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2004 年度 実績報告書

タンパク質のフォールディングやダイナミクスに関与する水和構造

研究課題

研究課題/領域番号 16041101
研究機関茨城大学

研究代表者

新村 信雄  茨城大学, 大学院・理工学研究科, 教授 (50004453)

研究分担者 田中 伊知朗  茨城大学, 工学部, 助教授 (20354889)
栗原 和男  日本原子力研究所, 中性子利用研究センター, 研究員 (50354890)
キーワード水素 / 水和構造 / 水素結合 / タンパク質 / 核酸 / 中性子回折 / 結晶育成 / 結晶成長相図
研究概要

我々はこれまでに、中性子回折法によりミオグロビン、ルブレドキシン(野生型、変異型)の水和構造を1.5Å分解能で決定し、そこで決定された水和水をフーリエ図に現れた形状から分類してみた結果、4種類、三角形型、長い棒型、短い棒型、球型のどれかに属することを見いだした。これら形状の違いは、水和水が近傍のアミノ酸残基とどのような水素結合の仕方をしているか及び水和水の分子運動の程度を反映している。例えば、三角形型に見える水和水の多くは3方向でそれぞれ近傍の原子と水素結合しており、温度因子を解析してみると他の形状の水和水より小さい値をとっていることが判明した。また、棒型、球型は2方向、1方向でそれぞれ近傍の原子と水素結合している。
タンパク質の水和構造はタンパク質周囲にダイポールモーメント場を形成する。その場をいくつかの基本的なタンパク質(proteinase K,α-amylase,β-lactoglobulin,α-lactoalbumin,2Zn insulin and cubic insulin)で求め、タンパク質表面に表れているアミノ酸残基と水和構造が形成するダイポールモーメント場の相関を得るため、基本的なタンパク質の中性子回折法による水和構造決定を行う。そのためには中性子回折実験に耐える大型結晶育成が必須で、我々がすでに開発した結晶成長相図を求め、それに基づいた結晶育成が適している。その結果、β-lactoglobulin,2Zn insulinとcubic insulinで大型結晶が得られた。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2004

すべて 雑誌論文 (12件)

  • [雑誌論文] A neutron crystallographic analysis of a rubredoxin mutant at 1.6Å resolution.2004

    • 著者名/発表者名
      T.Chatake, K.Kurihara, I.Tanaka, I.Tsyba, R.Bau, F.E.Jenny Jr., M.W.W.Adams, N.Niimura
    • 雑誌名

      Acta Cryst. D60

      ページ: 1364-1373

  • [雑誌論文] Formation of protein crystals (orthorhombic lysozyme) in quasi-microgravity environment obtained by superconducting magnet.2004

    • 著者名/発表者名
      D.C.Yin, N.I.Wakayama, K.Harata, M.Fujiwara, T.Kiyoshi, H.Wada, N.Niimura, S.Arai, W.D.Huang, Y.Tanimoto
    • 雑誌名

      J.Crystal Growth 270

      ページ: 184-191

  • [雑誌論文] 世界最高性能を誇る中性子回折装置2004

    • 著者名/発表者名
      新村信雄, 栗原和男, 田中伊知朗
    • 雑誌名

      化学同人「化学」 59・2

      ページ: 46-47

  • [雑誌論文] J-PARCへの夢 -J-PARCが拓くサイエンス・テクノロジー 中性子構造生物学 -ポスト・タンパク質3000計画-2004

    • 著者名/発表者名
      新村信雄
    • 雑誌名

      波紋 1441-43 14

      ページ: 41-43

  • [雑誌論文] DNAとタンパク質の巨大結晶を作る2004

    • 著者名/発表者名
      新村信雄
    • 雑誌名

      現代化学 396

      ページ: 26-30

  • [雑誌論文] 入門講座;中性子科学への招待(3) 中性子単結晶構造解析、生物回折計2004

    • 著者名/発表者名
      栗原和男, 田中伊知朗, 新村信雄
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 46

      ページ: 193-200

  • [雑誌論文] Crystallization of a large single crystal of cubic insulin for neutron protein Crystallography.2004

    • 著者名/発表者名
      M.Maeda, T.Chatake, I.Tanaka, A.Ostermann, N.Niimura
    • 雑誌名

      J.Synchr.Rad. 11

      ページ: 41-44

  • [雑誌論文] A new neutron single crystal diffractometer dedicated for biological macromolecules (BIX-4).2004

    • 著者名/発表者名
      K.Kurihara, I.Tanaka, M.Refai-Muslih, A.Ostermann, N.Niimura
    • 雑誌名

      J.Synchr.Rad. 11

      ページ: 68-71

  • [雑誌論文] Hydration structures in proteins and neutron diffraction experiment on dissimilatory sulfite reductase D (DsrD).2004

    • 著者名/発表者名
      T.Chatake, A.Ostermann, K.Kurihara, F.G.Parak, N.Mizuno, G.Voordouw, Y.Higuchi, I.Tanaka, N.Niimura
    • 雑誌名

      J.Synchr.Rad. 11

      ページ: 72-75

  • [雑誌論文] Hydrogen and Hydration in Proteins.2004

    • 著者名/発表者名
      Nobuo Niimura, Toshiyuki Chatake, Kazuo Kurihara, Mitsuru Maeda
    • 雑誌名

      Cell Biophys.Biochem 40

      ページ: 351-370

  • [雑誌論文] More rapid evaluation of biomacromolecular crystals for diffraction experiment2004

    • 著者名/発表者名
      S.Arai, T.Chatake, N.Suzuki, H.Mizuno, N.Niimura
    • 雑誌名

      Acta Cryst. D60

      ページ: 1032-1039

  • [雑誌論文] Neutron crystallographic study on rubredoxin from Pyrocuccus furiosus by BIX-3, a single-crystal diffractometer for biomacromolecules.2004

    • 著者名/発表者名
      K.Kurihara, I.Tanaka, T.Chatake, M.W.W.Adams, F.E.Jenny Jr., N.Moiseeva, R.Bau, N.Niimura
    • 雑誌名

      Pro.Natl.Acad.Sci.USA 101

      ページ: 11215-11210

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公開日: 2006-07-12   更新日: 2016-04-21  

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