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2008 年度 実績報告書

超分子高精度X線結晶構造解析法

研究課題

研究課題/領域番号 16087206
研究機関大阪大学

研究代表者

月原 冨武  大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 (00032277)

研究分担者 山下 栄樹  大阪大学, 蛋白質研究所, 助教 (00294132)
田中 秀明  大阪大学, 蛋白質研究所, 助教 (40346169)
キーワード生体超分子 / 構造 / 機能 / X線結晶構造解析
研究概要

巨大な超分子のX線結晶構造解析における解析精度の限界と分子量の限界を克服する方法を確立することを目指している。具体的には、第1は「16A分解能で分子量が42万のウシ心筋のチトクロム酸化酵素の結晶中の水素原子位置を決定できる方法を確立する。」ことと、第2は「分子量1300万の蛋白質、核酸複合体であるボルトの3A分解能X線結晶構造解析によって非水素原子の座標を決定する。」ことなどである。いずれの課題においても、良質の結晶の調製法、精度の高い回折実験法、構造解析法の開発が求められている。
これまでにチトクロム酸化酵素の良質の結晶を調製するために、アニーリング法を適用して、15A分解能の回折像を得た。SPring-8BL44XUで16A分解能のデータ収集に成功して、現在構造解析を進めている。これまでに16A分解能のデータに水素原子の情報が有ることを確認した。
ボルトの結晶構造解析では、35A超える分解能の回折強度データを得た。新たに、粒子の対象を決める手順を考案して、ボルトが珍しい39回対称を持っていることを明らかにした。さらに、その構造を3.5A分解能で構造決定に成功した。ボルトの外殻は78分子の主ボルト蛋白(MVP)て構成されており、MVPは9個の繰り返しドメイン、肩ドメイン、キャップヘリックスドメイン、キャップリングドメインの12ドメインで構成されている。肩トメインはラフトに結合するドメインに特徴的な構造をとっており、緑膿菌に感染したときにボルトがラフトに集まることと符合している
ヒトコネキシン-26ギャップ結合チャネルの構造を35A分解能で決定した。この構造解析においては、結晶の脱水による分解能の改善を行った。位相決定には同型性のわずかにずれた結晶も電子密度の平均に加えた。その結果、ギャップ結合チャネルとして最初の構造決定に成功し、今後の研究の要石となる構造を得た。

  • 研究成果

    (32件)

すべて 2009 2008 その他

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (24件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Structure of the connexin-26 gap junction channel at 3.5 A resolution2009

    • 著者名/発表者名
      S. Maeda
    • 雑誌名

      Nature (in press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Substrate binding induces structural changes in cytochrome p450cam2009

    • 著者名/発表者名
      K. Sakurai
    • 雑誌名

      Acta Cryst. F 65

      ページ: 80-83

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A peroxide bridge between Fe and Cu ions in the O2 reduction site of fully oxidized cytochrome c oxidase could suppress the proton punp2009

    • 著者名/発表者名
      H. Aoyama
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106

      ページ: 2165-2169

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The structure of rat liver vault at 3.5 angstrom resolution2009

    • 著者名/発表者名
      H. Tanaka
    • 雑誌名

      Science 323

      ページ: 384-388

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural analysis of Arabidopsis CnfU protein : an iron-sulfur cluster biosynthetic scafold in chloroplasts2008

    • 著者名/発表者名
      T. Yabe
    • 雑誌名

      J. Mol. Biol 381

      ページ: 160-173

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A vault ribonucleoprotein particle exhibiting 39-fold dihedral symmetry2008

    • 著者名/発表者名
      Koji Kato
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr. D 64

      ページ: 525-531

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure of human monoamine oxidase at 2.2 A resolution : The control of opening the entry for substrates/inhibitors2008

    • 著者名/発表者名
      Se-Young Son
    • 雑誌名

      Proc. Natl. Acad. USA 105

      ページ: 5739-5744

    • 査読あり
  • [学会発表] ヒト由来コネキシン26ギャップ結合チャネルのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      前田将司
    • 学会等名
      第7回コネキシン研究会
    • 発表場所
      京都府京都市ホテルルビノ京都堀川
    • 年月日
      20081219-20081220
  • [学会発表] ヒト由来コネキシン26ギャップ結合チャネルのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      前田将司
    • 学会等名
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
    • 発表場所
      茨城県つくば市つくば国際会議場
    • 年月日
      20081218-19
  • [学会発表] ラット肝臓由来vaultのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      加藤公児
    • 学会等名
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第5回公開シンポジウム
    • 発表場所
      茨城県つくば市つくば国際会議場
    • 年月日
      20081218-19
  • [学会発表] X-ray structure of the vault purified from rat liver2008

    • 著者名/発表者名
      田中秀明
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡県福岡市福岡国際会議場
    • 年月日
      20081203-20081205
  • [学会発表] Crystal structure of human gap junction channel2008

    • 著者名/発表者名
      前田将司
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡県福岡市福岡国際会議場
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] Refined structural analysis of carbon monoxide and nitric oxide at the dinuclear site of cytochrome c oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      村本和優
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡県福岡市福岡国際会議場
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] X-ray structural analysis of zinc/cadmium inhibitory site in bovine heart cyiochrome c oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      前由和範
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡県福岡市福岡国際会議場
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] High resolution and precise X-ray crystal structure determiantion of Cyctochrome c Oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      菅倫寛
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡県福岡市福岡国際会議場
    • 年月日
      20081203-05
  • [学会発表] Structure of vault purified from rat liver2008

    • 著者名/発表者名
      加藤公児
    • 学会等名
      第21回国際結晶学会年会
    • 発表場所
      大阪府大阪市グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-31
  • [学会発表] X-ray structure of Human gap Junction Channel2008

    • 著者名/発表者名
      前田将司
    • 学会等名
      第21回国際結晶学会年会
    • 発表場所
      大阪府大阪市グランキューブ大阪
    • 年月日
      20080823-20080831
  • [学会発表] X-ray crystal structural analysis of cyanide binding cytochrome coxidase2008

    • 著者名/発表者名
      Masao Mochizuki
    • 学会等名
      15^<th> European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Trinity College Dublin, Ireland
    • 年月日
      20080719-24
  • [学会発表] A peroxide bridge between the two metals in the dinuclear center of the fully oxidized cytochrome coxidase2008

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Aoyama
    • 学会等名
      15^<th> European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Trinity College Dublin, Ireland
    • 年月日
      20080719-24
  • [学会発表] Synthesis of functional Paracoccus Denitrificans cytochrome c oxidase by Escherichia coli cell-free coupled transcription/translation system2008

    • 著者名/発表者名
      Yukie Katayarna
    • 学会等名
      15^<th> European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Trinity College Dublin, Ireland
    • 年月日
      20080719-24
  • [学会発表] Mutations of possible proton-transfer pathways of bovine heart cytochrome c oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      Kunitoshi Shimokata
    • 学会等名
      15^<th> European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Trinity College Dublin, Ireland
    • 年月日
      20080719-24
  • [学会発表] X-ray structure of carbon monoxide at copper site of the dinuclear site of cytochrome c oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      Kazumasa Muramoto
    • 学会等名
      15^<th> European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Trinity College Dublin, Ireland
    • 年月日
      20080719-24
  • [学会発表] Structural analyses for lipid/protein interactions in bovine heart cytochrome c oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      Kyoko Shinzawa-Itoh
    • 学会等名
      15^<th> European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Trinity College Dublin, Ireland
    • 年月日
      20080719-24
  • [学会発表] X-ray structural analysis of zinc/cadmium inhibitory site in bovine heart cytochrome c oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      Kazumasa Muramoto
    • 学会等名
      15^<th> European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Trinity College Dublin, Ireland
    • 年月日
      20080719-24
  • [学会発表] Evidence for the H-channel proton pump in bovine cytochrome c oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      Shinya Yoshikawa
    • 学会等名
      15^<th> European Bioenergetics Conference
    • 発表場所
      Trinity College Dublin, Ireland
    • 年月日
      20080719-24
  • [学会発表] ウイルスなどの生体超分子のX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      月原冨武
    • 学会等名
      第55何毒素シンポジウム
    • 発表場所
      山梨県南都留郡ラフォーレ山中湖
    • 年月日
      20080702-04
  • [学会発表] ラット肝臓由来vaultのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      加藤公児
    • 学会等名
      特定領域研究丁生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
    • 発表場所
      兵庫県淡路市淡路夢舞台国際会議場
    • 年月日
      20080616-18
  • [学会発表] ヒト由来ギャップ結合チャネルのX線結晶構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      前田将司
    • 学会等名
      特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第4回ワークショップ
    • 発表場所
      兵庫県淡路市淡路夢舞台国際会議場
    • 年月日
      20080616-18
  • [学会発表] Structure of a large ribonucleoprotein complex2008

    • 著者名/発表者名
      加藤公児
    • 学会等名
      生体防御医学研究所第17回ホットスプリングハーバー国際シンポジウム/第3回研究所ネットワーク国際シンポジウム合同シンポジウム
    • 発表場所
      大分県別府市別府亀の井ホテル
    • 年月日
      20080201-02
  • [学会発表] X-ray structural analysis of bovine cytochrome c oxidase2008

    • 著者名/発表者名
      月原冨武
    • 学会等名
      International Symposium on Membrane Proteins and High Resolution X-ray Structural Analysis
    • 発表場所
      兵庫県赤穂郡先端科学技術支援センター
    • 年月日
      2008-09-01
  • [学会発表] 呼吸酵素チトクロム酸化酵素の働きの仕組み2008

    • 著者名/発表者名
      月原冨武
    • 学会等名
      千里ライフサイエンスセミナー「生命機能を支える生体超分子の高次構造と機能」
    • 発表場所
      大阪府豊中市千里ライフサイエンスセンター
    • 年月日
      2008-02-28
  • [備考]

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/tokutei/index.htm

URL: 

公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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