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2008 年度 実績報告書

電子線を用いた単粒子構造解析法の研究

研究課題

研究課題/領域番号 16087210
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

佐藤 主税  独立行政法人産業技術総合研究所, 脳神経情報研究部門, 研究グループ長 (00357146)

研究分担者 川田 正晃  独立行政法人 産業技術総合研究所, 情報技術研究部門, 主任研究員 (20356843)
キーワードタンパク質 / 3次元構造決定 / 電子顕微鏡 / ナノテクノロジー / 画像情報処理 / ニューラルネット / グリッドコンピューティング / クライオ電顕
研究概要

1 ATPはエネルギー源としてのみならず、皮膚から中枢神経まで広く存在するP2XおよびP2Y型ATP受容体を介して、痛覚等に関する細胞間情報伝達物質として働く。我々は以前、負染色電顕画像を用いてP2X_2受容体の2次元平均化による可視化に成功し、全体として花瓶の様な形であること、また上部平均画像の三回対称性から3量体構造であることを直接的に証明した(2005 BBRC)。本研究では約9万枚のクライオ電子顕微鏡粒子画像と単粒子解析法を用いて、ATP非存在下でのP2X_2の3次元構造を再構築した。その結果訂P2X_2受容体は細胞膜を挟んだ上下に隙間の多い緩やかなサブユニット構造を持ち、イオンやATP分子の取り込み、排出等に役立つことが想定された。さらに本構造はATP刺激の強度に応じてイオン透過性が変化する、P2X_2受容体の特異なチャネル特性を反映しているもの思われた。また細胞膜を貫通するポアと推定される部分には部分的狭窄が認められ、電気生理学的研究から推定される構造と一致した。軽い接触が激しい痛覚として感じられる異痛症(アロデニア)や、通常の暖かさを暑さに感じてしまう遺伝病等の解明へも役立つことが期待される。
2 RECK(Reversion-inducing cysteine-rich protein with Kazal motifs)は細胞膜結合型のプロテアーゼインヒビターで、特にMMP(matrix protease)ファミリーの阻害を通じて哺乳類の形態形成や癌化等を制御する。実際、RECK欠損マウヌでは胎生致死を引き起こし、また多くの癌でRECKタンパク質の量が低下していること、その発現量が癌の悪性度と相関が高いこと等が知られている。本研究ではMMP2とMMP7で切断を受けることによりRECKの活性化が起こり、細胞機能制御に重要な働きを持つファイブロネクチンのMMP7による分解を抑制することを示した。さらに遺伝子導入細胞を用いてRECKタンパク質の発現・精製を行い、負染色電顕画像からの3次元再構成により大きな空隙と突起状構造を持つカウベル型構造が示された。その開いた領域でプロテアーゼと結合し、機能制御することで癌の転移等を抑える機構が推定された。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2009 2008

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件) 学会発表 (12件)

  • [雑誌論文] Reconstruction of the P2X_2 receptor revealed a vase-shaped structure with lateral tunnels above the membrane2009

    • 著者名/発表者名
      K. Mio
    • 雑誌名

      Structure 117

      ページ: 266-275

    • 査読あり
  • [雑誌論文] RECK forms cowbell-shaped dimers and inhibits MMP catalyzed cleavage of fibronectin2009

    • 著者名/発表者名
      A. Omura
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 284

      ページ: 3461-3469

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 単粒子解析法によるセンサーチャネルタンパク質の解析(MS36)2009

    • 著者名/発表者名
      三尾和弘
    • 雑誌名

      日本結晶学会誌 51

      ページ: 71-72

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three-dimensional reconstruction of human CFTR chloride channel revealed an ellipsoidal structure with orifices beneath the putative trans membrane domain2008

    • 著者名/発表者名
      K. Mio
    • 雑誌名

      J. Biol. Chem. 283

      ページ: 30300-30310

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 電顕画像からの自動3次元再構成法の開発とTRPチャネルの構造2008

    • 著者名/発表者名
      小椋俊彦
    • 雑誌名

      顕微鏡 43

      ページ: 40-45

    • 査読あり
  • [学会発表] Three dimensional structures of ion channels revealed by electronmicroscopy : Na channel, IP_3 receptor, TRP channels and gamma-secretase2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      2009 IUPS International Conference of Physiological Sciences meeting
    • 発表場所
      Busan
    • 年月日
      2009-01-16
  • [学会発表] センサー膜タンパク質の構造解明12009

    • 著者名/発表者名
      三尾和弘
    • 学会等名
      2008年度 日本顕微鏡学会 生体構造解析分科会 研究討論会VIII
    • 発表場所
      別府
    • 年月日
      2009-01-09
  • [学会発表] センサー膜タンパク質の構造解明22009

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      2008年度 日本顕微鏡学会 生体構造解析分科会 研究討論会VIII
    • 発表場所
      別府
    • 年月日
      2009-01-09
  • [学会発表] 結晶を用いない単粒子電顕解析法によるイオンチャネルの構造解析 : Na・TRP・IP3Rチャネルの構造比較2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      BMB2008(第31回目本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] 電圧感受型モータータンパク質プレスチンの電子顕微鏡を用いた構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      三尾和弘
    • 学会等名
      BMB2008(第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-12
  • [学会発表] 培養液中における細胞の走査型電子顕微鏡観察2008

    • 著者名/発表者名
      西山英利
    • 学会等名
      BMB2008(第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会大会 合同大会)
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      2008-12-10
  • [学会発表] Maximum likelihood approach for picking-up process in single particle analysis2008

    • 著者名/発表者名
      川田正晃
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡市
    • 年月日
      2008-12-05
  • [学会発表] 単粒子解析によるTRP channel family間での構造比較(Structure of TRP channels revealed by single particle analysis using EM images)2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡市
    • 年月日
      2008-12-03
  • [学会発表] 電圧感受型モータータンパク質プレスチンの電子顕微鏡を用いた構造解析2008

    • 著者名/発表者名
      三尾和弘
    • 学会等名
      第46回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      福岡市
    • 年月日
      2008-12-03
  • [学会発表] The 3D structure of ion channels, sensors and receptors revealed by electron microscopy2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      International Conference of Physiological Sciences and 11th International Symposium on Molecular Medicine
    • 発表場所
      Crete
    • 年月日
      2008-10-09
  • [学会発表] Ion channel structures by single particle analysis using EM : Sodium and TRP channels, IP3 receptor2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      IUCr2008
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2008-08-26
  • [学会発表] TRPM2 channelの単粒子解析による構造解明2008

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      第4回TRPチャネル研究会
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2008-06-05

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公開日: 2010-06-11   更新日: 2016-04-21  

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