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予後不良な神経芽腫のマーカーを選出するため、IMR-32、LA-N-1の2つの神経芽腫細胞株を用い、all-trans-retinoic acid(ATRA)による分化誘導を行い、分化を確認し、ATRA で治療した（分化した）細胞、ATRA で治療していない（分化していない）細胞からタンパク質を抽出した。トリプシンとendoproteinase Lys-C を用いて消化を行い、label-free shotgun proteomics によりペプチドの解析とタンパク質の同定を行った。合計713種類のタンパク質が検出され、12種類のタンパク質が分化していない悪性度の高い神経芽腫の細胞のみに発現していた。このうち、タンパク質の発現部位や機能をタンパク質のデータベース（Uniprot:http://www.uniprot.org/）で確認し、ATP-dependent RNA helicase(DDX39A)に着目し検証を行った。Multiple reaction monitoring (MRM)でDDX39A由来のペプチドは未分化な細胞で有意に高値であった。Western blot法でDDX39Aの発現は未分化な細胞で有意に高値であった。さらに免疫組織学的染色により、未分化な神経芽腫の臨床検体でDDX39Aの発現は陽性であることが確認された。神経芽腫の予後との検討では、治療前の生検標本を用い、単変量解析、多変量解析で、DDX39Aの発現は神経芽腫の予後因子の一つであるMYCN増幅と共に有意に予後と相関を認め、DDX39Aの高発現群でoverall survivalが不良であることが分かった。また、治療終了時の切除標本を用い、その後の再発との検討を行ったが、サンプル数が限られること、病理学的評価が困難であることから、現時点で有用な評価を行うことができなかった。
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