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2016 年度 実施状況報告書

変異に対して頑強なゲノムの進化的構築

研究課題

研究課題/領域番号 15KT0078
研究機関大阪大学

研究代表者

津留 三良  大阪大学, 情報科学研究科, 助教 (80594506)

研究期間 (年度) 2015-07-10 – 2018-03-31
キーワードゲノム進化 / 進化生物学
研究実績の概要

本研究の目的は、変異の有害作用を防ぐ原理を発見するため、高変異性大腸菌を植え継ぎ実験によって、増殖能力を適応進化させ、変異に対して頑強なゲノム配列の形成過程を明らかとすることである。変異の多くは生物の生存に有害な作用を及ぼすことがこれまでの研究で明らかとなっている。従って、変異に対して頑強なゲノム配列の特徴や設計指針を理解できれば、有害な作用を防ぐことが可能になると機内される。そのために、本研究では、高変異性大腸菌を構築し、植え継ぐ過程で発生する目的変異体(高い変異率でも増殖速度が落ちにくい変異体)を進化実験によって取得し、その頑強性のメカニズムを解明する。昨年度までに、高変異性大腸菌の構築に成功し、野生型の1000倍も高い変異率を持つことを確認した。今年度は、この高変異性大腸菌の変異率が植え継ぎ中に、元の低い変異率に戻らないようにする工夫として、紫外線照射による変異誘導実験を行った。その結果、仮に進化の過程で変異率が低くなったとしても、野生株の数百倍程度の高い変異率は紫外線照射によって維持できることが分かった。また、紫外線照射の変異スペクトルや、変異発生部位をゲノムシーケンスによって調べ、高変異性大腸菌のそれとかけ離れた性質でないことを確認できた。この条件で進化実験を開始し、得られた変異体についてゲノム変異を同定し、遺伝子の不活化変異の発生速度が意図したとおりに高速化できていることを確認した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

進化実験を安定に進めるための条件および、ゲノムシーケンシングの解析パイプラインが期間内に整ったため。

今後の研究の推進方策

今後は進めている進化実験を継続し、増殖速度が顕著に増加したサンプルから、変異率の高低で増殖速度が変化しにくい頑強な変異体を選別する。これらの変異体について、ゲノム変異を詳しく調べ、機能解析や統計解析を行う。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 4件)

  • [国際共同研究] University of Exeter(英国)

    • 国名
      英国
    • 外国機関名
      University of Exeter
  • [雑誌論文] Density-Dependent Recycling Promotes the Long-Term Survival of Bacterial Populations during Periods of Starvation2017

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Takano, Bogna J. Pawlowska, Ivana Gudelj, Tetsuya Yomo, Saburo Tsuru
    • 雑誌名

      mBio

      巻: 8 ページ: 1-14

    • DOI

      10.1128/mBio.02336-16

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Maintenance of bacterial population survival during starvation realised by interactions between dead and viable cells2016

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Takano, Saburo Tsuru
    • 学会等名
      International Conference on Systems Biology 2016 (ICSB 16)
    • 発表場所
      Barcelona, Spain
    • 年月日
      2016-09-16 – 2016-09-20
    • 国際学会
  • [学会発表] Prediction and experimental verification of experimental evolution of Escherichia coli2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Shibai, Shigeto Seno, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Yoshihiro Sakatani, Mari Otokura, Hiromi Saito, Taro Furubayashi, Chikara Furusawa, Norikazu Ichihashi, Saburo Tsuru
    • 学会等名
      16th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 16)
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • 国際学会
  • [学会発表] Modeling of bacterial persistence by population density-dependent recycling during long-term starvation2016

    • 著者名/発表者名
      Sotaro Takano, Bogna J. Pawlowska, Ivana Gudelj, Saburo Tsuru
    • 学会等名
      16th International Symposium on Microbial Ecology (ISME 16)
    • 発表場所
      Montreal, Canada
    • 年月日
      2016-08-21 – 2016-08-26
    • 国際学会
  • [学会発表] Reductive evolution towards primitive life: What will we see?2016

    • 著者名/発表者名
      Atsushi Shibai, Daisuke Motooka, Shota Nakamura and Saburo Tsuru
    • 学会等名
      The 15th International Conference on the Synthesis and Simulation of Living Systems
    • 発表場所
      Cancun, Mexico
    • 年月日
      2016-07-04 – 2016-07-08
    • 国際学会

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公開日: 2018-01-16  

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