| 研究課題/領域番号 |
16255006
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| 研究種目 |
基盤研究(A)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 海外学術 |
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| 研究分野 |
進化生物学
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| 研究機関 | 国立遺伝学研究所 |
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研究代表者 |
舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)
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| 研究分担者 |
五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報DDBJ研究センター, 教授 (50162136)
菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報DDBJ研究センター, 教授 (80231372)
斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (30192587)
大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
池尾 一穂 生命情報, DDBJ研究センター, 准教授 (20249949)
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| 研究期間 (年度) |
2004 – 2007
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| キーワード | 国際情報交換 / 多国籍 / ゲノム / 進化情報 / DDBJ / アノテーション / data standardization / DDBJ |
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| 研究概要 |
当科学研究費補助金の執行開始年の平成16年度から終了年の平成19年度までの4年間に、述べ67箇所(16ケ国)の大学や研究所を訪問し調査研究を実施した。特に、米国の国立バイオテクノロジー情報センターのGenBankと英国の欧州バイオインフォマティクス研究所のEMBL Bankでの調査研究は、この2機関とDDBJが組織する国際塩基配列データベース共同体の連結を密接にし、データの交換やアノテーションなどについてより堅固な協力関係を築くことができた。この結果、3国際データバンクから世界に向けて提供されるデータは、この4年間に、約3,500万配列(約400億塩基)から約8,000万配列(約820億塩基)へと急上昇した。この中には多くの生物種の完全ゲノムや種々の発現情報が含まれており、世界の研究者に必須のデータベースとなっている。
さらに、DDBJが二次データベースとして提供している、微生物ゲノムデータベース(GIB)や蛋白質構造予測データベース(GTOP)は多くの研究者に利用されている。また、世界各地での調査研究は、多くの研究成果にも繋がっている。特に、ヒトやイネ遺伝子データの国際アノテーションの成果は、Nature、Genome Res、NARなどの国際一流誌に発表されている。最近では、ゲノム配列のデータ標準化について国際共同でNature Biotchに発表している。さらにNARのデータベース特集号にはこの4年間のDDBJの活動についても報告している。
以上のように、当科学研究費補助金は初期の目的を達成する成果を挙げ、DDBJが提供している塩基配列データベース、GIBとGTOPは我が国はもとより、海外の研究者に広く利用されている。
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