• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2017 年度 実績報告書

少数系から複雑反応ネットワークを含む遷移状態概念の深化と制御

研究課題

研究課題/領域番号 15KT0055
研究機関北海道大学

研究代表者

小松崎 民樹  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (30270549)

研究分担者 寺本 央  北海道大学, 電子科学研究所, 助教 (90463728)
研究期間 (年度) 2015-07-10 – 2018-03-31
キーワードバイオイメージング / 1分子計測(SMD) / 応用特異点論 / バンド交差
研究実績の概要

化学反応に分子の電子状態の変化が伴う場合には、非断熱遷移の影響も考慮する必要がある。昨年度、非断熱交差近傍を2行2列のハミルトニアン行列表現で表し、(交差がどれくらい一般的に生起し得るかの指標に相当する)余次元が従来知られていた0の交差パターンからこれまで知られていなかった7までの全交差パターンを応用特異点論により分類した。本年度は、バンド交差近傍の結晶表面における可能なすべての結晶点群の対称性(Cn (n = 1, 2, 3, 4, 6), Cnv (n = 2, 3, 4, 6), Cs)と時間反転対称性の下、余次元10までの交差パターンを新規に導出した。バンド交差の幾何学を理解するということは、例えば、微小な外場により交差の幾何学はどう変化し、電子伝導が如何に制御できるかを把握することに繋がり、トポロジカル絶縁体の物性予測と制御、新規光化学制御に繋がるものと期待される。

F1-ATPaseはATP加水分解に駆動されて回転する分子モーターであり,分子構造変化と複数の中間反応を巧妙に組み合わせることで,効率よく化学エネルギーを回転の力学エネルギーに変換することができる。我々は,温度変化がγサブユニットの回転角度揺らぎ、およびリン酸解離,ATPの加水分解過程の反応キネティックスにもたらされる影響をランジュバン方程式+マルコフ遷移モデルにより解析した。温度上昇に伴い回転角度揺らぎが局所熱平衡分布から外れ非平衡性が大きくなり、角度揺らぎの記憶が消失することなく次の反応待ち過程へ移行すること等を新規に明らかにした。従来、加水分解とリン酸解離の2つのステップは独立なポアソン過程として考えられてきたが、平衡から外れた状況ではこの仮定が成立せず正しく反応速度定数を見積もることができない可能性を示唆している。

この他、1分子計測に関するデータ駆動型解析理論を構築しその有用性を検証した。

  • 研究成果

    (23件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 7件、 招待講演 8件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] ワインズマン研究所(イスラエル)

    • 国名
      イスラエル
    • 外国機関名
      ワインズマン研究所
  • [国際共同研究] ミュンスター大学(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      ミュンスター大学
  • [国際共同研究] プリンストン大学/アリゾナ州立大学(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      プリンストン大学/アリゾナ州立大学
  • [雑誌論文] Deciphering hierarchical features in the energy landscape of adenylate kinase folding/unfolding2018

    • 著者名/発表者名
      Taylor J. Nicholas、Pirchi Menahem、Haran Gilad、Komatsuzaki Tamiki
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 148 ページ: 123325~123325

    • DOI

      10.1063/1.5016487

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Effects of non-equilibrium angle fluctuation on F1-ATPase kinetics induced by temperature increase2017

    • 著者名/発表者名
      Yuji Tamiya, Rikiya Watanabe, Hiroyuki Noji, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: 3(20) ページ: 1872-1880

    • DOI

      10.1039/C7CP06256G

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 実験医学2017

    • 著者名/発表者名
      冨樫祐一, 新海創也, 小松崎民樹
    • 雑誌名

      特集:少数性生物学ってなんだ?: 「少数と個性―分子の数と生命らしさ」

      巻: 35(19) ページ: 1-1

  • [雑誌論文] FRET monitoring of a nonribosomal peptide synthetase2017

    • 著者名/発表者名
      Alfermann Jonas、Sun Xun、Mayerthaler Florian、Morrell Thomas E、Dehling Eva、Volkmann Gerrit、Komatsuzaki Tamiki、Yang Haw、Mootz Henning D
    • 雑誌名

      Nature Chemical Biology

      巻: 13 ページ: 1009~1015

    • DOI

      10.1038/nchembio.2435

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Classification of Hamiltonians in neighborhoods of band crossings in terms of the theory of singularities2017

    • 著者名/発表者名
      Teramoto Hiroshi、Kondo Kenji、Izumiya Shyuichi、Toda Mikito、Komatsuzaki Tamiki
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Physics

      巻: 58 ページ: 073502~073502

    • DOI

      10.1063/1.4991662

    • 査読あり
  • [学会発表] 自然現象の中に潜む特異点2017

    • 著者名/発表者名
      寺本 央
    • 学会等名
      琵琶湖特異点論ワークショップ
    • 招待講演
  • [学会発表] 一細胞ラマン計測と情報科学の融合による少数性の生命科学2017

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会
    • 招待講演
  • [学会発表] Apparent Nonequilibrium Behavior in Single-Molecule FRET Time-Series Induced by Photophysics2017

    • 著者名/発表者名
      J. Nicholas Taylor, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 18th RIES-Hokudai International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] Toward Molecular Propagation through Degenerated Electron Energy Level Crossings2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto, Shyuichi Izumiya, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 18th RIES-Hokudai International Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] ラマン分光イメージング計測と情報科学との高度融合2017

    • 著者名/発表者名
      小松崎民樹, 中村篤祥, 藤田克昌, 原田義規
    • 学会等名
      2017年度 人・環境と物質をつなぐイノベーション創出 ダイナミックアライアンスG3分科会ー異分野融合とイノベーション創出を目指してー
  • [学会発表] How one can extract energy landscape from single molecule time series under the existence of noise?2017

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 2nd Korea-Japan Joint Symposium on Single-Molecule Biophysics
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 断熱エネルギー面交差近傍でのハミルトニアンの特異点論による分類2017

    • 著者名/発表者名
      寺本 央, 泉屋 周一, 小松﨑 民樹
    • 学会等名
      日本物理学会2017年秋季大会
  • [学会発表] How can one quantify singularity in cells from Single Cell Raman Imaging?2017

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Energy landscapes learned from single molecule FRET time series: Role of Photobleaching2017

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Deciphering complex energy landscape and kinetic network from single molecules to cells: a new challenge to make theories meet experiments
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Classification of Hamiltonians in neighborhoods of band crossings in terms of the theory of singularities2017

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto
    • 学会等名
      the Floris Takens seminar series
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Data-driven mathematics in single cell Raman imaging2017

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Telluride Workshop on The Complexity of Dynamics and Kinetics from Single Molecules
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Global Transition States in Reaction Network2017

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Telluride Workshop on Chemistry & Dynamics in Complex Environments
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 特異点論による固有値交差近傍でのハミルトニアンの分類2017

    • 著者名/発表者名
      寺本 央
    • 学会等名
      RIMS共同研究 力学系 ー 理論と応用の連携探索
  • [学会発表] 特異点論によるバンド交差近傍でのハミルトニアンの分類2017

    • 著者名/発表者名
      寺本 央
    • 学会等名
      微分幾何学と特異点論の応用
  • [図書] Advances in Chemical Physics: "Single Molecule Data Analysis: An Introduction"2017

    • 著者名/発表者名
      Meysam Tavakoli, J. Nicholas Taylor, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki, Steve Press
    • 総ページ数
      101
    • 出版者
      Wiley
    • ISBN
      978-1-119-32457-7

URL: 

公開日: 2018-12-17  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi