• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2008 年度 実績報告書

ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明

研究課題

研究課題/領域番号 16063101
研究機関東京大学

研究代表者

高木 利久  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)

研究分担者 小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
キーワード生命システム / ゲノム機能解析 / 生命シミュレーション / バイオインフォマティクス / 遺伝子ネットワーク / 表現型解析 / ゲノムオントロジー / システム生物学
研究概要

本総括班は、「ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明上(略称 : 生命システム情報)を有機的かつ円滑に運営し、研究を効率良く進めるためのものである。また、この総括班は、「生命システム情報」だけでなく、「比較ゲノム」、「応用ゲノム」、「基盤ゲノム」を含む、ゲノム特定4領域全体の総括班としての機能も果たすように設計されている。そのため、ゲノム特定4領域の有機的、効率的運営のための活動もあわせて展開する。また、国内の関連プロジェクトやセンターとの連絡調整機能も果たす。
平成20年度に行ったおもな活動は以下の通りである。
国際シンポジウム「新しいシークエンス技術とメタゲノム解析のインパクト」(平成20年5月28日、弥生講堂)の開催
ゲノム特定4領域の計画研究(69課題)、公募研究(84課題)、支援班(5課題)の班員による合同班会議(平成20年8月25日〜27日、神戸)の開催
ゲノム研究者と一般市民の交流イベント「ゲノムひろば」(平成20年10月25日〜26日、名古屋)の開催
領域横断微生物研究会(平成20年11月12目〜14日、石川)の開催
インフォマティクス研究者と医学研究者の交流会(平成20年11月21日〜22目、柏)の開催
高校生をおもな対象とした、研究者と市民との交流会「ミニゲノムひろば」(平成20年12月23日、福岡)の開催
成果公開シンポジウム(平成21年2月25日、東京)の開催
ホームページの運用
ゲノム特定4領域の電子名簿および平成20年度研究成果報告書の作成
ゲノム特定4領域で開発されたデータベースなどの成果公開用サーバの整備
新型シーケンサー(454FLX)を利用した研究支援活動
班員専用SNS(ソーシャルネットワーキングサービス)運用

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (5件)

  • [雑誌論文] Rapid Pathway Evolution Facilitated by Horizontal Gene Transfers across Prokaryotic Lineages2009

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W.
    • 雑誌名

      PLoS Genetics 5(3)

      ページ: e1000402

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Classifying biomedical figures using combination of bag of keypoints and bag of keywords2009

    • 著者名/発表者名
      Koike, A.
    • 雑誌名

      Proc. of 2nd Int. Workshop on Intell. Inform. in Biol. and Med 1(印刷中)(掲載確定)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Differential binding profiles of StpA in wild-type and has mutantcells : a comparative analysis of cooperative partners by chromatin immunoprecipitation-microarray analysis2009

    • 著者名/発表者名
      Uyar, E.
    • 雑誌名

      J Bacteriol 191

      ページ: 2388-2391

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Figure Classification in Biomedical Literature towards Figure Mining2008

    • 著者名/発表者名
      Ishii, N.
    • 雑誌名

      2008 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine

      ページ: 263-269

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The functional analysis of YabA, which interacts with DnaA and regulates initiation of chromosome replication in Bacillus subtils2008

    • 著者名/発表者名
      Cho, E.
    • 雑誌名

      Genes Genet Sys 83

      ページ: 111-125

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Metabolomics approach for determining growth-specific metabolites based on Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry2008

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, H.
    • 雑誌名

      Anal Bioanal Chem 391

      ページ: 2769-2782

    • 査読あり
  • [学会発表] 既知複合体立体構造データベースを利用したタンパク質一リガンド相互作用パターンの解析と結合様式予測手法の開発2009

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      日本薬学会第129年会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-03-27
  • [学会発表] 枯草菌染色体のDnaA結合配列の機能2009

    • 著者名/発表者名
      奥村元
    • 学会等名
      第3回日本ゲノム微生物学会年会
    • 年月日
      2009-03-07
  • [学会発表] Control of RNA polymerase dynamics by GreA in B. subtilis2009

    • 著者名/発表者名
      楠屋陽子
    • 学会等名
      第3回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2009-03-06
  • [学会発表] 既知複合体立体構造の知識に基づいたタンパク質-リガンド結合様式予測手法の開発2008

    • 著者名/発表者名
      笠原浩太
    • 学会等名
      第31回情報化学討論会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2008-11-13
  • [学会発表] Distribution of RNA polymerase on the Bacillus subtilis genome2008

    • 著者名/発表者名
      Ogasawara, N.
    • 学会等名
      GENOMES 2008, Functional Genomics of Microorganisms
    • 発表場所
      Paris, France
    • 年月日
      2008-04-09

URL: 

公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi