研究課題
コンベンショナルな抗癌剤（以下、コ抗癌剤）での治療は我が国のがん治療では標準的な位置づけである。本研究では、当初コ抗癌剤誘導性シグナル伝達経路における活性化モジュールの同定を目指して開始したが、ゲノム・トランスクリプトームを加えた統合解析へのシフトを進めた。また、臨床検体を用いて再発をいち早く検出するための血中循環DNA（ctDNA）を使用した技術開発も行った。最終年度は、当初の目標であるコ抗癌剤誘導性シグナル伝達経路における活性化モジュールの同定に対しての統合解析を進め、コ抗癌剤4種類に対する感受性に対応する、（１）遺伝子変異候補の同定、（２）特異的転写産物の同定、および（３）誘導性シグナル伝達経路の同定、を完了した。現在、遺伝子変異、転写、および誘導性シグナルの関連について、Gene Ontologyとして集約し、最終的なコ抗癌剤によるeffectを確定する作業を行っている。また、コ抗がん剤治療後再発モニタリングにおけるctDNAの有用性は食道・胃・大腸癌手術検体を用いて行っており、画像診断による再発確定よりも数か月から半年早くctDNAの上昇が確認された。さらに、腫瘍内では遺伝子変異の多様性があるため、検体は複数か所より採取し遺伝子変異の整合性を検証し、腫瘍内の進化系統樹と照らし合わせどのような変異がctDNAの検出対象として適しているかの妥当性を検証した。その結果、ヒト癌で最も高頻度で変異が検出されるTP53に関しては、ctDNAとして検出可能な0.1%以下の血中アリル頻度に対応するためにデジタルPCRプローブライブラリーを設計した。
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