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本研究では基課題を発展させ、発癌関連遺伝子の転写調節に関する基礎研究を拡張することを主な目標とする。腫瘍環境における“ゲノムDNAからの転写調節”の基礎研究を拡充させる。静的情報だけでなく、経時的に得られる動的情報を用いて転写調節に関する基礎研究を行う計画である。ゲノムおよびエピゲノムの観点から統合的に検討するため、ヒトの癌組織および正常組織を用いて、Exome-seqによる遺伝子変異解析、RNA-seqによる遺伝子発現解析、MBD-seqによるDNAメチル化解析を実施した。一部の症例では患者由来の腫瘍塊をマウスに直接移植したPDX（Patient-Derived Xenograft）モデルから得られた腫瘍組織も並列して解析することができた。PDXモデルは患者由来腫瘍の組織学的・遺伝学的性質がよく保存された腫瘍細胞アッセイ系であり、テーラーメイド治療のツールとしての臨床的有用性を確立する意義は大きい。PDXモデルにおいては、癌幹細胞を含む、腫瘍の悪性形質維持に必須のサブクローンが濃縮していることが予想される。データ解析のため、一般的に用いられるアルゴリズムだけでなく、独自の解析パイプラインを構築中である。選択的スプライシングによって得られる転写産物の多様性（スプライスバリアント）の検出も試みている。さらにヒストン修飾解析のため、クロマチン免疫沈降シーケンス (ChIP-Seq)を実施中である。これらによって、発現変動遺伝子における遺伝子変異やクロマチン構造の影響をゲノムレベルで検証することが可能になると期待される。
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