| 研究課題/領域番号 |
15K18464
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| 研究機関 | 東北大学 |
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研究代表者 |
大林 武 東北大学, 情報科学研究科, 准教授 (50397048)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| キーワード | 遺伝子共発現 / ネットワーク生物学 / シロイヌナズナ / データベース / 共発現データベース / ゲノム進化 |
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| 研究実績の概要 |
共発現情報の組織特異性を決定するには、各組織のサンプルから各々共発現データを算出し、比較すれば良い。しかし、共発現データの質はサンプル数に依存するため、複数組織を同時に測定したサンプルだけでは信頼性の高い比較は難しい。そこで本年は各組織を別々に測定したサンプルを参照することで共発現の質を確保するアプローチの検討を行った。
まず複数の実験を組み合わせる影響を最小化する手法の検討を行った。その結果、実験特異的なノイズとして、加算的ノイズのみならず、乗算的ノイズも考慮して補正を行うと、遺伝子発現データとサンプル条件をより正しく復元でき、異なる実験を組み合わせる影響を小さくできることを見出した。次に、任意のサンプル集合間でサンプル条件がどの程度類似しているかを、サンプルカバー率とサンプル特異性の観点から定量化する手法を構築し、個体の生育条件がある程度揃っているサンプル集合を選択できるようにした。さらに、近縁生物種の遺伝子発現データを比較することで、遺伝子発現データならびに共発現強度の差異が、組織の違いに由来するものか、個体の生育条件の違いに由来するものかを区別するための基盤構築を行った。
今回開発した手法の有効性を検証するために、植物の共発現データベースATTED-II（http://atted.jp）において公開されている複数の共発現プラットフォームの遺伝子発現データを用いて、サンプル生育条件ならびに組織条件の比較手法の検証を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
遺伝子共発現比較における信頼性向上の手法開発が進み、研究は概ね順調に進展している。
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| 今後の研究の推進方策 |
近縁生物種の遺伝子発現データを組み合わせ、信頼度の高い組織別共発現比較を行う。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
概ね予定通り進んでいるが、手法開発を優先したため、予定していた額より謝金が少なくなったため。
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| 次年度使用額の使用計画 |
概ね予定通り進んでおり、組織特異的データ解析の成果報告を中心とした予算執行を行う。
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