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健常者13名、炎症性腸疾患患者25名(潰瘍性大腸炎患者17名、クローン病8名)の便からDNAを抽出しwhole genome shotgun シーケンシング用のライブラリを作成した。ライブラリのサイズを確認の後にイルミナMIseqを用いてシーケンシングを行った。得られたリードからquality control、ヒトゲノム配列リードの除去、PCR複製の除去を行った。各サンプル100万リード以上が得られ、これを用い てMetavir2にて存在するウイルス配列の解析を行った。健常者群と潰瘍性大腸炎群のウイルス配列の比較を行い、有意に異なるウイルス配列について同定した。同時に便をマウスに移植し腸炎の発症について観察を行った。目的として腸内微生物叢が腸炎に与える因果関係について知るために移植実験を行った。移植するマウスとして、潰瘍性大腸炎の疾患感受性遺伝子として考えられているil10の欠損マウスと用いた。体重、病理、サイトカイン遺伝子のmRNA発現 について評価を行った。炎症性腸疾患患者便移植マウスは健常者便移植マウスに比べ有意に体重が減少し、腸炎の悪化がみられた。存在するウイルスとの相関について解析中である。シーケンシング結果は細菌種の遺伝子と細菌分類についても解析を行い、ウイルス、 細菌、臨床データ(活動性スコア、病型)、腸炎マウスモデルの表現型の面から多面的に解析を行っている。潰瘍性大腸炎の便移植マウスは健常者便移植マウスに比較し有意に炎症性サイトカインtnf、il17aの発現が高く、さらに病理スコアも悪化していた。Enteroccocaceae科の細菌が潰瘍性大腸便移植マウスの便中に有意に多く病勢との関連が考えられた。
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