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2016 年度 実績報告書

梅毒トレポネーマのゲノム情報基盤の構築と分子型別法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 15K15137
研究機関国立感染症研究所

研究代表者

大西 真  国立感染症研究所, 細菌第一部, 部長 (10233214)

研究期間 (年度) 2015-04-01 – 2017-03-31
キーワード梅毒トレポネーマ / ゲノム解析
研究実績の概要

113例の梅毒疑い患者の皮膚潰瘍病変等のスワブを採取し、TE溶液に懸濁後、T. pallidum特異的遺伝子polAおよびTpN47遺伝子を標的としてPCR法で、T. pallidum DNA陽性である50検体を得た。そのうち、T. pallidumの多型遺伝子arp, tpr, Tp0548の型別を実施し、32検体は型別可能であった。もっとも高頻度で検出された型は14d/fで(18/32, 56.3%)であった。
H27年度の試行では検体中のT. pallidum DNA量が少ないことがT. pallidumゲノム解析を困難にしていることが示されていたため、ゲノムDNA増幅試薬GenomiPhi を用いて非選択的に検体中のDNAを増幅することとした。その後、SureSelect (Agilent)カスタムキャプチャライブラリを用いてT. pallidum DNA濃縮を行い、T. pallidum DNAをえることとした。まず最初に、GenomiPhiによる増幅によって導入される塩基配列エラー率を検証した結果、GenomiPhiによるエラー導入は見出されなかった。GenomiPhiによるゲノム増幅試料を出発材料とすることが可能であると判断した。そこで、梅毒DNA陽性検体を用いて、GenomiPhi増幅後、SureSelectでエンリッチし、MiSeqでT. pallidumゲノム塩基配列の取得を試みた。試行した11検体からの梅毒ゲノム配列のcoverageは0~519であった。coverageが100以下のものは4検体存在し、0, 16, 86, 97であった。その他はcoverage 211~519と十分な比較解析が可能であることが示された。coverage 86, 97の2検体が解析可能か詳細を検討することが必要である。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 2件)

  • [雑誌論文] Responding to the syphilis outbreak in Japan: piloting a questionnaire to evaluate potential risk factors for incident syphilis infection among men who have sex with men in Tokyo, Japan, 2015.2016

    • 著者名/発表者名
      Ishikane M, Arima Y, Itoda I, Takahashi T, Yamagishi T, Matsui T, Sunagawa T, Oishi K, Ohnishi M.
    • 雑誌名

      Western Pac Surveill Response J.

      巻: 7 ページ: 36-39

    • DOI

      10.5365/WPSAR.2016.7.2.001

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] 性感染症の最近の話題~急増する梅毒を中心に疫学、臨床、病理、予防、治療を学ぶ~2017

    • 著者名/発表者名
      大西 真
    • 学会等名
      福島県性感染症対策研修会
    • 発表場所
      郡山市
    • 年月日
      2017-03-23 – 2017-03-23
    • 招待講演
  • [学会発表] 注目の性感染症 - 梅毒と淋菌感染症 -2017

    • 著者名/発表者名
      大西 真
    • 学会等名
      平成28年度富山県臨床衛生検査研修会
    • 発表場所
      富山市
    • 年月日
      2017-03-08 – 2017-03-08
    • 招待講演
  • [学会発表] Clinical features of syphilis patients detected by polymerase chain reaction and molecular typing of Treponema pallidum at an urban community-based STI clinic in Japan.2016

    • 著者名/発表者名
      I Itoda, J Hata, K Hayakawa, Si Kutsuna, Y Kato, SI Nakayama, T Morita-Ishihara, K Shimuta, M Onishi.
    • 学会等名
      19th IUSTI, Asia-Pacific
    • 発表場所
      岡山市
    • 年月日
      2016-12-01 – 2016-12-03
    • 国際学会

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公開日: 2018-01-16  

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