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2009 年度 実績報告書

電子線を用いた単粒子構造解析法の研究

研究課題

研究課題/領域番号 16087210
研究機関独立行政法人産業技術総合研究所

研究代表者

佐藤 主税  独立行政法人産業技術総合研究所, 脳神経情報研究部門, 研究グループ長 (00357146)

研究分担者 川田 正晃  独立行政法人産業技術総合研究所, 情報技術研究部門, 主任研究員 (20356843)
キーワードタンパク質 / 3次元構造決定 / 電子顕微鏡 / ナノテクノロジー / 画像情報処理 / ニューラルネット / グリッドコンピューティング / クライオ電顕
研究概要

我々の体の中では、様々な蛋白質が相互に作用して生理機能を営んでいる。その中には結晶を作製し難いものも存在し、単体での結晶作製が可能でも、大きな複合体を形成すると難しいことも多い。そのようなタンパク質でも精製さえできれば、結晶を必要としない電子線単粒子解析が可能である。単粒子解析は電顕法と画像情報学とを組み合わせた方法であり、我々は特に情報学的開発に力を入れ、様々な蛋白質の構造を決定した。
癌などの主原因の一つとして、酸化ストレスによる細胞の損傷か挙げられる。我々をこのストレスから守っている酸化ストレスセンサーであるKeap1は単体でも結晶を形成しないが、DCドメインのみだと結晶を形成する。そこから、X線によりβ-プロペラを主とする部分構造が解析された。さらに、我々はKeap1全蛋白構造を解明するために、このタンパク質を負染色後に撮影し、単粒子解析した。この2量体蛋白質は全体としてサクランボ状の形をしていた。その2つの房にはそれぞれ中心に小さな穴が上下に貫通しており、これかX線で解けたβ-プロペラの数Å径の穴に一致することがわかる。さらにその周囲を取り囲んでいるサクランボの実の表面にあたる膨らみ部分に、酸化ストレスを感知するSH基が存在して中のDCを制御することも推察された。
また、イオンチャネルは興奮・非興奮細胞での情報伝達に重要な分子である。これらの分子に関しても、免疫機構に必須なOrai1の構造を新たに解明した。さらに心筋の興奮制御や神経可塑性に特に重要なTRPC3チャネルに喘息治療薬ピラゾール化合物が結合する位置を決定した。

  • 研究成果

    (27件)

すべて 2010 2009

すべて 雑誌論文 (9件) (うち査読あり 9件) 学会発表 (18件)

  • [雑誌論文] Keapl is a forked-stem dimer structure with two large spheres enclosing the intervening, double glycine repeat, and C-terminaI domains.2010

    • 著者名/発表者名
      T.Ogura
    • 雑誌名

      Proc. Natl.Acad.Sci.USA VOL.107

      ページ: 2842-2847

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atmospheric scanning electron microscope observes cells and tissues in open medium through silicon nitride film.2010

    • 著者名/発表者名
      H.Nishiyama
    • 雑誌名

      J.Struct.Biol. VOL.169

      ページ: 438-449

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 大気圧走査電子顕微鏡(ASEM)による溶液中での細胞観察2009

    • 著者名/発表者名
      西山英利
    • 雑誌名

      顕微鏡 44巻

      ページ: 262-267

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Atmospheric Electron Microscope : Limits of Observable Depth.2009

    • 著者名/発表者名
      M.Suga
    • 雑誌名

      Microsc Microanal VOL.15

      ページ: 924-925

    • 査読あり
  • [雑誌論文] New Scanning Electron Microscope Capable of Observing Cells in Solution.2009

    • 著者名/発表者名
      H.Nishiyama
    • 雑誌名

      Microsc Microanal VOL.15

      ページ: 938-939

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 結晶を用いない電子顕微鏡画像からの3次元構造決定:単粒子解析法2009

    • 著者名/発表者名
      三尾和弘
    • 雑誌名

      化学と生物 47巻

      ページ: 711-717

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reply to Thinnes : Is There competition in Trafficking of VDAC-cored VRAC and SOC in NE Differentiation of Cells.2009

    • 著者名/発表者名
      C.Sato
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. VOL.284

      ページ: le4

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tetrameris orai1 is a teardrop-shaped molecule with a long, tapered cytoplasmic domain.2009

    • 著者名/発表者名
      Y.Maruyama
    • 雑誌名

      J.Biol.Chem. VOL.284

      ページ: 13676-13685

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Selective and direct inhibition of TRPC3 channels underlies biological activities of a pyrazole compound.2009

    • 著者名/発表者名
      S.Kiyonaka
    • 雑誌名

      PNAS VOL.106

      ページ: 5400-5405

    • 査読あり
  • [学会発表] 新しい大気圧走査電子顕微鏡を用いた細胞の高速観察の可能性2010

    • 著者名/発表者名
      須賀三雄
    • 学会等名
      第83回 日本細菌学会総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2010-03-29
  • [学会発表] 環境対応型SEMとその応用2010

    • 著者名/発表者名
      西山英利
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会 第34回関東支部講演会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2010-03-20
  • [学会発表] New Atmospheric Scanning Electron Microscope observes cells in solution as an optical-and electron-correlative microscope2010

    • 著者名/発表者名
      M.Suga
    • 学会等名
      The 5th international Conference on Structural Analusis of Supramolecular Assenmblies by Hybrid Methods
    • 発表場所
      Lake Tahoe, USA
    • 年月日
      2010-03-12
  • [学会発表] The Atmospheric Sem Observes Nuclei in the Surface Level of Tissue Without Thin-Sectioning.2009

    • 著者名/発表者名
      C.Sato
    • 学会等名
      The American Society for Cell Biology 49th Annual Meeting
    • 発表場所
      サンディエゴ
    • 年月日
      2009-12-08
  • [学会発表] The New Atmospheric Scanning Electron Microscope2009

    • 著者名/発表者名
      H.Nishiyama
    • 学会等名
      The American Society for Cell Biology 49th Annual Meeting
    • 発表場所
      サンディエゴ
    • 年月日
      2009-12-08
  • [学会発表] The New Atomospheric Scanning Electron Microscope Observes Cells in Solution as Optical-and Electron Correlative Microscope2009

    • 著者名/発表者名
      M.Suga
    • 学会等名
      The American Society for Cell Biology 49th AnnualMeeting
    • 発表場所
      サンディエゴ
    • 年月日
      2009-12-08
  • [学会発表] 液中金属析出の大気圧走査電子顕微鏡観察2009

    • 著者名/発表者名
      小入羽祐治
    • 学会等名
      第50回 電池討論会
    • 発表場所
      京都
    • 年月日
      2009-12-01
  • [学会発表] TEMとSEMによるタンパク質複合体の構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      第47回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      徳島市
    • 年月日
      2009-10-31
  • [学会発表] Three-dimensional structures of ion channels revealed by electron microscopy : sodium, TRP, CFTR and Orail channels.2009

    • 著者名/発表者名
      Chikara Sato
    • 学会等名
      Neuroscience 2009
    • 発表場所
      シカゴ
    • 年月日
      2009-10-21
  • [学会発表] Atmospheric Scanning Electron Microscope (ASEM) : Observation of cellsin medium2009

    • 著者名/発表者名
      H.Nishiyama
    • 学会等名
      Neuroscience 2009
    • 発表場所
      シカゴ
    • 年月日
      2009-10-19
  • [学会発表] Electron microscopy as a tool for determining protein 3D structure related to channel diseases and metastasis.2009

    • 著者名/発表者名
      Chikara Sato
    • 学会等名
      14th World Congress on Advances in Oncology and 12th International Symposium on Molecular Medicine
    • 発表場所
      Loutraki Greese
    • 年月日
      2009-10-15
  • [学会発表] Biomedicinal Information Research Center Protein Structural Information Analysis Team.2009

    • 著者名/発表者名
      Kazuhiro Mio
    • 学会等名
      14th World Congress on Advances in Oncology and 12th International Symposium on Molecular Medicine
    • 発表場所
      Loutraki Greese
    • 年月日
      2009-10-15
  • [学会発表] 結晶を用いない単粒子解析法によるイオンチャンネルの構造解析2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      第32回日本神経科学学会
    • 発表場所
      名古屋
    • 年月日
      2009-09-16
  • [学会発表] 単粒子電顕構造解析法とSEMによる分子・細胞レベルの観察.2009

    • 著者名/発表者名
      三尾和弘
    • 学会等名
      生理学研究所研究会「作動中の膜機能分子の姿を捉える-静止画から動画ヘ-」
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2009-09-03
  • [学会発表] Orailチャネル三次元構造の解明2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      第5回TRPチャネル研究会
    • 発表場所
      岡崎
    • 年月日
      2009-06-05
  • [学会発表] 電子顕微鏡による膜蛋白質やその複合体等の構造解析.2009

    • 著者名/発表者名
      佐藤主税
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第65回学術講演会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2009-05-27
  • [学会発表] 大気圧走査電子顕微鏡はどこまで深く見えているか.2009

    • 著者名/発表者名
      須賀三雄
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第65回学術講演会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2009-05-27
  • [学会発表] 溶液中における細胞の観察を可能にする大気圧走査電子顕微鏡.2009

    • 著者名/発表者名
      西山英利
    • 学会等名
      日本顕微鏡学会第65回学術講演会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2009-05-27

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公開日: 2011-06-16   更新日: 2016-04-21  

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