| 研究課題/領域番号 |
15K18603
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| 研究機関 | 北海道大学 |
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研究代表者 |
神戸 崇 北海道大学, 農学研究院, 専門研究員 (40648739)
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| 研究期間 (年度) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| キーワード | セミ / 脱皮殻 / マイクロサテライト / RAD-Seq |
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| 研究実績の概要 |
平成28年度も前年度と同様に3地点の調査地内の広葉樹林と針葉樹林で春にエゾハルゼミ、夏にコエゾゼミの脱皮殻の採集と発生量の調査を行った。発生量調査の結果、エゾハルゼミでは昨年と比較して発生量が増加した林が多かったが、コエゾゼミでは減少し、半数以上の林でゼロであった。そのためエゾハルゼミは3地点のそれぞれの林で30個体以上を採集できたが、コエゾゼミは発生量が少なく十分なサンプルが得られなかった。広葉樹林、針葉樹林それぞれ1か所にテスト用に設置していた温度データロガーを回収し、データを確認したところ、地表下20㎝の地温は針葉樹林の方が広葉樹林よりも変動が少なかった。全地点のデータを収集してからセミの羽化時期や発生量との関係について解析を行う。
業者に委託していたセミ2種のRAD-Seqはそれぞれ6G(bp)ほどのデータが得られた。De Novo Assemblyの後にマイクロサテライトの探索を行ったところ、エゾハルゼミで206か所、コエゾゼミで181か所マイクロサテライトのプライマーを設計できた。そのうち多型のありそうなプライマーセットをそれぞれ16セットと10セット合成し、セミ成虫のDNAサンプルを用いてPCR増幅と多型の確認を行った。その結果、それぞれ6遺伝子座と8遺伝子座のマイクロサテライトで多型が確認できた。
脱皮殻から抽出したDNAに対してこれらのマイクロサテライト・プライマーを使って増幅を試みたところ、一部の個体でいくつかのマイクロサテライトが増幅できた。安定した増幅結果を得るためにDNA抽出方法やPCRの方法・条件を検討した。また、抽出DNAの量を増やすために、全ゲノム増幅も試みているところである。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
脱皮殻から抽出したDNAからマイクロサテライトを安定してPCR増幅させることが難しく、条件検討に時間を要するため。
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| 今後の研究の推進方策 |
春から夏にかけては昨年度と同様に定点調査地でエゾハルゼミとコエゾゼミの脱皮殻の採集と発生量調査を行う。可能なら、他の地域でも脱皮殻の採集を行う。脱皮殻サンプルから抽出したDNAからマイクロサテライトを安定的にPCR増幅できるようにDNA抽出方法や全ゲノム増幅の条件、PCRの条件等を検討する。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
DNA抽出やPCR増幅の条件の検討に時間を要し、全サンプルの解析に進めなかったため。
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| 次年度使用額の使用計画 |
DNA抽出や全ゲノム増幅、プライマー合成、PCR、電気泳動に必要な消耗品の購入に使用する。
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