研究課題/領域番号 |
15K18473
|
研究機関 | 酪農学園大学 |
研究代表者 |
森 さやか 酪農学園大学, 農食環境学群, 准教授 (70623867)
|
研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2019-03-31
|
キーワード | 保全遺伝学 / 景観遺伝学 / マイクロサテライト / 絶滅危惧種 / 島嶼個体群 |
研究実績の概要 |
次世代シークエンサーを用いて,ノグチゲラ (Sapheopipo noguchii) のマイクロサテライト座位を探索し,146座位のマイクロサテライトDNA領域にプライマー候補配列を設計した.それらのプライマー候補を組み合わせ,ユニバーサル蛍光プライマーを利用したマルチプレックスPCR反応系を構築した. 設計に当たっては,まず2個体のDNAサンプルを用い,24ペアのプライマー候補によって,蛍光標識なしのシングルPCRとユニバーサル蛍光プライマーを用いたシングルPCRの増幅試験を行った.次に,それらの試験に合格したプライマーを組み合わせ,7座位と6座位のマイクロサテライトDNA領域を一度に解析可能なマルチプレックスPCR反応系を2組(noguchi1,2)構築した.最後に,それらのマルチプレックスPCR反応系で,生息域全域を網羅するように選んだ48個体の多型解析を行った.反応系noguchi 1では,7座位全てに多型が検出され,noguchi 2では5座位に多型が検出された.いくつかの遺伝子座ではハーディー・ワインベルグ平衡からの逸脱やヌルアリルの存在が疑われ,いくつかの遺伝子座間の連鎖が検出された. 今回のマーカーの質の評価結果は,解析結果が不明瞭な2個体のサンプルの影響を受けている可能性があるほか,分布域内の分集団構造の影響を受けている可能性も考えられる.今回試験したマーカーが,今後の集団遺伝学的解析に使用可能であるかどうかは,再実験も含め,さらなる解析によって慎重に検討する必要がある.また,多型の程度が低い遺伝子座が多かったため,試験座位を増やすことによって,集団遺伝学的解析に活用できるマーカーを多数探索する必要性が再確認された.
|
現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
当初予定通り,次世代シークエンサーによるマイクロサテライト座位の探索,プライマー候補配列の設計に加え,2組のマルチプレックスPCR系を構築できた.1組あたりに組み込めたマーカー数は予想よりも悪かったが,2組構築することにより,目標マーカー数を達成した.ただし,集団遺伝学的解析に適したマーカーであるかどうかは,追加の解析によって,さらに慎重に判断する必要がある. GIS解析に必要なデータベースの開発状況については,関係者との情報交換が進んでいないが,全体としては,おおむね順調に進展していると考えている.
|
今後の研究の推進方策 |
引き続き,マルチプレックスPCR系の開発を実施し,集団遺伝学的解析に活用できるマーカー数を増やす.開発したマーカーを用いた多型解析も少しずつ進め,マーカーの質の評価をするとともに,集団の遺伝的構造についても明らかにしていく. 既存の生態のデータ,GISデータについては,それらを蓄積,取りまとめ中の関係者との情報交換に務める.
|
次年度使用額が生じた理由 |
マーカー開発実験が効率的に実施できたた事と,開発したマーカーの質の確認実験が一部十分にできなかったことから,実験用消耗品にかかった物品費が当初計画よりも少なくなった.
|
次年度使用額の使用計画 |
申請後に代表者が異動したことから,実験補助に頼る割合が多くなっており,来年度も人件費は計画よりも多くなる見込みである.物品費については,今年度より増える見込みであり,これらを繰越額で充当したい.
|