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2005 年度 実績報告書

ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 16063101
研究機関東京大学

研究代表者

高木 利久  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)

研究分担者 小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
藤山 秋佐夫  国立情報学研究所, 学術研究情報研究系, 教授 (60142311)
辻 省次  東京大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (70150612)
小原 雄治  国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
菅野 純夫  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
キーワード生命システム / ゲノム機能解析 / 生命シミュレーション / バイオインフォマティクス / 遺伝子ネットワーク / 表現型解析 / ゲノムオントロジー / システム生物学
研究概要

本総括班は、「ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明」(略称:生命システム情報)を有機的かつ円滑に運営し、研究を効率良く進めるためのものである。また、この総括班は、「生命システム情報」だけでなく、「比較ゲノム」、「応用ゲノム」、「基盤ゲノム」を含む、ゲノム特定4領域全体の総括班としての機能も果たすように設計されている。そのため、ゲノム特定4領域の有機的、効率的運営のための活動もあわせて展開する。また、国内の関連プロジェクトやセンターとの連絡調整機能も果たす。
平成17年度に行ったおもな活動は以下の通りである。
・生命システム情報の班会議(平成17年7月4日〜5日、淡路)の開催
・ゲノム特定4領域の計画研究(63課題)、公募研究(99課題)の班員による合同班会議(平成17年9月6日〜8日、富山)の開催
・ゲノム特定4領域横断的班会議(微生物研究会(平成17年11月3日〜5日、宮崎、および平成18年3月3日〜4日、かずさ)、バイオインフォマティクス研究会(平成18年1月30日〜31日、福岡))の開催
・ゲノム研究者および市民が一堂に会して議論する「ゲノムフォーラム」(平成17年9月17日〜18日、東京、両日併せて約390人が参加)の開催
・高校生をおもな対象とした、研究者と市民との交流会「ミニゲノムひろば」(平成17年12月10日、福岡)の開催
・市民講座「ゲノム公開講座in富山」(平成17年9月8日、富山、270名の参加)の開催
・ゲノム情報国際会議GIW2005(平成17年12月19日〜21日、横浜)の開催
・ホームページの開設、運用、市民向け解説記事の充実
・ゲノム特定4領域の班員名簿および平成17年度研究成果報告書の作成
・ゲノム特定4領域で開発されたデータベースなどの成果公開用サーバの整備

  • 研究成果

    (31件)

すべて 2006 2005 その他

すべて 雑誌論文 (30件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Event Ontology : A Pathway-Centric Ontology for Biological Processes.2006

    • 著者名/発表者名
      Kushida, T.
    • 雑誌名

      Pacific Symposium on Biocomputing 11

      ページ: 152-163

  • [雑誌論文] Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway.2006

    • 著者名/発表者名
      Kuroki, Y.
    • 雑誌名

      Nature Genetics 38

      ページ: 158-167

  • [雑誌論文] Functional dissection of YabA, a negative regulator of DNA replication initiation in Bacillus subtilis.2006

    • 著者名/発表者名
      Noirot-Gros, M.
    • 雑誌名

      Proc Natl Acad Sci USA 103

      ページ: 2368-2373

  • [雑誌論文] Diversification of transcriptional modulation : Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes.2006

    • 著者名/発表者名
      Kimura., K.
    • 雑誌名

      Genome Res 16

      ページ: 55-65

  • [雑誌論文] DBTSS : Database of Human Transcription Start Sites, Progress Report 2006.2006

    • 著者名/発表者名
      Yamashita, R
    • 雑誌名

      Nucl.Acids Res 34

      ページ: D86-D89

  • [雑誌論文] ALICE : An Algorithm to Extract Abbreviations from MEDLINE.2005

    • 著者名/発表者名
      Ao, H.
    • 雑誌名

      J Am Med Inform Assoc 12(5)

      ページ: 576-586

  • [雑誌論文] Reassembly and interfacing neural models registered on biological model databases.2005

    • 著者名/発表者名
      Ohtake, M.
    • 雑誌名

      Genome Informatics Workshop

      ページ: 76-85

  • [雑誌論文] A Sentence Classification System for Multi-document Summarization in the Biomedical Domain.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, Y.
    • 雑誌名

      In the Proc.Of International Workshop on Biomedical Data Engineering -

      ページ: 90-95

  • [雑誌論文] Automatic Extraction of Gene/protein Biological Functions from Biomedical Text.2005

    • 著者名/発表者名
      Koike, A.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21

      ページ: 1227-1236

  • [雑誌論文] DNA sequence and analysis of human chromosome 18.2005

    • 著者名/発表者名
      Nusbaum, C.
    • 雑誌名

      Nature 437

      ページ: 551-555

  • [雑誌論文] Hagfish leukocytes express a paired receptor family with a variable domain resembling those of antigen receptors.2005

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, T.
    • 雑誌名

      J.Immunol 174

      ページ: 2885-2891

  • [雑誌論文] Interference of CREB-dependent transcriptional activation by expanded polyglutamine stretches-Augmentation of transcriptional activation as a potential therapeutic strategy for polyglutamine diseases.2005

    • 著者名/発表者名
      Shimohata, M.
    • 雑誌名

      J Neurochem 93

      ページ: 654-663

  • [雑誌論文] Polyglutamine represses cAMP-responsive-element-mediated transcription without aggregate formation.2005

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, T
    • 雑誌名

      Neuroreport 16(3)

      ページ: 295-299

  • [雑誌論文] The C. elegans RUNX transcription factor MAB-2/RNT-1 is required for asymmetrical cell division of the T blast cell.2005

    • 著者名/発表者名
      KAGOSHIMA, H.
    • 雑誌名

      Developmental Biology 287

      ページ: 262-273

  • [雑誌論文] nfi-1 affects behavior and life-span in C. elegans but is not essential for-DNA replication or survival.2005

    • 著者名/発表者名
      Lazakovitch, E.
    • 雑誌名

      BMC Developmental Biology 5

      ページ: 24

  • [雑誌論文] Synergistic regulation of competence development in Bacillus subtilis by two Rap-Phr systems.2005

    • 著者名/発表者名
      Bongiorni, C.
    • 雑誌名

      J Bacteriol 187

      ページ: 4353-4361

  • [雑誌論文] Bacillus subtlis YabA is involved in determining the timing and synchrony of replication initiation.2005

    • 著者名/発表者名
      Hayashi, M.
    • 雑誌名

      FEMS Microbiol Lett 247

      ページ: 73-79

  • [雑誌論文] 5'SAGE :5'-end Serial Analysis of Gene Expression database.2005

    • 著者名/発表者名
      Kasai, Y.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 33

      ページ: D550-D552

  • [雑誌論文] Substitution Rate and Structural Divergence of 5'UTR Evolution : Comparative Analysis Between Human and Cynomolgus Monkey cDNAs.2005

    • 著者名/発表者名
      Osada, N.
    • 雑誌名

      Mol Biol Evol 22

      ページ: 1976-1982

  • [雑誌論文] Identification and characterization of a canine highly similar to retinoic acid receptor alpha.2005

    • 著者名/発表者名
      Miyajima, N.
    • 雑誌名

      DNA Seq 16

      ページ: 7-15

  • [雑誌論文] Cyclopedic protein expression analysis of cultured canine mammary gland adeno carcinoma cells from six tumours.2005

    • 著者名/発表者名
      Nakagawa, T.
    • 雑誌名

      Res Vet Sci 80

      ページ: 317-323

  • [雑誌論文] Cell surface labeling and mass spectrometry reveal diversity of cell-surface markers and signaling molecules expressed in undifferentiated mouse embryonic stem cells.2005

    • 著者名/発表者名
      Nunomura, K.
    • 雑誌名

      Mol Cell Proteomics 4

      ページ: 1968-1976

  • [雑誌論文] Signal Sequence and Keyword Trap in silico for Selection of Full-Length Human cDNAs Encoding Secretion or Membrane Proteins from Oligo-Capped cDNA Libraries.2005

    • 著者名/発表者名
      Otsuki, T.
    • 雑誌名

      DNA Res 12

      ページ: 117-126

  • [雑誌論文] Centaurin-alpha 1 is a PI3K dependent activator of ERK1/2 map kinases.2005

    • 著者名/発表者名
      Hayashi H
    • 雑誌名

      J Biol Chem 281

      ページ: 1332-1337

  • [雑誌論文] Genome-wide analysis reveals strong correlation between CpG islands with nearby transcription start sites of genes and their tissue specificity.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamashita, R
    • 雑誌名

      Gene 350

      ページ: 129-136

  • [雑誌論文] A novel strategy to design highly specific PCR primers based on the stability and uniqueness of 3'-end subsequences.2005

    • 著者名/発表者名
      Miura, F.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(24)

      ページ: 4363-4370

  • [雑誌論文] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network.

    • 著者名/発表者名
      Koike, A.
    • 雑誌名

      J Am Soc Info Sci Tech (印刷中)

  • [雑誌論文] The GTP-binding protein, YlgF, participates in the late step of 50S ribosomal subunit assembly in Bacillus subtilis.

    • 著者名/発表者名
      Matsuo, Y.
    • 雑誌名

      J Biol Chem (印刷中)

  • [雑誌論文] Bacillus subtilis EzrA abd FtsL synergistically regulate FtsZ ring dynamics during cell division.

    • 著者名/発表者名
      Kawai, Y.
    • 雑誌名

      Microbiol (印刷中)

  • [雑誌論文] Transcriptional activators in yeast.

    • 著者名/発表者名
      Titz, B.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res (印刷中)

  • [図書] Genome Informatics 2005.2005

    • 著者名/発表者名
      Edited by Takagi, T.et al.
    • 総ページ数
      293
    • 出版者
      UNIVERSAL ACADEMY PRESS, INC

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公開日: 2007-04-02   更新日: 2016-04-21  

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