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裸子植物の葉緑体ゲノムは父性遺伝することから，葉緑体DNAマーカーは森林遺伝・育種・生態学的研究において必要不可欠である。しかし，葉緑体ゲノムにおける塩基配列変異のほとんどは，1塩基SSR（ホモポリマー）変異である。このため，1塩基の繰返し数を高精度で検出するための新たな分析系（HoPPE：homopolymer primer extension）の開発を行った。また，HoPPE分析データからDNAタイピングを行う処理システムを構築した。さらに，スギにおいて，葉緑体ゲノムに存在するホモポリマー領域を探索し，その頻度を定量的に評価した。
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