現地共同体制による進化基礎情報の収集と調査

2005 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 16255006
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)
• 研究分担者: 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (50162136) ; 西川 健 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (10093288) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (80231372) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (30192587) ; 大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
• キーワード: 国際情報交換 / 多国籍 / 進化情報 / UniProt / Annotation / マイクロアレイデータ / イネゲノム / DNA配列データベース

研究概要

今年度は、代表者ならびに班員が欧米やアジア諸国に計16回の海外出張をすることにより、進化基礎情報の収集や研究に関して多くの成果を、論文やデータベース等として、挙げることができた。それらの主なものを以下に述べる。
1.台湾の陽明大学と国立保健研究所において、DDBJの研修会を開催すると同時に、台北と新竹で生物学の関連データベースに関する現状調査を行った。
2.英国において、進化学関連データベースの構築・利用の現状調査を行った。
3.フランスにおいて、SOM画像関連に関するデータベースの現状調査を行うとともに、その最新技術に関する意見交換を行った。
4.イタリアで開催された、タンパク質配列データベースであるUniProtの全体会議に参加し、そのannotationに関する現状調査を行った。
5.フィリピンにおいて、イネ遺伝子データに関するannotation会議に参加し、そのノウハウに関する現状調査を行った。また、今急速に発展してきている転写後制御RNA(miRNAやsiRNA)のデータベースに関する現状調査を行った。
6.中国の中国科学院微生物学研究所と上海バイオインフォメーション技術センターにおいて、中国における生物データベースに関する現状調査を行った。
7.米国のCold Spring Harbor Laboratoryで、遺伝子発現データの処理や解析に関する意見を交換するとともに、このデータベースに関する現状調査を行った。
8.また、これらの調査結果に基づいて、多くの国際誌に原著論文を発表した。その主なものとして、Natureにはイネのannotationに関する論文、Scienceには哺乳動物の転写データに関する論文、Geneには遺伝子発現データの信頼性に関する論文、DNA Researchには大腸菌の完全ゲノムに関する論文、Nucleic Acids Resのデータベース号にはDDBJの最新の活動に関する論文、Genome Resにはニワトリと哺乳類のゲノム比較に関する論文などが挙げられる。

研究成果

• [雑誌論文] BodyMap-Xs : anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O, Otsuji M, Watanabe K, Iizuka T, Tamura T, Hishiki T, Kawamoto S, Okubo K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34 ページ: D628-D631
• [雑誌論文] DDBJ in collaboration with mass-sequencing teams on annotation. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tateno Y., Saitou N., Okubo K., Sugawara H., Gojobori T.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Research 33 ページ: D25-D28
• [雑誌論文] Evolution of hominoids and the search for a genetic basis for creating humanness. (2005)
  • 著者名/発表者名: Saitou N.
  • 雑誌名: Cytogenetic and Genome Research 108 ページ: 16-21
• [雑誌論文] Nucleotide sequence comparison of a chromosome rearrangement on the human chromosome 12 and corresponding ape chromosomes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Shimada M., Kim C.-G, Kitano T., Ferell R.E., Kohara Y., Saitou N.
  • 雑誌名: Cytogenetic and Genome Research 108 ページ: 83-90
• [雑誌論文] Substrate-induced gene-expression screening of environmental metagenome libraries for isolation of catabokic genes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Uchiyama T., Abe T., Ikemura T., Watanabe K.
  • 雑誌名: Nature biotechnology 23 ページ: 88-93
• [雑誌論文] Direct cloning of genes encoding novel xylanases from the human gut (2005)
  • 著者名/発表者名: Hayashi H., Abe T., Skamoto M., Ohara H., Ikemura T., Sakka K., Benno Y.
  • 雑誌名: Can.J.Microbiol. 51 ページ: 251-259
• [雑誌論文] Novel Phylogenetic Studies of Genomic Sequence Fragments Derived from Uncultured Microbe Mixtures in Environmental and Clinical Samples. (2005)
  • 著者名/発表者名: Abe T., Sugawara H., Kinouchi M., Kanaya S., Ikemura T.
  • 雑誌名: DNA Reserch 12 ページ: 281-290
• [雑誌論文] Identification of differentially expressed genes in psoriasis using expression profiling approaches. (2005)
  • 著者名/発表者名: Itoh K, Kawasaki S, Kawamoto S, Seishima M, Chiba H, Michibata H, Wakimoto K, Imai Y, Minesaki Y, Otsuji M, Okubo K.
  • 雑誌名: Exp Dermatol. 14(9) ページ: 667-674
• [雑誌論文] The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL), the H-Inv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanino, M., Debily, MA., Tamura, T., Hishiki, T., Ogasawara, O., Murakawa, K., Kawamoto, S., Itoh, K., Watanabe, S., de Souza, SJ., Imbeaud, S., Graudens, E.Eveno, E., Hilton, P., Sudo, Y., Kelso, J., Ikeo, K., Imanishi, T., Gojobori, T., Auffray, C., Hide, W., Okubo, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33 ページ: D567-D572
• [雑誌論文] ポストゲノム時代に高まるバイオ自然言語処理への期待:バイオ自然言語処理最新事情 5.ゲノムデータの機械解釈 (2005)
  • 著者名/発表者名: 大久保公策, 日紫喜光良
  • 雑誌名: 情報処理 46(480) ページ: 137-142
• [雑誌論文] Predicting absolute contact numbers of native protein structure from amino acid sequence c (2005)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R., Horimoto, K., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Proteins 58 ページ: 158-165
• [雑誌論文] A complete set of Escherichia coli open reading frames in mobile plasmids facilitating genetic studies c (2005)
  • 著者名/発表者名: Saka, K., Tadenuma, M., Nakade, S., Tanaka, N., Sugawara, H., Nishikawa, K., Ichiyoshi, N., Kitagawa, M., Mori, H., Ogasawara, N., Nishimura, A.
  • 雑誌名: DNA Res. 12 ページ: 63-68
• [雑誌論文] Recoverable one-dimensional encoding of three-dimensional protein structures c (2005)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21(10) ページ: 2167-2170
• [雑誌論文] Predicting secondary structures, contact numbers and residue-wise contact orders of native protein structure from amino acid sequence using critical random networks c (2005)
  • 著者名/発表者名: Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • 雑誌名: Biophysics 1 ページ: 67-74
• [雑誌論文] Evolution of vitamin B6 (pyridoxine) metabolism by gain and loss of genes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanaka, T., Tateno, Y., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Mol Biol Evol 22 ページ: 243-250
• [雑誌論文] Development of a spot evaluation score for DNA microarrays. (2005)
  • 著者名/発表者名: Matsumura, Y., Shimokawa, K., Hayashizaki, Y., Ikeo, K., Tateno, Y., Kawai, J.
  • 雑誌名: Gene 350 ページ: 149-160
• [雑誌論文] Genomic evolution of MHC class I region in primates. (2005)
  • 著者名/発表者名: Fukami-Kobayashi, K., Shiina, T., Anzai, T., Sano, K., Yamazaki, M., Inoko, H., Tateno, Y.
  • 雑誌名: Proc Natl Acad Sci USA 102 ページ: 9230-9234
• [雑誌論文] Large-scale analysis of human alternative protein isoforms : pattern classification and correlation with subcellular localization signals. (2005)
  • 著者名/発表者名: Nakao M, Barrero RA, Mukai Y, Motono C, Suwa M, Nakai K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33 ページ: 2355-2363
• [雑誌論文] Investigation of protein functions through data-mining on integrated human transcriptome database, H-Invitational Database (H-InvDB). (2005)
  • 著者名/発表者名: Yamasaki C, Koyanagi KO, Fujii Y, Itoh T, Barrero RA, Tamura T, Yamaguchi-Kabata Y, Tanino M, Takeda J, Fukuchi S, Miyazaki S, Nomura N, Sugano S, Imanishi T, Gojobori T
  • 雑誌名: Gene 364 ページ: 99-107
• [雑誌論文] The transcriptional landscape of the mammalian genome. (2005)
  • 著者名/発表者名: The FANTOM Consortium : Carninci, P., Gojobori, T., Ikeo, K., other 157 authors, Hume, D.A., Riken Genome Exploration Research Group, Genome Science Group.(Genome Network Project Core Group) : Kai, C., other 31 authors, Hayashizaki, Y.
  • 雑誌名: Science 309 ページ: 1559-1563
• [雑誌論文] The map-based sequence of the rice genome. (2005)
  • 著者名/発表者名: (International Rice Genome Sequencing Project : Annotation and Analysis) Iwama, H., Gojobori, T., Itoh, T., Niimura, Y., Fujii, Y., Habara T., Sakai, H., Sato, Y., Wilson, G., Kumar, K., McCouch, S., Juretic, N., Hoen, D., Wright, S., Bruskiewich, R., Bureau T., Miyao, A., Hirochika, H., Nishikawa, T., Kadowaki, K., Sugiura, M.
  • 雑誌名: Nature 436 ページ: 793-800
• [雑誌論文] The origin and evolution of porcine reproductive and respiratory syndrome viruses. (2005)
  • 著者名/発表者名: Hanada, K., Suzuki, Y., Nakane, T., Hirose, O., Gojobori, T.
  • 雑誌名: Mol.Biol.Evol. 22(4) ページ: 1024-1031
• [雑誌論文] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Asc12/Mash2-Igf2-H19-region. (2005)
  • 著者名/発表者名: Yokomine T, Shirohzu H, Purbowasito W, Toyoda A, Iwama H, Ikeo K, Hori T, Mizuno S, Tsudzuki M, Matsuda Y, Hattori M, Sakaki Y, Sasaki H.
  • 雑誌名: Genome Res. 15(1) ページ: 154-165
• [雑誌論文] The Human Anatomic Gene Expression Library (H-Angel), the H-Invintegrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanino, M., Debily, M.-A-., Tamura, T., Hishiki, T., Ogasawara, O., Murakawa, K., Kawamoto, S., Itoh K., Watanabe, S., Souza, S.J.d., Imbeaud, S., Graucens, E., Eveno, E., Hilton, P., Sudo, Y., Kelso, J., Ikeo, K., Imanishi, T., Gojobori, T., Auffray, C., Hide, W., Okubo, K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33 ページ: D567-D572
• [図書] DNAから見た日本人 (2005)
  • 著者名/発表者名: 斎藤成也
  • 総ページ数: 215
  • 出版者: 筑摩書房
• [図書] 「バイオインフォマティックス」、「プロテオーム」、細胞生物学事典(石川統・黒岩常祥・永田和宏編集) (2005)
  • 著者名/発表者名: 舘野義男
  • 総ページ数: 464
  • 出版者: 朝倉書店
• [図書] DDBJの利用法 (2005)
  • 著者名/発表者名: 五條堀 孝, 菅原 秀明(編著)
  • 総ページ数: 181
  • 出版者: 共立出版
• [図書] 「ウイルスの多様性と系統」『バイオディバーシティ・シリーズ4 菌類・細菌・ウイルスの多様性と系統』 (2005)
  • 著者名/発表者名: 花田 耕介, 五條堀 孝
  • 総ページ数: 492
  • 出版者: 裳華房