現地共同体制による進化基礎情報の収集と調査

2004 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 16255006
• 研究種目: 基盤研究(A)
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)
• 研究分担者: 五條掘 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (50162136) ; 西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (10093288) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (80231372) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (30192587) ; 大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
• キーワード: ヒト発現遺伝子 / 進化情報 / チンパンジー染色体 / UniProt / 非タンパク質遺伝子 / 国際DNAデータバンク実務者会議 / Annotation / マイクロアレイデータ

研究概要

今年度は、代表者ならびに班員が欧米やアジア諸国に計19回の海外出張をすることにより、進化基礎情報の収集や研究に関して多くの成果を、論文やデータベース等として、挙げることができた。それらの主なものを以下に述べる。
1.ヒトの発現遺伝子に関する情報を、進化、発現、遺伝子構造、タンパク構造などの諸点から国際共同によってannotationを終えることができ、その結果は論文ならびにデータベース(http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/040416-e.html)として発表した。
2.チンパンジーの第22番染色体の全塩基配列情報を決定し、annotationを加えて論文発表するとともにDDBJからデータを公開した。
3.2005年1月1日から世界的なタンパク質配列データベースであるSwissProtが、米国NIHの援助を受けてUniProtとして再出発したが、UniProtへ、特定のタンパク質のannotationをすることにより、研究事業参加を果たした。
4.マイクロアレイデータは進化基礎情報の中で重要な位置を占めてきている。従って、これに関する国際会議に出席し、世界の動向を把握するとともに、欧米のデータバンクと協議した。
5.最近、non-protein genes(非タンパク質遺伝子)が遺伝子発現に重要な役割を果たしていることが分かり注目されてきている。これに鑑み、HUGO Pacific会議に出席するなどして、これらの遺伝子情報のデータベース化に関する動向調査を行った。
6.2004年5月に連合王国のEBIで開催された国際DNAデータバンク実務者協議会と諮問委員会に出席し、国際塩基配列データベースの諸問題について協議した。特に、DDBJから提案した大量ゲノムannotationに関する新たな枠を追加することができた。

研究成果

• [雑誌論文] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Ascl2/Mash2-Igf2-H19 region. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yokomine T, Shirohzu H, Purbowasito W, Toyoda A, Iwama H, Ikeo K, Hori T, Mizuno S, Tsudzuki M, Matsuda Y, Hattori M, Sakaki Y, Sasaki H.
  • 雑誌名: Genome Research 15(1) ページ: 154-165
• [雑誌論文] DBJ in the stream of various biological data. (2004)
  • 著者名/発表者名: Miyazaki, S., Sugawara, H., Ikeo, K., Gojobori, T., Tateno.Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 32 ページ: D31-D34
• [雑誌論文] Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones. (2004)
  • 著者名/発表者名: Imanishi, T., other 152 authors, Gojobori, T., Sugano S.
  • 雑誌名: PLoS Biology 2 ページ: 1-21
• [雑誌論文] Submission of microarray data to public repositories. (2004)
  • 著者名/発表者名: Ball, C.A., Brazma, A., Causon, H., Chervitz, S., Edgar, R., Hingamp, P., Matese, J.C., Parkinson, H., Quackenbush, J., Ringwald, M., Sansone, S.-A., Sherlock, G., Spellman, P., Stoeckert, C., Tateno, Y., Taylor, R., White, J., Winegarden, N.
  • 雑誌名: PLoS Biology 2 ページ: 1276-1277
• [雑誌論文] Novel algorithm for automated genotyping of microsatelites. (2004)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto, T., Yukawa, W., Nozaki, Y., Nakashige, R., Shinya, M., Makino, S., Yagura, M., Ikuta, T., Imanishi, T., Inoko, H., Tamiya, G., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 32 ページ: 6069-6077
• [雑誌論文] Evolution of gap junctions : the missing link? (2004)
  • 著者名/発表者名: Alexopoulos, H., Bottger, A., Fischer, S., Levin, A., Wolf, A., Fujisawa, T., Hayakawa, S., Gojobori, T., Davies, J., David, C., Bacon, J.
  • 雑誌名: Current Biology 14(20) ページ: R879-R880
• [雑誌論文] Japanese domesticated chickens have been drived from Shamo, traditional fighting cocks. (2004)
  • 著者名/発表者名: Komiyama, T., Ikeo, K., Tateno, Y., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Molecular Phylogeny and Evolution 33 ページ: 16-21
• [雑誌論文] Comparative analysis of gene expression for convergent evolution of camera eye between octopus and human. (2004)
  • 著者名/発表者名: Ogura, A., Ikeo, K., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Genome Research 14 ページ: 1555-1561
• [雑誌論文] The evolutionary origin of long-crowing chicken : its evolutionary relationship with fighting cocks disclosed by the mtDNA sequence analysis. (2004)
  • 著者名/発表者名: Komiyama, T., Ikeo, K., Gojobori, T.
  • 雑誌名: GENE 333 ページ: 91-99
• [雑誌論文] Evolutionary process of the amino acids biosynthesis in Corynebacterium at the whole qenome level. (2004)
  • 著者名/発表者名: Nishio, Y., Nakamura, Y., Usuda, Y., Sugimoto, S., Matsui, K., Kawarabayashi, Y., Kikuchi, H., Gojobori, T., Ikeo, K.
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 21 ページ: 1683-1691
• [雑誌論文] Biased biological functions of horizontally transferred genes on 324,653 open reading frames of 116 prokaryotic complete genomes. (2004)
  • 著者名/発表者名: Nakamura, Y., Itoh, T., Matsuda, H., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Nature Genetics 36 ページ: 760-766
• [雑誌論文] A large variation in the rates of synonymous substitution for RNA viruses and its relationship to a diversity of viral infection and transmission modes. (2004)
  • 著者名/発表者名: Hanada, K., Suzuki, Y., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Molecular Biology and Evolution 21 ページ: 1074-1080
• [雑誌論文] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22. (2004)
  • 著者名/発表者名: The International Chimpanzee Chromosome 22 Consortium
  • 雑誌名: Nature 429 ページ: 382-388
• [雑誌論文] Contribution of Asian mouse subspecies Mus musculus molossinus to genomic constitution of strain C57BL/6J, as defined by BAC end sequence-SNP analysis. (2004)
  • 著者名/発表者名: Abe K., Noguchi H., Tagawa K., Yuzuriha M., Toyoda A., Kojima T., Ezawa K., Saitou N., Hattori M., Sakaki Y., Moriwaki K., Shiroishi T.
  • 雑誌名: Genome Research 14 ページ: 2239-2247
• [雑誌論文] Splicing Profile-based Protein Categorization between Human and Mouse Genome by use of DDBJ Web Services. (2004)
  • 著者名/発表者名: Vastermark, A., Shigemoto, Y., Abe, T., Sugawara, H.
  • 雑誌名: Genome Informatics 15 ページ: 13-20
• [雑誌論文] Eigenvalue analysis of amino acid substitution matrices reveals a sharp transition of the mode of sequence conservation in proteins. (2004)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Bioinformatics 20(16) ページ: 2504-2508
• [雑誌論文] Estimation of the number of authentic orphan genes in bacterial genomes. (2004)
  • 著者名/発表者名: Fukuchi, S., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: DNA Research 11 ページ: 219-231
• [雑誌論文] Indexing anatomical concepts to OMIM Clinical Synopsis using the UMLS Metathesaurus. (2004)
  • 著者名/発表者名: Hishiki, T., Ogasawara, O., Tsuruoka, Y., Okubo.K.
  • 雑誌名: In Silico Biology 4 ページ: 31-54
• [図書] マイクロアレイ遺伝子発現デーベース、『ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用』 (2004)
  • 著者名/発表者名: 池尾一穂, 舘野義男
  • 総ページ数: 9
  • 出版者: (株)エヌ・ティー・エス
• [図書] 総合化生命科学としての現代進化学(巻頭言)、『科学』10月号 (2004)
  • 著者名/発表者名: 五條堀 孝
  • 総ページ数: 1
  • 出版者: 岩波書店
• [図書] 「ゲノムの再編成」第一章ヒトゲノムの全貌,『Molecular Medicine』増刊号 (2004)
  • 著者名/発表者名: 花田 耕介, 五條堀 孝
  • 総ページ数: 9
  • 出版者: 中山書店
• [図書] 『ゲノムと進化-ゲノムから立ち昇る生命-』ワードマップシリーズ (2004)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 出版者: 新曜社
• [図書] Tsunami of data : Data resources and utilization.(Microbial Genetic Resources and Biodiscovery.) (2004)
  • 著者名/発表者名: Sugawara, H.
  • 総ページ数: 17
  • 出版者: National Library of Australia
• [図書] Quantification of Gene Expression in Mouse and Human Renal Proximal Tubules.「Laser Capture Microdissection Methods and Protocols」Methods in Molecular Biology 293 (2004)
  • 著者名/発表者名: Kaimori, J., Takenaka, M., Okubo, K.
  • 総ページ数: 12
  • 出版者: Humana Press