ゲノム多様性解析のための新しい統計的方法

2005 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 16300088
• 研究機関: 統計数理研究所
• 研究代表者: 江口 真透 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (10168776)
• 研究分担者: 栗木 哲 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (90195545) ; 藤澤 洋徳 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 助教授 (00301177) ; 池田 思朗 統計数理研究所, 数理・推論研究系, 助教授 (30336101) ; 松浦 正明 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 部門長 (40173794) ; 金森 敬文 東京工業大学, 大学院・情報理工学研究科, 助手 (60334546)
• キーワード: 関数データ解析 / 独立成分分析 / 自己組織化主成分 / 多重比較 / 一塩基多型 / 遺伝子発現 / バイオインフォマティクス / バイアスモデル

研究概要

平成16年度の研究活動の反省から,今年度は次の3グループの調整をして以下のような成果を得た.
グループ1はプロテオームのカーブデータに対してピーク値を探索的に求めるアルゴリズムを開発した.これを基にしてアダブーストを援用し,疾病とピークパタンの関連性を予測する方法も実用化した。またSNPsデータやマイクロアレイデータと薬剤感受性の予測のための学習アルゴリズムも、より細かく、抗がん剤の種類によって対応できるような形でラベルの問題も考察した。更に検証的な問題に対しても仮説検定の多重性の問題から生じる見せかけの偽発見率(FDR)の問題も開始し,ほとんど実用化に近づいた。
グループ2は異なるデータを学習するためのパラレルブースト法を完成させた.これはDNAマイクロアレイによる遺伝子発現データの統合化のために開発したものである.今後は統計言語Rによって,より利用しやすい形に改良したい.クループ1の統計方法開発のためのデータヒュージョンを容易にするシステムをデザインした。
グループ3は調査された適用可能な新手法から、グループ1の討論を通して非巡回グラフ構造の探索によって、因果推論をゲノムデータに適用可能するためのベイジアンネットや、ブリーフプロパゲイションを検討した。
来年度は,これらの進展を踏まえ,ゲノムデータにより柔軟な対応ができる統計方法を開発する見通しができた.

研究成果

• [雑誌論文] Robust estimation in the normal mixture model. (2006)
  • 著者名/発表者名: Fujisawa, Hironori, Eguchi, Shinto
  • 雑誌名: Journal of Statistical Planning and Inference to appear
• [雑誌論文] Interpreting Kullback-Leibler divergence with the Neyman-Pearson lemma. (2006)
  • 著者名/発表者名: S.Eguchi, J.Copas.
  • 雑誌名: J.Multivariate Analysis To appear
• [雑誌論文] Image classification based on Markov random field models with Jeffreys divergence. (2006)
  • 著者名/発表者名: R.Nishii, S.Eguchi
  • 雑誌名: J.Multivariate Analysis To appear
• [雑誌論文] Local model uncertainty and incomplete data bias (with discussion). (2005)
  • 著者名/発表者名: Copas, John, Eguchi, Shinto
  • 雑誌名: Journal of Royal Statististical Society B Vol.67, Part4, ページ: 459-513
• [雑誌論文] Modeling late entry bias in survival analysis., (2005)
  • 著者名/発表者名: Matsuura, Masaaki, Eguchi, Shinto
  • 雑誌名: Biometrics Vol.61 ページ: 559-566
• [雑誌論文] GroupAdaBoost for selecting important genes. (2005)
  • 著者名/発表者名: Takenouchi, Takashi, Ushijima, Masaru, Eguchi, Shinto
  • 雑誌名: IEEE 5th Symposium on Bioinformatics and Bioengineering ページ: 218-221
• [雑誌論文] Asymptotic distribution of inequality-restricted canonical correlation with application to tests for independence in ordered contingency tables. (2005)
  • 著者名/発表者名: Kuriki, Satoshi
  • 雑誌名: Journal of Multivariate Analysis Vol.94, No.2, ページ: 420-449
• [雑誌論文] Genotypes at chromosome 22q12-13 are associated with HIV-1-exposed but uninfected status in Italians. (2005)
  • 著者名/発表者名: Kanari, Y., Clerici, M.,, Abe, H., Kawabata, H., Trabattoni, D., Caputo, S.L., Mazzotta, F., Fujisawa, H., Niwa, A., Ishihara, C., Takei, Y.A., Miyazawa, M.
  • 雑誌名: AIDS Vol.19 ページ: 1015-1024