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2015 年度 実施状況報告書

細胞膜分子動態数理モデリングによるがん悪性化メカニズムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 15KT0016
研究機関大阪大学

研究代表者

鈴木 貴  大阪大学, 基礎工学研究科, 教授 (40114516)

研究分担者 川崎 秀二  岩手大学, 人文社会科学部, 准教授 (10282922)
村上 善則  東京大学, 医科学研究所, 教授 (30182108)
越川 直彦  地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立がんセンター(臨床研究所), 臨床研究所がん生物学部, 部長 (70334282)
研究期間 (年度) 2015-07-10 – 2017-03-31
キーワード数理腫瘍学 / 細胞膜分子 / 骨代謝 / 薬剤耐性 / 数理モデリング / 細胞内信号伝達 / 動的平衡 / 遺伝子
研究実績の概要

数理モデリングと数値シミュレーションによって細胞分子, 細胞, 組織を横断する腫瘍悪性化因子を分析した. ウェットの研究室とディスカッションを重ね, 微分方程式を用いた方法によって様々な例題を解き, 数学と生命科学, データ科学の融合を目指す統合数理腫瘍学研究を進め, 特に細胞膜分子動態に着目した薬剤耐性と, マルチスケールモデリングを用いた骨代謝を研究した. 薬剤耐性ではゲフィチニブを対象とし, 膜分子動態から, 下流への悪性化シグナルが発生するメカニズムを明らかにした. ここではEGFRとERBB3の2種類の膜分子に注目し, 重合によるリン酸化によって生存, 増殖の2種類のシグナルが発生するという細胞生物学の知見を数理モデルによって忠実に記述した. ゲフィチニブによってEGFRのリン酸化が抑えられてシグナルが消滅すること, METによってERBB3のリン酸化が回復してシグナルが再発生することを,数理的に明らかにした. 細胞分子の結合・解離とリン酸化・脱リン酸化の2つの反応の達成時間の相違をどのように再現するかが問題となったが, 細胞の大きさ, 細胞膜上の分子数, イベントの時間スケールから, 反応係数や各分子の密度の大まかなオーダーをすべて決めてしまう次元解析の方法を確立し, 実測値と一致すること, シミュレーションによって結合・解離, リン酸化・脱リン酸化の時間スケールが正確に再現できることを示した. 骨代謝モデリングでは分子間の相互作用を記述するボトムアップモデルと, 細胞間の相互作用を記述するトップダウンモデルを連立させるマルチスケールモデリングを行い, 力学系理論によって動的平衡が壊して大理石骨症に行かずに骨粗鬆症に至る理由を明らかにした. 数学研究では, 細胞膜分子動態を動機として一般形を導入し, その完全可積分性を厳密に証明した.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

結合解離や分化の厳密な記述や, 次元解析によって反応係数や初期値のオーダーを決定する方法, 動的平衡の定義と力学系理論を用いたその崩壊の解明など, 細胞生物学と数理モデリングの融合の方向が確定した. 血管新生をはじめとして, 組織レベルでの生命動態を数値シミュレーションで予測, 制御する方法論についても, コンピュータプログラミングも含めてより実用化の方向に向かって進んでいる. 数理医学関連図書も出版し, 題材の広がり, 方法の深まりは予定通り進行している.

今後の研究の推進方策

細胞生物学実験のデータは大きな揺らぎがあり, 数理モデリングの有用性もそこにある. 一方でデータの活用は数理腫瘍学の今後の展開にとって重要な要因となる. 細胞膜分子の信号は下流でクロストークし, 核内での転写を通して悪性化にフィードバックされる. データ分析では数理統計的モデル選択を適用して生命科学理論と照合するモデリング法を開発したい. また実験画像の処理についても統計的な背景が強固な方法によって, より精密な表示を試みる.

次年度使用額が生じた理由

数理解析でこれまでのデータが矛盾なく説明でき、新たな実験を必要としなくなった

次年度使用額の使用計画

数値シミュレーションをさらに進めるため人件費に使用予定

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (10件) (うち国際共著 1件、 査読あり 5件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (7件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] ボルドー大学(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      ボルドー大学
  • [国際共同研究] セントアンドリュース大学(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      セントアンドリュース大学
  • [国際共同研究] ヴァンダービルト大学(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      ヴァンダービルト大学
  • [雑誌論文] Enhancement of BGA-void defect detection in poor contrast X-ray images using conformal mapping2016

    • 著者名/発表者名
      S. Nuanprasert, K. Lee, A. Murid, S. Baba, T. Suzuki
    • 雑誌名

      J. ICIC Epress Letters B

      巻: 7 ページ: 105-110

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] あるN分子パスウェイネットワークの数理モデリングと数学解析2016

    • 著者名/発表者名
      板野景子, 鈴木貴
    • 雑誌名

      日本応用数理学会論文誌

      巻: 26 ページ: 未定

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamic regulation of a cell adhesion protein complex including CADM1 by combinatorial analysis of FRAP with exponential curve-fitting2015

    • 著者名/発表者名
      M. Sakurai-Yagata, T. Maruyama, T. Suzuki, K. Ichikawa, Y. Murakami
    • 雑誌名

      PLos One

      巻: 10(3) ページ: 0116637

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0116637

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Proteolysis of EphA2 Converts It from a Tumor Suppressor to an Oncoprotein. Cancer Res2015

    • 著者名/発表者名
      Koshikawa N, Hoshino D, Taniguchi H, Minegishi T, Tomari T, Nam SO, Aoki M, Sueta T, Nakagawa T, Miyamoto S, Nabeshima K, Weaver AM, Seiki M
    • 雑誌名

      Cancer Res

      巻: 75(16) ページ: 3327-39

    • DOI

      10.1158/0008-5472.CAN-14-2798

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Directional cell movement through tissues is controlled by exosome secretion2015

    • 著者名/発表者名
      Sung BH, Ketova T, Hoshino D, Zijlstra A, Weaver AM
    • 雑誌名

      Nat Commun

      巻: 6 ページ: 7164

    • DOI

      10.1038/ncomms8164

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Activating PIK3CA Mutations Induce an Epidermal Growth Factor Receptor (EGFR)/Extracellular Signal-regulated Kinase (ERK) Paracrine Signaling Axis in Basal-like Breast Cancer2015

    • 著者名/発表者名
      Young CD, Zimmerman LJ, Hoshino D, Formisano L, Hanker AB, Gatza ML, Morrison MM, Moore PD, Whitwell CA, Dave B, Stricker T, Bhola NE, Silva GO, Patel P, Brantley-Sieders DM, Levin M, Horiates M, Palma NA, Wang K, Stephens PJ, Perou CM, Weaver AM, O'Shaughnessy JA, Chang JC, Park BH, Liebler DC, Cook RS, Arteaga CL
    • 雑誌名

      Mol Cell Proteomics

      巻: 14(7) ページ: 1959-76

    • DOI

      10.1074/mcp.M115.049783

  • [雑誌論文] Response of head and neck squamous cell carcinoma cells carrying PIK3CA mutations to selected targeted therapies2015

    • 著者名/発表者名
      Wirtz ED, Hoshino D, Maldonado AT, Tyson DR, Weaver AM
    • 雑誌名

      JAMA Otolaryngol Head Neck Surg

      巻: 141(6) ページ: 543-9

    • DOI

      10.1001/jamaoto.2015.0471

  • [雑誌論文] Urinary laminin-γ2 is a novel biomarker of non-muscle invasive urothelial carcinoma2015

    • 著者名/発表者名
      Kamada M, Koshikawa N, Minegishi T, Kawada C, Karashima T, Shuin T, & Seiki M
    • 雑誌名

      Cancer Sci

      巻: 106(12) ページ: 1730-7

  • [雑誌論文] Proteolysis of EphA2 Converts It from a Tumor Suppressor to an Oncoprotein2015

    • 著者名/発表者名
      Koshikawa N, Hoshino D, Taniguchi H, Minegishi T, Tomari T, Nam SO, Aoki M, Sueta T, Nakagawa T, Miyamoto S, Nabeshima K, Weaver AM, Seiki M
    • 雑誌名

      Cancer Res

      巻: 75(16) ページ: 3327-39

  • [雑誌論文] Association of SIRT1 and tumor suppressor gene TAp63 expression in head and neck squamous cell carcinoma2015

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi K, Noguchi A, Kasajima R, Miyagi Y, Hoshino D, Koshikawa N, Kubota A, Yokose T, Takano Y
    • 雑誌名

      Tumour Biol

      巻: 36(10) ページ: 7865-72

  • [学会発表] Comprehensive analysis of the pro-oncogenic signaling induced by proteolysis of MT1-MMP substrate in vivo2016

    • 著者名/発表者名
      Koshikawa, N
    • 学会等名
      The First JSPS Core-to-Core Seminar: Establishing International Research Network of Mathematical Oncology
    • 発表場所
      大和高原ボスコヴィラ(奈良県・奈良市)
    • 年月日
      2016-03-11
  • [学会発表] Mathematical analysis of the dynamics of CADM1 and its role in the MET-driven resistance against EGFR-TKI in lung adenocarcinoma2016

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Ito, Mika Sakurai-Yageta, Takehiro Tsuchiya, Shuji Kawasaki, Motoi Ohba, Kazuhisa Ichikawa, Takashi Suzuki, Yoshinori Murakami
    • 学会等名
      The First JSPS Core-to-Core Seminar: Establishing International Research Network of Mathematical Oncology
    • 発表場所
      大和高原ボスコヴィラ(奈良県・奈良市)
    • 年月日
      2016-03-10
  • [学会発表] 数理腫瘍学の方法-骨代謝モデルにおける動的平衡の崩壊2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木貴
    • 学会等名
      実領域における常微分方程式の定性的研究
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所(京都府・京都市)
    • 年月日
      2015-11-10 – 2015-11-10
    • 招待講演
  • [学会発表] Mathematical oncology and applications2015

    • 著者名/発表者名
      T. Suzuki
    • 学会等名
      Forum Math-for-Industry 2015
    • 発表場所
      九州大学マスフォアインダストリ研究所(福岡県・福岡市)
    • 年月日
      2015-10-27 – 2015-10-27
    • 招待講演
  • [学会発表] From systems biology to mathematical modeling2015

    • 著者名/発表者名
      T. Suzuki
    • 学会等名
      Vanderbilt University CQS Fall Retreat
    • 発表場所
      Vanderbilt University, Nashville, USA
    • 年月日
      2015-10-13 – 2015-10-13
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] FRAPとexponential curve-fitting の組み合わせ解析による細胞接着分子CADM1複合体の動的制御の解明2015

    • 著者名/発表者名
      伊東剛、桜井美佳、斎藤杏里、丸山智子、市川一寿、村上善則
    • 学会等名
      日本応用数理学会2015年度年会
    • 発表場所
      金沢大学(石川県・金沢市)
    • 年月日
      2015-09-10
  • [学会発表] 数理腫瘍学の方法-細胞分子モデリング2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木貴
    • 学会等名
      非線型現象のモデルに潜む未踏破数理構造の研究-基礎理論と応用の協働
    • 発表場所
      京都大学数理解析研究所(京都府・京都市)
    • 年月日
      2015-07-27 – 2015-07-27
    • 招待講演
  • [図書] 数理医学入門2015

    • 著者名/発表者名
      鈴木貴
    • 総ページ数
      258
    • 出版者
      共立出版
  • [備考] 大阪大学大学院 基礎工学研究科システム創成専攻数理科学領域 鈴木貴研究室

    • URL

      http://www.sigmath.es.osaka-u.ac.jp/suzuki/index.html

URL: 

公開日: 2017-01-06   更新日: 2022-08-29  

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