• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2009 年度 研究成果報告書

ゲノム機能解析とインフォマティクスを駆使した生命システムの解明

研究課題

  • PDF
研究課題/領域番号 16063101
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関東京大学

研究代表者

高木 利久  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (30110836)

研究分担者 伊藤 隆司  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (90201326)
小笠原 直毅  奈良先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 教授 (10110553)
藤山 秋佐夫  国立情報学研究所, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
辻 省次  東京大学, 医学部附属病院, 教授 (70150612)
小原 雄治  国立遺伝学研究所, 生物遺伝資源情報総合センター, 教授 (70135292)
菅野 純夫  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 教授 (60162848)
久原 哲  九州大学, 大学院・農学研究院, 教授 (00153320)
林 哲也  宮崎大学, フロンティア科学実験総合センター, 教授 (10173014)
加藤 和人  京都大学, 人文科学研究所, 准教授 (10202011)
研究期間 (年度) 2004 – 2009
キーワード生命システム / ゲノム機能解析 / 生命シミュレーション / バイオインフォマティクス / 遺伝子ネットワーク / 表現型解析 / ゲノムオントロジー / システム生物学
研究概要

本総括班では、ゲノム特定4領域の一つである「生命システム情報」の4つの研究項目間の緊密な連携を図り、領域全体を有機的に円滑に運営し、研究を効率良く進める為の活動を行った。また、「生命システム情報」だけでなく、本領域と一体として設計・設定された3つの特定領域「比較ゲノム」、「応用ゲノム」、「基盤ゲノム」をあわせたゲノム特定4領域全体の有機的、効率的運営の為の活動もあわせて展開した。

  • 研究成果

    (37件)

すべて 2009 2008 2007 2006 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (27件) (うち査読あり 27件) 学会発表 (2件) 図書 (2件) 備考 (6件)

  • [雑誌論文] Rapid pathway evolution facilitated by horizontal gene transfers across prokaryotic lineages2009

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W., Takagi, T.
    • 雑誌名

      PLoS Genetics 5(3)

      ページ: 1000402

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Physcomitrella genome reveals evolutionary insights into the conquest of land by plants2008

    • 著者名/発表者名
      Rensing, SA., Lang, D., Zimmer, AD., Terry, A., Salamov, A., Shapiro, H., Nishiyama, T., Perroud, PF., Lindquist, EA., Kamisugi, Y., Tanahashi, T., Sakakibara, K., Fujita, T., Oishi, K.,Shin-I, T., Kuroki, Y., Toyoda, A., Suzuki, Y., Hashimoto, S., Yamaguchi, K., Sugano, S., Kohara, Y., Fujiyama, A., Anterola, A., Aoki, S., Ashton, N., Barbazuk, WB., Barker, E., Bennetzen, JL., Blankenship, R., Cho, SH., Dutcher, SK., Estelle, M., Fawcett, JA., Gundlach, H., Hanada, K., Heyl, A., Hicks, KA., Hughes, J., Lohr, M., Mayer, K., Melkozernov, A., Murata, T., Nelson, DR., Pils, B., Prigge, M., Reiss, B., Renner, T., Rombauts, S., Rushton, PJ., Sanderfoot, A., Schween, G., Shiu, SH., Stueber, K., Theodoulou, FL., Tu, H., Van de Peer Y., Verrier, PJ., Waters, E., Wood, A., Yang, L., Cove, D., Cuming, AC., Hasebe, M., Lucas, S., Mishler, BD., Reski, R., Grigoriev, IV., Quatrano, RS., Boore, JL.
    • 雑誌名

      Science 319(5859)

      ページ: 64-69

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Development of a high-throughput microarray-based resequencing system for neurological disorders and its application to molecular genetics of amyotrophic lateral sclerosis2008

    • 著者名/発表者名
      Takahashi, Y., Seki, N., Ishiura, H., Mitsui, J., Matsukawa, T., Kishino, A., Onodera, O., Aoki, M., Shimozawa, N., Murayama, S., Itoyama, Y., Suzuki, Y., Sobue, G., Nishizawa, M., Goto, J., Tsuji, S.
    • 雑誌名

      Arch Neurol 65(10)

      ページ: 1326-1332

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reconstruction of highly heterogeneous gene-content evolution across the three domains of life2007

    • 著者名/発表者名
      Iwasaki, W., Takagi, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 23(13)

      ページ: i230-239

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution2007

    • 著者名/発表者名
      Kasahara, M., Naruse, K., Sasaki, S., Nakatani, Y., Qu, W., Ahsan, B., Yamada, T., Nagayasu, Y., Doi, K., Kasai, Y., Jindo, T., Kobayashi, D., Shimada, A., Toyoda, A., Kuroki, Y., Fujiyama, A., Sasaki, T., Shimizu, A., Asakawa, S., Shimizu, N., Hashimoto, S., Yang, J., Lee, Y., Matsushima, K., Sugano, S., Sakaizumi, M., Narita, T., Ohishi, K., Haga, S., Ohta, F., Nomoto, H., Nogata, K., Morishita, T., Endo, T., Shin-I, T., Takeda, H., Morishita, S., Kohara, Y.
    • 雑誌名

      Nature 447(7145)

      ページ: 714-719

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Retrotransposon silencing by DNA methylation can drive mammalian genomic imprinting2007

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, S., Ono, R., Narita, T., Pask, AJ., Shaw, G., Wang, C., Kohda, T., Alsop, AE., Marshall, Graves, JA., Kohara, Y., Ishino, F., Renfree, MB., Kaneko-Ishino, T.
    • 雑誌名

      PLoS Genet. 3(4)

      ページ: 55

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The C. elegans CBFbeta homologue BRO-1 interacts with the Runx factor, RNT-1, to promote stem cell proliferation and self-renewal2007

    • 著者名/発表者名
      Kagoshima, H., Nimmo, R., Saad, N., Tanaka, J., Miwa, Y., Mitani, S., Kohara, Y., Woollard, A.
    • 雑誌名

      Development 134(21)

      ページ: 3905-3915

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The entire organization of transcription units on the Bacillus subtilis genome2007

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, H., Akitomi, J., Fujii, N., Kobayashi, K., Altaf-Ul-Amin, M., Kurokawa, K., Ogasawara, N., Kanaya, S.
    • 雑誌名

      BMC Genomics 8

      ページ: 197

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Distinct class of putative "non-conserved" promoters in humans: comparative studies of alternative promoters of human and mouse genes2007

    • 著者名/発表者名
      Tsuritani, K., Irie, T., Yamashita, R., Sakakibara, Y., Wakaguri, H., Kanai, A., Mizushima-Sugano, J., Sugano, S., Nakai, K., Suzuki, Y.
    • 雑誌名

      Genome Res. 17(7)

      ページ: 1005-1014

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Axial patterning in cephalochordates and the evolution of the organizer2007

    • 著者名/発表者名
      Yu, JK., Satou, Y., Holland, ND., Shin-I, T., Kohara, Y., Satoh, N., Bronner-Fraser, M., Holland, LZ.
    • 雑誌名

      Nature 445(7128)

      ページ: 613-617

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gene organization of the liverwort Y chromosome reveals distinct sex chromosome evolution in a haploid system2007

    • 著者名/発表者名
      Yamato, KT., Ishizaki, K., Fujisawa, M., Okada, S., Nakayama, S., Fujishita, M., Bando, H., Yodoya, K., Hayashi, K., Bando, T., Hasumi, A., Nishio, T., Sakata, R., Yamamoto, M., Yamaki, A., Kajikawa, M., Yamano, T., Nishide, T., Choi, SH., Shimizu-Ueda, Y., Hanajiri, T., Sakaida, M., Kono, K., Takenaka, M., Yamaoka, S., Kuriyama, C., Kohzu, Y., Nishida, H., Brennicke, A., Shin-I, T., Kohara, Y., Kohchi, T., Fukuzawa, H., Ohyama, K.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. 104(15)

      ページ: 6472-6477

    • 査読あり
  • [雑誌論文] a database for comparative study of transcriptomes of parasites defined by full-length cDNAs2007

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, J., Wakaguri, H., Sasaki, M., Suzuki, Y., Sugano, S.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 35

      ページ: 431-438

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Rate of evolution in brain-expressed genes in humans and other primates2007

    • 著者名/発表者名
      Wang, HY., Chien, HC., Osada, N., Hashimoto, K., Sugano, S., Gojobori, T., Chou, CK., Tsai, SF., Wu, CI., Shen, CK.
    • 雑誌名

      PLoS Biol. 5(2)

      ページ: 13

    • 査読あり
  • [雑誌論文] MetaGene: prokaryotic gene finding from environmental genome shotgun sequences2006

    • 著者名/発表者名
      Noguchi, H., Park, J., Takagi, T.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 34(19)

      ページ: 5623-5630

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Human chromosome 11 DNA sequence and analysis including novel gene identification2006

    • 著者名/発表者名
      Taylor, TD., Noguchi, H., Totoki, Y., Toyoda, A., Kuroki, Y., Dewar, K., Lloyd,C., Itoh, T., Takeda, T., Kim, DW., She, X., Barlow, KF., Bloom, T., Bruford, E., Chang, JL., Cuomo, CA., Eichler, E., FitzGerald, MG., Jaffe, DB., LaButti, K., Nicol, R., Park, HS., Seaman, C., Sougnez, C., Yang, X., Zimmer, AR., Zody, MC., Birren, BW., Nusbaum, C., Fujiyama, A., Hattori, M., Rogers, J., Lander, ES., Sakaki, Y.
    • 雑誌名

      Nature 440(7083)

      ページ: 497-500

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Bacillus subtilis EzrA and FtsL synergistically regulate FtsZ ring dynamics during cell division2006

    • 著者名/発表者名
      Kawai, Y., Ogasawara, N.
    • 雑誌名

      Microbiology 152(Pt4)

      ページ: 1129-1141

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome2006

    • 著者名/発表者名
      Miura, F., Kawaguchi, N., Sese, J., Toyoda, A., Hattori, M., Morishita, S., Ito, T
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. 103(47)

      ページ: 17846-17851

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative analysis of chimpanzee and human Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway2006

    • 著者名/発表者名
      Kuroki, Y., Toyoda, A., Noguchi, H., Taylor, TD, Itoh, T., Kim, DS, Kim, DW, Choi, SH, Kim, IC, Choi, HH, Kim, YS, Satta, Y, Saitouk N., Yamada, T., Morishita, S., Hattori, M., Sakaki, Y., Park, HS, Fujiyama, A.
    • 雑誌名

      Nat. Genet. 38(2)

      ページ: 158-167

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Functional dissection of YabA, a negative regulator of DNA replication initiation in Bacillus subtilis2006

    • 著者名/発表者名
      Noirot-Gros, MF., Velten, M., Yoshimura, M., McGovern, S., Morimoto, T., Ehrlich, SD., Ogasawara, N., Polard, P., Noirot, P.
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci 103(7)

      ページ: 2368-2373

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes2006

    • 著者名/発表者名
      Kimura, K., Wakamatsu, A., Suzuki, Y., Ota, T., Nishikawa, T., Yamashita, R., Yamamoto, J., Sekine, M., Tsuritani, K., Wakaguri, H., Ishii, S., Sugiyama, T., Saito, K., Isono, Y., Irie, R., Kushida, N., Yoneyama, T., Otsuka, R., Kanda, K., Yokoi, T., Kondo, H., Wagatsuma, M., Murakawa, K., Ishida, S., Ishibashi, T., Takahashi-Fujii, A., Tanase, T., Nagai, K., Kikuchi, H., Nakai, K., Isogai, T., Sugano, S.
    • 雑誌名

      Genome Res. 16(1)

      ページ: 55-65

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA sequence and analysis of human chromosome 182005

    • 著者名/発表者名
      Nusbaum, C., Zody, MC., Borowsky, ML., Kamal, M., Kodira, CD., Taylor, TD., Whittaker, CA., Chang, JL., Cuomo, CA., Dewar, K., FitzGerald, MG., Yang, X., Abouelleil, A., Allen, NR., Anderson, S., Bloom,T., Bugalter, B., Butler, J., Cook, A., DeCaprio, D., Engels, R., Garber, M., Gnirke, A., Hafez, N., Hall, JL., Norman, CH., Itoh, T., Jaffe, DB., Kuroki, Y., Lehoczky, J., Lui, A., Macdonald, P., Mauceli, E., Mikkelsen, TS., Naylor, JW., Nicol, R., Nguyen, C., Noguchi, H., O'Leary, SB., O'Neill, K., Piqani, B., Smith, CL., Talamas, JA., Topham, K., Totoki, Y., Toyoda, A., Wain, HM., Young, SK., Zeng, Q., Zimmer, AR., Fujiyama, A., Hattori, M., Birren, BW., Sakaki, Y., Lander, ES.
    • 雑誌名

      Nature 437(7058)

      ページ: 551-555

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 5'SAGE: 5'-end serial analysis of gene expression database2005

    • 著者名/発表者名
      Kasai, Y., Hashimoto, S., Yamada, T., Sese, J., Sugano, S., Matsushima, K., Morishita, S.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res. 33

      ページ: 550-552

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A novel strategy to design highly specific PCR primers based on the stability and uniqueness of 3'-end subsequences2005

    • 著者名/発表者名
      Miura, F., Uematsu, C., Sakaki, Y., Ito, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(24)

      ページ: 4363-4370

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Automatic extraction of gene/protein biological functions from biomedical text2005

    • 著者名/発表者名
      Koike, A., Niwa, Y., Takagi, T.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(7)

      ページ: 227-1236

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 21q2004

    • 著者名/発表者名
      Yamada, Y., Watanabe, H., Miura, F., Soejima, H., Uchiyama, M., Iwasaka, T., Mukai, T., Sakaki, Y., Ito, T.
    • 雑誌名

      Genome Res. 14(2)

      ページ: 247-266

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 5'-end SAGE for the analysis of transcriptional start sites2004

    • 著者名/発表者名
      Hashimoto, S., Suzuki, Y., Kasai, Y., Morohoshi, K., Yamada, T., Sese, J., Morishita, S., Sugano, S., Matsushima, K.
    • 雑誌名

      Nature Biotechnology 22(9)

      ページ: 1146-1149

    • 査読あり
  • [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 222004

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, H., Fujiyama, A., Hattori, M., Taylor, TD, Toyoda, A., Kuroki, Y., Noguchi, H., BenKahla, A., Lehrach, H., Sudbrak, R., Kube, M., Taenzer, S., Galgoczy, P., Platzer, M., Scharfe, M., Nordsiek, G., Blocker, H., Hellmann, I., Khaitovich, P., Paabo, S., Reinhardt, R., Zheng, HJ, Zhang, XL, Zhu, GF, Wang, BF, Fu, G., Ren, SX, Zhao, GP, Chen, Z., Lee, YS, Cheong, JE, Choi, SH, Wu, KM, Liu, TT, Hsiao, KJ, Tsai, SF, Kim, CG, Oota, S., Kitano, T., Kohara,Y., Saitou, N., Park, HS, Wang, SY, Yaspo, ML, Sakaki, Y.
    • 雑誌名

      Nature 429(6990)

      ページ: 82-388

    • 査読あり
  • [学会発表] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome: Yeast as a potential model organism for ncRNA research2007

    • 著者名/発表者名
      Ito, T.
    • 学会等名
      The 7th International Workshop on Advanced Genomics
    • 発表場所
      Tokyo
    • 年月日
      2007-11-28
  • [学会発表] Distribution of transcription elongation factor NusA and GreA in Bacillus subtilis.2007

    • 著者名/発表者名
      Kusuya, Y.
    • 学会等名
      4th Conference on Functional Genomics of Gram-Positive Microorganisms
    • 発表場所
      Pisa, Italy
    • 年月日
      2007-06-25
  • [図書] 実験医学2007

    • 著者名/発表者名
      渡邉日出海
    • 総ページ数
      6
    • 出版者
      羊土社
  • [図書] 細胞工学別冊比較ゲノム学から読み解く生命システム2007

    • 著者名/発表者名
      黒木陽子
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      秀潤社
  • [備考] 特定領域ゲノム4領域ホームページ

    • URL

      http://www.genome-sci.jp

  • [備考] ゲノムひろば

    • URL

      http://hiroba.genome-sci.jp/

  • [備考] BioTermNet

    • URL

      http://btn.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/

  • [備考] OReFiL

    • URL

      http://orefil.dbcls.jp/

  • [備考] 出芽酵母完全長cDNA解析プロジェクトHP

    • URL

      http://itolab.cb.k.u-tokyo.ac.jp/GCap/

  • [備考] UT Genome Browser for yeast

    • URL

      http://yeast.utgenome.org/

URL: 

公開日: 2011-06-18   更新日: 2018-02-07  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi