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2018 年度 実施状況報告書

原始自己複製体の機能的再構成により生命の初期進化を追体験する

研究課題

研究課題/領域番号 15KT0080
研究機関東京大学

研究代表者

市橋 伯一  東京大学, 大学院総合文化研究科, 教授 (20448096)

研究期間 (年度) 2015-07-10 – 2020-03-31
キーワード協力 / RNA / 複製 / 進化
研究実績の概要

本年度では、昨年度までに作成したnucleotide diphosphate kinase (ndk)をコードしたRNAをもともとのRNA複製酵素をコードしたRNAと協力的に複製するシステムについて、どういう条件でなら継代可能かを理論的、実験的に調べた。その結果、重要なのは平均RNA濃度であることを見出した。RNA濃度が高すぎる場合には寄生体RNAが出現してしまい、協力的RNA複製が持続できない。一方でRNA濃度が低すぎると2つの協力的RNAが出合うことが難しくなり、やはり複製ができない。したがって、中間的な濃度でのみ協力的なRNA複製が持続することを見出した。さらに中間濃度で継代を続けていくと、RNA複製酵素をコードしたRNAではその大部分が協力性を失うのに対し、ndkをコードしたRNAの方は、半分以上のRNAが協力性を維持しており、さらにそのうち一部はよりndkの発現を上昇させていた。すなわち、この一部のRNAはより協力的になっていた。いままでの理論研究からは世代を重ねると協力性を失ったものが選択されることが多いと言われていたが、この結果は必ずしもそうではないことを示している。この原因のひとつは、ndkというのが相手の複製だけではなく、自身の複製にも貢献するためではないかと考えている。いままでは、協力性というと相手だけを助けて自分の複製は助けないというモデルが考えられていたが、分子の仕組みを考えるとそのような仮定は考えにくく、本研究のように相手も自分も同程度に助けるという方がむしろ自然である。このような“自然な”仮定の下では、協力性は今まで考えられていたよりも起こりやすいのかもしれない。以上の結果は、論文にまとめ無事に受理された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

当初の予定では5年をかけて協力的な複製の進化実験をする予定であったが、4年目ですでに進化実験をある程度完了することができたため。

今後の研究の推進方策

さらに協力的なRNA複製を続けることにより、協力的複製が進化によりどう変わっていくかを調べる。より安定になっていくか、それともより不安定になっていくのか、どちらの可能性もありうると考えている。

次年度使用額が生じた理由

研究代表者の異動があり、実験室の立ち上げ等で研究ができない期間が生じたため、消耗品等の購入量が減少したため。
現在、ようやく実験室が立ち上がったため、残りの研究計画(進化実験の継続と、配列、生化学解析、協力的RNA複製の安定性解析)について、異動先の東京大学で行う予定である。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (3件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Automated in vitro evolution of a translation-coupled RNA replication system in a droplet flow reactor2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyama Tomoaki、Ichii Tetsuo、Yomo Tetsuya、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 ページ: 11867-11875

    • DOI

      10.1038/s41598-018-30374-0

  • [雑誌論文] Sustainable replication and coevolution of cooperative RNAs in an artificial cell-like system2018

    • 著者名/発表者名
      Mizuuchi Ryo、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Nature Ecology & Evolution

      巻: 2 ページ: 1654~1660

    • DOI

      10.1038/s41559-018-0650-z

  • [雑誌論文] Sustainability of a Compartmentalized Host-Parasite Replicator System under Periodic Washout-Mixing Cycles2018

    • 著者名/発表者名
      Furubayashi Taro、Ichihashi Norikazu
    • 雑誌名

      Life

      巻: 8 ページ: 3~3

    • DOI

      10.3390/life8010003

  • [学会発表] Making an artificial cell capable of Darwinian evolution2019

    • 著者名/発表者名
      Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      BDR symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Experimental evolution of self-replicating RNAs with spontaneously-appeared parasites2018

    • 著者名/発表者名
      Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      46th Naito Conference
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Sustainability and evolvability of cooperative RNAs in an artificial cell-like system2018

    • 著者名/発表者名
      Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      Biophysics Society Annual Meeting
    • 招待講演
  • [学会発表] Experimental evolution of self-replicating RNAs with spontaneously-appeared parasites2018

    • 著者名/発表者名
      Norikazu Ichihashi
    • 学会等名
      EVOLUTION Genetic Novelty/Genomic Variations by RNA Networks and Viruses
    • 国際学会 / 招待講演
  • [図書] 協力と裏切りの生命進化史2019

    • 著者名/発表者名
      市橋伯一
    • 総ページ数
      240
    • 出版者
      光文社
    • ISBN
      9784334044008

URL: 

公開日: 2019-12-27  

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