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2017 年度 実施状況報告書

細胞膜情報処理装置の再構成

研究課題

研究課題/領域番号 15KT0087
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

佐甲 靖志  国立研究開発法人理化学研究所, 佐甲細胞情報研究室, 主任研究員 (20215700)

研究期間 (年度) 2015-07-10 – 2019-03-31
キーワードシグナル伝達 / ナノマシン
研究実績の概要

本研究は、上皮成長因子受容体 (EGFR) による細胞膜情報処理システムの再構成系を開発し、情報伝達と分岐の分子機構を解明することを目的とする。EGFRの分子数と密度を制御してナノメートルサイズの微小平面膜に再構成し、細胞内外の情報伝達、情報処理反応場の構築、動的な情報分岐・処理能力の創発に関する構成的システム研究を行う。生体膜における複雑に絡み合った反応の実体を捉えて、リポソームなど再構成膜系を利用した構成的システム研究へ基盤情報を与えるとともに、分子ダイナミクスを利用した高機能素子開発のヒントを得ることを目指している。
再構成系は直径10~15 nmの微小平面膜であるナノディスクを基盤として作成する。ナノディスクは脂質2重層の側面をMSP蛋白質2分子で取り囲んで安定化させたものである。EGFRを数分子単位で膜に取り込ませ、表裏両側から操作できるナノディスクの利点を生かして、EGFRの分子反応を1分子計測する。EGFRはEGF結合により2量体内でリン酸化酵素活性を促進され、自己リン酸化、リン酸化認識蛋白質との結合、リン酸化などを行う。
本年度は昨年度に引き続き、EGFRの細胞膜貫通領域と細胞質側膜近傍領域の合成ペプチドをナノディスクに再構成し、2量体形成に対する膜脂質組成と膜近傍領域リン酸化の効果を詳細に解析した。細胞膜構成脂質(PS, PIP2)による受容体の会合制御が明らかになり、細胞膜における実験でも対応する結果を得ることができた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

当初計画には含まれていなかったEGFRの膜貫通・膜近傍ドメイン(TM-JM)ペプチドを用いた研究が予想外に進展し、酸性膜脂質とリン酸化による受容体の2量体形成(活性化)制御のメカニズムが明らかになり、論文発表した。また、コレステロールによる2量体形成制御の研究も進展中である。これらの研究にかなりの時間を取られたため、研究期間を延長してEGFR分子全長を使った研究は来年度に持ち越すこととした。

今後の研究の推進方策

EGFR全長を用いた再構成膜作成も進んでおり、今後は全長分子の機能解析と構造解析を行う。機能解析は1分子イメージングを利用した、リガンドおよび細胞質蛋白質等の溶液性蛋白質との相互作用計測であり、GFP蛍光によるEGFRの可視化と、TMR等による溶液性蛋白質の同時観察の準備は終了しており、今後本格的な計測を開始する。また、TM-JMペプチド2量体の構造ダイナミクスに関しては、分子動力学計算による検証が共同研究として進行中である。

次年度使用額が生じた理由

当初計画から派生したEGFRペプチドに関する研究が予想外に進捗し、そのとりまとめと論文作成(Maeda et al. Biophys J 2018)にかなりの時間を要した。そのために、本来の研究計画を完成させるために、今しばらく時間が掛かる。研究計画を延長して実験を行うための予算として次年度使用額を計上した。試料作成・データ取得のための消耗品と、顕微鏡改良のための設備備品購入に充てる。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] Ulsan University(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      Ulsan University
  • [雑誌論文] Single-molecule imaging and manipulation of biomolecular machines and systems2018

    • 著者名/発表者名
      Iino Ryota、Iida Tatsuya、Nakamura Akihiko、Saita Ei-ichiro、You Huijuan、Sako Yasushi
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1862 ページ: 241~252

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.08.008

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Inferring a nonlinear biochemical network model from a heterogeneous single-cell time course data2018

    • 著者名/発表者名
      Shindo Yuki、Kondo Yohei、Sako Yasushi
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 8 ページ: 6790

    • DOI

      10.1038/s41598-018-25064-w

  • [雑誌論文] Transient Acceleration of Epidermal Growth Factor Receptor Dynamics Produces Higher-Order Signaling Clusters2018

    • 著者名/発表者名
      Hiroshima Michio、Pack Chan-gi、Kaizu Kazunari、Takahashi Koichi、Ueda Masahiro、Sako Yasushi
    • 雑誌名

      Journal of Molecular Biology

      巻: 430 ページ: 1386~1401

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2018.02.018

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Lipid-Protein Interplay in Dimerization of Juxtamembrane Domains of Epidermal Growth Factor Receptor2018

    • 著者名/発表者名
      Maeda Ryo、Sato Takeshi、Okamoto Kenji、Yanagawa Masataka、Sako Yasushi
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 114 ページ: 893~903

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2017.12.029

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Single-molecule fluorescence-based analysis of protein conformation, interaction, and oligomerization in cellular systems2017

    • 著者名/発表者名
      Okamoto Kenji、Hiroshima Michio、Sako Yasushi
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 10 ページ: 317~326

    • DOI

      doi: 10.1007/s12551-017-0366-3

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 細胞膜受容体の運動・会合と生理活性2018

    • 著者名/発表者名
      佐甲靖志
    • 学会等名
      第17回生化学セミナー、東邦大学医学部
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞膜受容体の1分子動態、生理学から薬理学へ2017

    • 著者名/発表者名
      佐甲靖志
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会 第42回関東支部講演会
    • 招待講演
  • [学会発表] Lipid-protein cooperativity in the regulation of juxtamembrane domain dimer formation in epidermal growth factor receptor2017

    • 著者名/発表者名
      Maeda, R., Sato, T., Okamoto, K., and Sako, Y.
    • 学会等名
      第55回日本生物物理学会年会
    • 招待講演
  • [学会発表] Single-molecule FRET measurement for EGFR-RAS-MAPK signal transduction pathway.2017

    • 著者名/発表者名
      Okamoto, K., Maeda, R., and Sako, Y.
    • 学会等名
      Deciphering complex energy landscape and kinetic network from single molecules to cells: a new challenge to make theories meet experiments
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 細胞内情報伝達のイメージング2017

    • 著者名/発表者名
      佐甲靖志
    • 学会等名
      理研公開シンポジウム「観る・測る・解く」4次元細胞計測の現状と未来
    • 招待講演
  • [産業財産権] Gタンパク質共役型受容体(GPCR)の活性評価方法2017

    • 発明者名
      柳川正隆、佐甲靖志、廣島通夫、安井真人、上田昌宏、冨樫祐一
    • 権利者名
      柳川正隆、佐甲靖志、廣島通夫、安井真人、上田昌宏、冨樫祐一
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      特願2017-84803

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公開日: 2018-12-17  

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