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本研究では、沖縄島北部のやんばる地域に固有の鳥類であるノグチゲラにおいて、初めての集団遺伝学的解析を実現した。本種は絶滅危惧IA類であり、わずか580羽の単一個体群からなる。本研究では個体群の健全性を評価するとともに、個体群の動態の歴史や維持の重要なプロセスを明らかにすることを目的とした。
まず、高解像度の集団遺伝学的解析を実現するために、次世代シークエンサーを用いて45遺伝子座のマイクロサテライトマーカーを開発した。そのうち最大20遺伝子座のマーカーを用いて、やんばる地域全域から1998年～2013年に採集された322個体（成鳥208、幼鳥105、齢不明9）のDNAを解析した．
これらのマーカーを用いた解析により、本種の遺伝的多様性は世界の他の絶滅危惧種と比較してかなり低い水準であることが明らかになった。血縁解析によって幼鳥の分散パターンを推定すると、生息域全体で地域や方向に偏りなく分散して遺伝子流動を担っていることが示唆された。このことは、距離による隔離の解析結果からも支持された。遺伝子型の情報のみを用いた遺伝的集団構造解析では、個体群内に遺伝的クラスターが6～9個程度検出されたが、地理的な分布パターンは不明瞭だった。ただ、分布の周縁域、特に南部に行くほど遺伝的特徴が異なっている可能性が示唆された。そこで、サンプリング地点の位置関係も加味した景観遺伝学的解析を行うと、南北に分かれる2つの分集団が検出された。南部集団は、過去に分布南限が北上した後に北部から分散した個体が再定着して分布回復したことによる、創始者効果を示していると考えられる。また脊梁山地より東部では、西部よりも南北の集団間での幼鳥の移出入が起こりにくくなっている可能性が示唆された。南北の遺伝的分化の程度は低く、現在の保全施策を継続すれば、幼鳥分散を介して改善していくことが期待される。
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