• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2007 年度 実績報告書

ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 16063101
研究機関東京大学

研究代表者

高木 利久  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)

研究分担者 小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
藤山 秋佐夫  国立情報学研究所, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
辻 省次  東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612)
小原 雄治  国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
菅野 純夫  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
キーワード生命システム / ゲノム機能解析 / 生命シミュレーション / バイオインフォマティクス / 遺伝子ネットワーク / 表現型解析 / ゲノムオントロジー / システム生物学
研究概要

本総括班は、「ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明」(略称:生命システム情報)を有機的かつ円滑に運営し、研究を効率良く進めるためのものである。また、この総括班は、「生命システム情報」だけでなく、「比較ゲノム」、「応用ゲノム」、「基盤ゲノム」を含む、ゲノム特定4領域全体の総括班としての機能も果たすように設計されている。そのため、ゲノム特定4領域の有機的、効率的運営のための活動もあわせて展開する。また、国内の関連プロジェクトやセンターとの連絡調整機能も果たす。
平成19年度に行ったおもな活動は以下の通りである。
・ゲノム特定4領域の計画研究(66課題)、公募研究(103課題)、支援班(5課題)の班員による合同班会議(平成19年6月25日〜27日、神戸)の開催
・ゲノム研究者と一般市民の交流イベント「ゲノムひろば」(平成19年10月13日〜14日大阪)の開催
・領域横断微生物研究会(平成19年9月23日〜25日、広島)の開催
・インフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(平成19年11月22日〜23日、柏)の開催
・高校生をおもな対象とした、研究者と市民との交流会「ミニゲノムひろば」(平成19年12月23日、福岡)の開催
・成果公開シンポジウム(平成20年1月28日、東京)の開催
・ホームページの運用、市民向け解説記事の充実、英語ページの作成
・ゲノム特定4領域の電子名簿および平成19年度研究成果報告書の作成
・ゲノム特定4領域で開発されたデータベースなどの成果公開用サーバの整備
・班員専用SNS(ソーシャルネットワーキングサービス)システム開設

  • 研究成果

    (43件)

すべて 2008 2007 その他

すべて 雑誌論文 (27件) (うち査読あり 27件) 学会発表 (6件) 図書 (6件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] The genome of the moss Physcomitrella patens reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants.2008

    • 著者名/発表者名
      Rensing, S, A. (Fujiyama, A., Kohara, Y., Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Science 319(5859)

      ページ: 64-69

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Familial cases presenting very early onset autosomal dominant Alzheimer's disease with I143T in presenilin-1 gene: Implication for genotype-phenotype correlation.2008

    • 著者名/発表者名
      Arai, N. (Tsuji, S.)
    • 雑誌名

      Neurogenetics (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of high-throughput microarray-based resequencing system for neurological disorders and its application to molecular genetics of amyotrophic lateral sclerosis.2008

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, Y. (Tsuji, S.)
    • 雑誌名

      Arch Neurol. (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Total deletion and a missense mutation of ITPR1 in Japanese SCA15 families.2008

    • 著者名/発表者名
      Hara, K. (Tsuji, S.)
    • 雑誌名

      Neurol. (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Discrimination between stable and dynamic components of proteincomplexes by means of quantitative proteomics.2008

    • 著者名/発表者名
      Kito, K. (Ito, T.)
    • 雑誌名

      Proteomics (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DBTSS:database of transcription start sites, progress report 2008.2008

    • 著者名/発表者名
      Wakaguri, H. (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 36

      ページ: 97-100

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstruction of highly heterogeneous gene-content evolution across the three domains of life2007

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Bioinformatics 23(13)

      ページ: 230-239

    • 査読あり
  • [雑誌論文] OReFiL: an online resource finder for life sciences2007

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, Y. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      BMC Bioinformatics 8

      ページ: 287

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes2007

    • 著者名/発表者名
      Kurokawa, K. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      DNA Research 14(4)

      ページ: 169-181

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intrinsic promoter activities of primary DNA sequences in the human genome2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      DNA Research 14(2)

      ページ: 71-77

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Biomedical knowledge navigation by literature clustering2007

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, Y. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Journal of Biomedical Informatics 40(2)

      ページ: 114-130

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Knowledge discovery based on an implicit and explicit conceptual network2007

    • 著者名/発表者名
      Koike, A. (Takagi, T.)
    • 雑誌名

      Journal of the American Society for Information Science and Technology 58(1)

      ページ: 51-65

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution.2007

    • 著者名/発表者名
      Kasahara, M. (Fujiyama, A., Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      Nature 447

      ページ: 714-719

    • 査読あり
  • [雑誌論文] UTGB/medaka: genomic resource database for medaka biology.2007

    • 著者名/発表者名
      Ahsan, B. (Fujiyama, A.)
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Sox9b/sox9a2-EGFP transgenic medaka reveals the morphological reorganization of the gonads and a common precursor of both the female and male supporting cells.2007

    • 著者名/発表者名
      Nakamura, S. (Fujiyama, A.)
    • 雑誌名

      Mol Reprod Dev. (印刷中)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Asian Origin for the Worldwide-Spread Mutational Event in Machado-Joseph Disease.2007

    • 著者名/発表者名
      Martins, S. (Tsuji, S.)
    • 雑誌名

      Arch Neurol. Oct;64(10)

      ページ: 1502-1508

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retrotransposon Silencing by DNA Methylation can Drive Mammalian Genomic Imprinting.2007

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, S. (Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      PLos Genetics 3,No.4

      ページ: 55

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RUNX regulates stem cell proliferation and differentiation: Insights from studies of C. elegans.2007

    • 著者名/発表者名
      Kagoshima, H. (Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      J Cell Biochem. Apr 1;100(5)

      ページ: 1119-1130

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The C. elegans CBFb homologue BRO-1 interacts with the Runx factor, RNT-1, to promote stem cell proliferation and self-renewal.2007

    • 著者名/発表者名
      Kagoshima, H.(Kohara, Y.)
    • 雑誌名

      Development 134

      ページ: 3905-3915

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Proteomic analysis of in vivo 14-3-3 interactions in the yeast Saccharomyces cerevisiae.2007

    • 著者名/発表者名
      Kakiuchi, K. (Ito, T.)
    • 雑誌名

      Biochemistry 46

      ページ: 7781-7792

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and function of the PB1 domain, a protein interactionmodule conserved in animals, fungi, amoebas, and plants.2007

    • 著者名/発表者名
      Sumimoto, H.(Ito, T.)
    • 雑誌名

      Science's STKE 007

      ページ: 6

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distribution of stable DnaA-binding sites on the Bacillus subtilisgenome Detected using a modified ChIP-chip method.2007

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, S. (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      DNA Res. 14

      ページ: 155-168

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The entire organization of transcription units on the Bacillus subtilis genome.2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, H. (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      BMC Genomics 8

      ページ: 197

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation and characterization of a dominant negative mutant of Bacillus subtilis GTP-binding Protein, YlqF, essential for biogenesis and maintenance of the 50S ribosomal subunit.2007

    • 著者名/発表者名
      Matsuo, Y. (Ogasawara, N.)
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 282

      ページ: 25270-25277

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional gene screening system identified TRPV4 as a regulator of chondrogenic differentiation.2007

    • 著者名/発表者名
      Muramatsu, S. (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      J Biol Chem. 282

      ページ: 32158-32167

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distinct class of putative "non-conserved"promoters in humans: Comparative studies of alternative promoters of human and mouse genes.2007

    • 著者名/発表者名
      Tsuritani, K. (Sugano, S.)
    • 雑誌名

      Genome Res. 17

      ページ: 1005-1014

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Intrinsic Promoter Activities of Primary DNA Sequences in the Human Genome.2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y.(Sugano, S.)
    • 雑誌名

      DNA Res. 14

      ページ: 71-77

    • 査読あり
  • [学会発表] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome: Yeast as a potential model organism for ncRNA research.2007

    • 著者名/発表者名
      Ito, T.
    • 学会等名
      The 7th International Workshop on Advanced Genomics
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2007-11-28
  • [学会発表] デュアルベイト逆2ハイブリッドシステムとPCS-MSによるタンパク質間相互作用の機能解析2007

    • 著者名/発表者名
      伊藤隆司
    • 学会等名
      日本ヒトプロテオーム機構第5回大会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2007-07-30
  • [学会発表] Distribution of Transcription Elongatio Factor NusA and GreA in Bacillus subtilis.2007

    • 著者名/発表者名
      Kusuya, Y.(Ogasawara, N.)
    • 学会等名
      4th Conference on Functional. Genomics of Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa, Italy.
    • 年月日
      2007-06-25
  • [学会発表] Regulation of initiation of replication of the Bacillus subtilis genomeby DnaA and YabA.2007

    • 著者名/発表者名
      Cho, E.(Ogasawara, N.)
    • 学会等名
      4th Conference on Functional Genomics of Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa, Italy.
    • 年月日
      2007-06-25
  • [学会発表] In vivo dynamics of the Bacillus subtilis RNA polymerase on the Genome.2007

    • 著者名/発表者名
      Ishikawa, S.(Ogasawara, N.)
    • 学会等名
      4th Conference on Functional Genomics of Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa, Italy.
    • 年月日
      2007-06-24
  • [学会発表] Y2H and MS approaches for annotating protein interactions and modifications, Interactome Mapping Project for Human and Model Organisms.2007

    • 著者名/発表者名
      Ito, T.
    • 学会等名
      Cold Spring Harbor
    • 発表場所
      NY, USA
    • 年月日
      2007-04-24
  • [図書] 医学生物学分野におけるシソーラスとテキストマイニング技術の開発(実験医学増刊号Vol.26, No.7)2008

    • 著者名/発表者名
      小池麻子(高木利久)
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
  • [図書] The Five Year Project for Genome Research in Japan: Genome Science 2004-2009(special issue, Bioinformatics in Japnan, (2007)11, 1030-1032)2007

    • 著者名/発表者名
      Fujiyama, A
    • 総ページ数
      3
    • 出版者
      Asia Pacific Biotech News
  • [図書] ヒトへの進化のゲノム基盤、ヒト・霊長類の比較ゲノム解析(「実験医学」25, 226-231)2007

    • 著者名/発表者名
      渡邉日出海(藤山秋佐夫)
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
  • [図書] ヒトーチンプY染色体の常染色体よりも早い進化male-driven evolutionの可能性(「遺伝 別冊」No.20, 138-143)2007

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子(藤山秋佐夫)
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      裳華房
  • [図書] ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴(「細胞工学別冊 比較ゲノム学から読み解く生命システム」pp43-49)2007

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子(藤山秋佐夫)
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      秀潤社
  • [図書] Chapter 9 Methods for protein-protein interaction analysis (「Introduction to Systems Biology」542, pp160-182)2007

    • 著者名/発表者名
      Kito, K.(Ito, T)
    • 総ページ数
      23
    • 出版者
      Humana Press
  • [備考] Takagi, T. BioTermNet:明示的/潜在的な概念間の関係性のネットワークの可視化

    • URL

      http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/

  • [備考] Takagi, T. OReFiL:インターネット上のデータベースやツールなどの検索システム

    • URL

      http://orefil.dbcls.jp/

  • [備考] Ito, T.出芽酵母完全長cDNA解析プロジェクトホームページ

    • URL

      http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/GCap/

  • [備考] Ito, T. UT Genome Browser for yeast

    • URL

      http://yeast.utgenome.org/

URL: 

公開日: 2010-02-04   更新日: 2014-12-10  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi