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2004 年度 実績報告書

効率的な組合せ最適化アルゴリズムの開発と応用

研究課題

研究課題/領域番号 16300001
研究種目

基盤研究(B)

研究機関電気通信大学

研究代表者

富田 悦次  電気通信大学, 電気通信学部, 教授 (40016598)

研究分担者 高橋 治久  電気通信大学, 電気通信学部, 教授 (90135418)
西野 哲朗  電気通信大学, 電気通信学部, 助教授 (10198484)
小林 聡  電気通信大学, 電気通信学部, 助教授 (50251707)
堀田 一弘  電気通信大学, 電気通信学部, 助手 (40345426)
若月 光夫  電気通信大学, 電気通信学部, 助手 (30251705)
キーワード最大クリーク / 極大クリーク / 重み最大クリーク / 分枝限定アルゴリズム / 列挙アルゴリズム / バイオインフォマティクス / 形式言語の学習 / 論理関数の学習
研究概要

最大クリークを抽出するための基本手法としてこれまで分枝限定アルゴリズムを採用してきており,そこにおいて分枝限定を実現するために近似彩色を用いているが,その部分が全体の実行時間のかなり多くの部分を占めている.そこで,本研究において近似精度を損なうことなく実行時間を短縮する新たな方法を開発し,従来の最大クリーク抽出アルゴリズムの大幅な効率化を達成した.更に,これをバイオインフォマティクス,画像処理,量子論理回路設計,DNA配列設計等の現実的応用問題に対してより精密に適用するための基礎として,グラフの枝あるいは節点に重みが付与された場合の拡張問題に対して,重みが最大のクリークを効率良く抽出するアルゴリズムを開発した.また,グラフ中のクリークを最大のみならず極大であるもの全てを効率よく列挙するアルゴリズムも確立し,それを理論的に解析して,それがある意味において最適な時間計算量を達成しているものであることを証明した.また,その実際実行速度においても他のアルゴリズムより格段に高速であることを実験的に明らかにした.
以上のアルゴリズムを基とすることにより,バイオインフォマティクスにおける主要問題であるタンパク質側鎖パッキング問題,タンパク質スレッディング問題の解決に対する良好な結果を得た.
また,形式言語上の学習を組合せ最適化問題としてとらえ,単純決定性文法およびある種の決定性ワンカウンタオートマトンに対する効率的な学習アルゴリズムを開発した.論理関数上の学習アルゴリズムについても,AC^0と呼ばれるクラスに対してノイズがある場合でも効率良く近似学習を達成するアルゴリズムを確立した。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2005 2004 その他

すべて 雑誌論文 (6件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Clique-based algorithms for protein threading with profiles and constraints2005

    • 著者名/発表者名
      Dukka Bahadur
    • 雑誌名

      Proc.Asia-Pacific Bioinformatics Conference APBC2005

      ページ: 51-64

  • [雑誌論文] Polynomial time learning of simple deterministic languages via queries and a representative sample2004

    • 著者名/発表者名
      Yasuhiro Tajima
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science Vol.329

      ページ: 203-221

  • [雑誌論文] The worst-case time complexity for generating all maximal cliques2004

    • 著者名/発表者名
      Etsuji Tomita
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Computer Science Vol.3106

      ページ: 161-170

  • [雑誌論文] Polynomial time identification of strict deterministic restricted one-counter automata in some class from positive data2004

    • 著者名/発表者名
      Mitsuo Wakatsuki
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Artificial Intelligence Vol.3264

      ページ: 260-272

  • [雑誌論文] Learning Boolean functions in AC^0 on attribute and classification noise2004

    • 著者名/発表者名
      Akinobu Miyata
    • 雑誌名

      Lecture Notes in Artificial Intelligence Vol.3244

      ページ: 142-155

  • [雑誌論文] Protein side-chain packing problem : A maximum edge-weight clique algorithmic approach

    • 著者名/発表者名
      Dukka Bahadur
    • 雑誌名

      Journal of Bioinformatics and Computational Biology (in press)

  • [図書] オートマトン・言語理論(第16刷・改訂増刷)2005

    • 著者名/発表者名
      富田 悦次(共著)
    • 総ページ数
      205
    • 出版者
      森北出版

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公開日: 2006-07-12   更新日: 2016-04-21  

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