| 研究課題/領域番号 |
15K15289
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| 研究機関 | 金沢大学 |
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研究代表者 |
飯田 宗穂 金沢大学, 医学系, 助教 (40705604)
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| 研究分担者 |
北村 和哉 金沢大学, 大学病院, 助教 (00579633)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | メタゲノム / ウイルス |
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| 研究実績の概要 |
健常者10名、潰瘍性大腸炎患者10名の便からDNAを抽出しwhole genome shotgun シーケンシング用のライブラリを作成した。ライブラリのサイズを確認の後にイルミナMIseqを用いてシーケンシングを行った。得られたリードからquality control、ヒトゲノム配列リードの除去、PCR複製の除去を行った。各サンプル100万リード以上が得られ、これを用いてMetavir2にて存在するウイルス配列の解析を行った。健常者群と潰瘍性大腸炎群のウイルス配列の比較を行い、有意に異なるウイルス配列について解釈を行っている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
健常者と潰瘍性大腸炎患者の便中ウイルス配列の比較を行うことができた。
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| 今後の研究の推進方策 |
さらに症例数を増やし、VLPの抽出によるウイルスゲノムの獲得を目指す。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
H27年度の結果をもとにH28年度に集中したシーケンシング実験計画を予定したため。
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| 次年度使用額の使用計画 |
H27年度の結果をもとにして、大規模なサンプル数でのシーケンシングを予定する。
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