|
本研究では基課題を発展させ、発癌関連遺伝子の転写調節に関する基礎研究を拡張することを主な目標とする。ゲノムおよびエピゲノムの観点から統合的に検討するため、ヒトの癌組織および正常組織を用いて、Exome-seqによる遺伝子変異解析、RNA-seqによる遺伝子発現解析、MBD-seqによるDNAメチル化解析、さらにヒストン修飾解析のためクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）のデータ解析を行った。患者由来の腫瘍塊をマウスに直接移植するPDX(Patient-Derived Xenograft)モデルから得られた腫瘍組織も解析に使用した。
今年度は腺様嚢胞癌の他にヒトパピローマウイルス（HPV）関連中咽頭癌を主な対象とし、遺伝子プロモータ領域や転写開始点（TSS; Transcription Start Site）のエピゲノム変化に注目してデータ解析を行った。HPV関連中咽頭癌と腺様嚢胞癌の比較や、公共データベースを用いた検証、分子生物学的手法による検証実験も行った。
本年度までの結果により、HPV関連中咽頭癌において正常組織と癌組織では遺伝子発現に関連するDNA変異メチル化の部位が異なることを発見した。具体的には、正常組織では遺伝子プロモーター領域が主である一方、癌組織においてはTSSが主なターゲット領域となっていた。同時にTSSににおける抑制性のヒストン修飾の変化も生じていた。また、HPV関連中咽頭癌コホート中に高メチル化腫瘍群が存在することも明らかにした。しかし腺様嚢胞癌ではこれらの知見は明らかでなく、癌腫による差を反映していると考えられた。
|
