytis rubicunda in Danum Valley, Borneo.2016

    • 著者名/発表者名
      Hanya G, Bernard H
    • 雑誌名

      International Journal of Primatology

      巻: 37 ページ: 390-404

    • DOI

      10.1007/s10764-016-9907-z

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Frugivore assemblage of Ficus superba in a warm-temperate forest in Yakushima, Japan2016

    • 著者名/発表者名
      Hamada A, Hanya G
    • 雑誌名

      Ecological Research

      巻: 31 ページ: 903-911

    • DOI

      10.1007/s11284-016-1398-z

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 屋久島に生息するニホンザルの高順位個体は採食競合による利益を得ているか2017

    • 著者名/発表者名
      栗原洋介, 半谷吾郎
    • 学会等名
      日本生態学会第64回大会
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2017-03-15 – 2017-03-19
  • [学会発表] 屋久島山頂部におけるヤクシマザルの季節移動2017

    • 著者名/発表者名
      本田剛章, 半谷吾郎
    • 学会等名
      日本生態学会第64回大会
    • 発表場所
      早稲田大学
    • 年月日
      2017-03-15 – 2017-03-19
  • [学会発表] 屋久島海岸域に生息するニホンザルにおけるエネルギー収支の季節変化2016

    • 著者名/発表者名
      栗原洋介, 半谷吾郎
    • 学会等名
      第32回日本霊長類学会大会
    • 発表場所
      鹿児島大学
    • 年月日
      2016-07-15 – 2016-07-17
  • [学会発表] ボルネオ島・ダナムバレーのレッドリーフモンキーの遊動パターン2016

    • 著者名/発表者名
      半谷吾郎、Henry Bernard
    • 学会等名
      第32回日本霊長類学会大会
    • 発表場所
      鹿児島大学
    • 年月日
      2016-07-15 – 2016-07-17
  • [備考] 半谷吾郎

    • URL

      http://www.pri.kyoto-u.ac.jp/sections/ecolcons/hanya/

  • [備考] ヤクザル調査隊公式サイト

    • URL

      http://www11.atpages.jp/yakuzaru/

URL: 

公開日: 2018-01-16  

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