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2017 年度 実績報告書

微生物の集団挙動に対する運動論モデリングと階層性の探究

研究課題

研究課題/領域番号 15KT0110
研究機関兵庫県立大学

研究代表者

安田 修悟  兵庫県立大学, シミュレーション学研究科, 准教授 (70456797)

研究分担者 青木 一生  京都大学, 工学研究科, 名誉教授 (10115777) [辞退]
西畑 伸也  東京工業大学, 情報理工学院, 教授 (80279299)
研究期間 (年度) 2015-07-10 – 2018-03-31
キーワード運動論 / 計算生物学 / 走化性バクテリア / 自己組織化
研究実績の概要

本研究では、走化性運動論モデルを用いて、理論とシミュレーションの比較を通して、走化性バクテリアの集団挙動における物理的、数理的な階層構造を明らかにすることを目的としてる。
これまでの研究で、走化性バクテリアの集団挙動に対するモンテカルロシミュレーション法の開発、走化性バクテリアの密度進行波とパターン形成の具体の問題の解析を行ってきた。具体の問題の解析では、走化性運動論モデルの理論解析によって、それぞれの集団挙動における数学的記述の階層性を明らかにした。また、独自に開発したモンテカルロ法の数値解析によって、理論を具体の問題を通して実証するとともに、集団挙動のマルチスケールメカニズムを具体的に明らかにした。さらに、シミュレーションと理論の比較を通して、開発したモンテカルロ法の数学的な基礎付けも行っている。
平成29年度は、研究開始当初の研究実施計画にそって、おもにこれまでの研究成果をまとめた論文の執筆と学会等での成果発表に重点的に取り組んだ。論文については、4編を執筆し、そのうち3編はすでに採択が決定している。学会やセミナーでの発表も活発に行い、10件の国際発表(うち8件が招待講演)、4件の国内発表(すべて招待講演)を行った。また、応用数学の国際研究拠点の一つであるパリ第6大学・ジャック=ルイ・リオンス研究所に長期研究滞在をし、フランスの応用数学者らとの2編の共著論文を執筆した。
本研究で開発したモンテカルロ法は、走化性バクテリアの様々な集団挙動に対して有効で汎用性がある。また、より複雑な系への拡張性と大規模計算に適した特徴も兼ね備えており、今後、様々な問題で活用することができる。さらに、本研究では、数学者との連携によって、開発するシミュレーション法の理論的基礎付けを行うことができた。このような取り組みは、シミュレーション法の開発の基礎研究として重要な意義を持つ。

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2018 2017 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 2件、 オープンアクセス 3件、 査読あり 3件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 10件、 招待講演 11件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Sorbonne University/Institut Camille Jordan/CNRS(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      Sorbonne University/Institut Camille Jordan/CNRS
  • [国際共同研究] Kaiserslautern(ドイツ)

    • 国名
      ドイツ
    • 外国機関名
      Kaiserslautern
  • [雑誌論文] Numerical analysis on the traveling pulse in a kinetic chemotaxis equation2018

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 雑誌名

      RIMS Kokyuroku

      巻: 2038 ページ: 130-139

    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Traveling wave and aggregation in a flux-limited Keller-Segel model2018

    • 著者名/発表者名
      V. Calvez, B. Perthame, and S. Yasuda
    • 雑誌名

      Kinet. Relat. Mod.

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Solidification of a simple liquid near wall in high-speed shear flows2018

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda and R. Ookawa
    • 雑誌名

      Journal of Physics: Conference Series

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Stiff-response-induced instability for chemotactic bacteria and flux-limited Keller-Segel equation2018

    • 著者名/発表者名
      B. Perthame and S. Yasuda
    • 雑誌名

      Nonlinearity

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] パリ滞在記2018

    • 著者名/発表者名
      安田修悟
    • 雑誌名

      分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • オープンアクセス
  • [学会発表] 走化性運動論モデルの不安定性とパターン形成2018

    • 著者名/発表者名
      安田修悟
    • 学会等名
      第7回計算科学連携セミナー, 非平衡現象のダイナミクス
  • [学会発表] 走化性運動論モデルの不安定性とパターン形成2018

    • 著者名/発表者名
      安田修悟
    • 学会等名
      非線形現象の数値シミュレーションと解析 2018
    • 招待講演
  • [学会発表] Traveling wave and aggregation in a flux-limited Keller-Segel model2018

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      The 12th AIMS Conference on Dynamical Systems
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Pattern formation and instability in a kinetic chemotaxis model2018

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      第15回 生物数学の理論とその応用 -次世代の数理科学への展開-
    • 招待講演
  • [学会発表] Monte Carlo method for kinetic chemotaxis model and its applications on traveling pulse and pattern formation2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      The IHP trimester "Stochastic Dynamics Out of equilibrium"
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Self-organized pattern formation of run-and-tumble chemotactic bacteria: Instability analysis and Monte Carlo simulation2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      Seminar at Kaiserslautern University
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Solidification of a simple liquid near wall in high-speed lubrication flows2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda and R. Ookawa
    • 学会等名
      Conference on Computational Physics (CCP) 2017
    • 国際学会
  • [学会発表] Monte Carlo simulation for pattern formation of run-and-tumble bacteria2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      Conference on Computational Physics (CCP) 2017
    • 国際学会
  • [学会発表] Self-organized pattern formation of run-and-tumble chemotactic bacteria: Instability analysis and Monte Carlo simulation2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      Seminar at RWTH Aachen University
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Synchronized Molecular-Dynamics simulation via global heat and momentum transport2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      Seminar at Karlsruher Institut of Technology
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Stiff-response-induced instability of chemotactic bacteria2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      Recent advances in kinetic equations and applications
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Self-organized pattern formation in run-and-tumble chemotactic bacteria with stiff response2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      Seminar at Penn State University
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Self-organized pattern formation in a kinetic transport equation for chemotactic bacteria2017

    • 著者名/発表者名
      S. Yasuda
    • 学会等名
      SIAM Conference on Analysis of PDE
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Self-organized pattern formation of run-and-tumble chemotactic bacteria2017

    • 著者名/発表者名
      安田修悟
    • 学会等名
      日本航空宇宙学会関西支部分科会「運動論方程式、流体力学とその周辺」
    • 招待講演
  • [備考] ORCID

    • URL

      http://orcid.org/0000-0002-1824-0032

URL: 

公開日: 2018-12-17  

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