| 研究課題/領域番号 |
15KT0103
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
山下 雄史 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (50615622)
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| 研究分担者 |
児玉 大樹 東京大学, 数理(科)学研究科(研究院), 特任准教授 (40466826)
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| 研究期間 (年度) |
2015-07-10 – 2019-03-31
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| キーワード | 分子動力学シミュレーション / タンパク質-リガンド相互作用 / 分子ダイナミクス / 解析理論 |
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| 研究実績の概要 |
本研究の目的は、分子ダイナミクスを特徴付け、定量化し、比較分類研究を可能にするような数学的基盤の構築である。平成２７年度は、当初から計画していたタンパク質MUP-Iの分子動力学計算を実施して、次年度以降の研究の基盤ができあがった。また、分子動力学シミュレーションの解析から、タンパク質の本質的でない構造変化が原因となり、タンパク質-リガンド相互作用部位の構造変化を誤って解釈する危険性を見出した。これを取り除く方法として、skeletal coreという概念を導入し、系統的に解析にアーティファクトを引き起こす構造変化を取り除く方法を提案した。また、いくつかのタンパク質系に応用し有効性を確認した。近々、論文発表をおこなう予定である。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
予定していた分子動力学計算を順調に実行し、今後の解析・手法開発に利用できる基礎データを得ている。このことに加えて、これまでの解析手法に含まれるアーティファクトを取り除く系統的な方法を考案した。
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| 今後の研究の推進方策 |
分子動力学シミュレーションのデータを取得し、順調に研究が進んでいる。今後は、そのデータを利用し新たな数理解析技術の応用や新しい概念の導出をおこなっていく。特に、平成２８年度は、平成２８年度より栢沼愛博士（東京大学先端科学研究センター）高松佑一郎博士（東京大学先端科学研究センター）を連携研究者として追加し、本研究を加速したい。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
物品が業者の不手際により購入できない、参加予定の研究会が他の研究会と重なり参加を見送るなどの理由から、予定通り使用できなかった面がある。また、研究後半で大規模計算による検討や研究成果発表を充実させることを考慮し、研究費を繰り越すことにした。
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| 次年度使用額の使用計画 |
研究費の使用は予定どおりではないが、研究計画自体は順調に進展している。現在、研究後半での大規模計算の実施や研究成果の発表のための費用として使用することを計画しており、最終年度までに有効に全額使用する予定である。
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