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2006 年度 研究成果報告書概要

転写制御プログラムのシステム的解析

研究課題

研究課題/領域番号 16300095
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生体生命情報学
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

榊原 康文  慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (10287427)

研究分担者 井本 正哉  慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (60213253)
佐藤 健吾  慶應義塾大学, 理工学部, 助手 (20365472)
柚木 克之  慶應義塾大学, 理工学部, 助手 (70433745)
研究期間 (年度) 2004 – 2006
キーワード転写結合モチーフ / 転写制御 / 隠れマルコフモデル / プロモーター / クロマチン免疫沈降 / 血小板由来増殖因子
研究概要

クロマチン免疫沈降とDNAチップの技術を用いた転写因子結合に関する網羅的なデータ(chIP-chipデータ)から,プロモータ領域に結合する転写因子の結合部位を精度よく分別的に発見する新しいアルゴリズムを設計し,そのシステムを構築した.酵母菌のデータに対して本システムを用いて計算機実験を行ったところ,既存のすべての結合部位発見プログラムよりも優れた性能を示した.タンパク質問相互作用データを用いた協調的転写因子の推定を行うアルゴリズムの開発を行い,酵母菌のデータを用いた計算機実験を行った.従来の協調的転写因子推定は遺伝子発現データを利用して行われてきたが,本手法では,相互作用ネットワークに基づいたタンパク質問距離を定義,それを用いて協調的転写因子の推定を行う.クロマチン免疫沈降データから転写因子のターゲット遺伝子群を決定し,遺伝子群内のタンパク質問距離の計算,統計学的検定手法による距離の評価により,協調的転写因子の推定を行った.ヒトFGFR-1の転写活性化機構は不明であったことから,ヒトFGFR-1のプロモーター領域を新規にクローニングし,その転写活性化機構の解析を行った.ヒトFGFR-1プロモーターは,E2F-1によって転写活性化されることを見出した.さらに,E2F-1はヒトFGFR-1のプロモーターの-41/-22領域に結合して,かつ転写制御している可能性が示された.E2F-1の結合はChIP assayによりIn vivoでも確かめられた.また,E2F-1はSp1と協調して転写を制御することが知られてきたので,Sp1の関与を検討した.ヒトFGFR-1プロモーターの-10/+3領域に変異を導入した結果,E2F-1による反応性が著しく抑制された.また,その領域にSpl-like factorが結合することを示した。以上のことから,ヒトFGFR-1の転写はE2F-1とSpl-like factorによって制御されていることを明らかにした.

  • 研究成果

    (22件)

すべて 2007 2006 2005 2004

すべて 雑誌論文 (22件)

  • [雑誌論文] Stem Kernels for RNA Sequence Analyses2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y., Asai, K., Sato, K.
    • 雑誌名

      Proc. 1st International Conference on Bioinformatics Research and Development

      ページ: 278-291

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Involvement of PP2A nuclear accumulation and subsequent inactivation of AP-1 in leptomycin B-inhibited cyclin D1 expression2007

    • 著者名/発表者名
      Tsuchiya, A., Tashiro, E., Yoshida, M., Imoto, M.
    • 雑誌名

      Oncogene 26

      ページ: 1522-1532

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Functions of cyclin D1 as an oncogene and regulation of cyclin D1 expression2007

    • 著者名/発表者名
      Tashiro, E., Tsuchiya, A., Imoto M.
    • 雑誌名

      Cancer Science (in press)

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Stem Kernels for RNA Sequence Analyze2007

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y., Asai, K., Sato, K.
    • 雑誌名

      Proc. 1st International Conference on Bioinformatics Research And Development

      ページ: 278-291

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Detection of Cis-Acting Regulatory Variation from Location Data2006

    • 著者名/発表者名
      Kawada, Y., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Proceedings of the 4th Asia-Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2006)

      ページ: 89-98

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] バイオインフォマティクス概説2005

    • 著者名/発表者名
      榊原康文
    • 雑誌名

      情報処理学会雑誌 46・3

      ページ: 230-238

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Synthesis of the naphthalene-derived inhibitors against Cdc25A dual-specificity protein phosphatase and their biological activity2005

    • 著者名/発表者名
      A.Shinbashi, A.Tsuchiya, N.Imoto, S.Nishiyama
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 15

      ページ: 61-65

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Grammatical Inference in Bioinformatics2005

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 27・7

      ページ: 1051-1062

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] RNA secondary structural alignment with conditional random fields2005

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21・2

      ページ: ii237-ii242

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Identifying cooperative transcriptional regulations using protein-protein interactions2005

    • 著者名/発表者名
      Nagamine, N., Kawada, Y., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 33・15

      ページ: 4828-4837

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] GSK-3 directly phosphorylates and activates MARK2/PAR-12005

    • 著者名/発表者名
      S.Kosuga, E.Tashiro, T.Kajioka, M.Ueki, Y.Shimizu, M.Imoto
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 280・52

      ページ: 42715-42722

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Chemistry and Biology of Moverastins, inhibitors of cancer cell migration, produced by Aspergillus2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Takemoto, H.Watanabe, K.Uchida, K.Matsumura, K.Nakae, E.Tashiro, K.Shindo, T.Kitahara, M.Imoto
    • 雑誌名

      Chemistry & Biology 12・12

      ページ: 1337-1347

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Synthesis of the naphthalene-derived inhibitors against Cdc25A dual-specificity protein phosphatase and their biological activity2005

    • 著者名/発表者名
      A.Shinbashi, A.Tsuchiya, M.Imoto, S.Nishiyama
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 15

      ページ: 61-65

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Grammatical Inference in Bioinformatics2005

    • 著者名/発表者名
      Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence 27(7)

      ページ: 1051-1062

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] RNA secondary structural alignment with conditional random fields2005

    • 著者名/発表者名
      Sato, K., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Bioinformatics 21(2)

      ページ: ii237-ii242

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Identifying cooperative transcriptional regulations using protein-protein interactions2005

    • 著者名/発表者名
      Nagamine, N., Kawada, Y., Sakakibara, Y.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 33(15)

      ページ: 4828-4837

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] GSK-3 directly phosphorylates and activates MAR K2/PAR-12005

    • 著者名/発表者名
      S.Kosuga, E.Tashiro, T.Kajioka, M.Ueki, Y.Shimizu, M.Imoto
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry 280(52)

      ページ: 42715-42722

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Chemistry and Biology of Moverastins, inhibitors of cancer cell migration, produced by Aspergillus2005

    • 著者名/発表者名
      Y.Takemoto, H.Watanabe, K.Uchida, K.Matsumura, K.Nakae, E.Tashiro, K.Shindo, T.Kitahara, M.Imoto
    • 雑誌名

      Chemistry & Biology 12(12)

      ページ: 1337-1347

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [雑誌論文] Pair Stochastic Tree Adjoining Grammars for Aligning and Predicting Pseudoknot RNA Structures2004

    • 著者名/発表者名
      H.Matsui, K.Sato, Y.Sakakibara
    • 雑誌名

      Proceedings of 3rd Computational Systems Bioinformatics Conference (CSB2004)

      ページ: 290-299

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Genome-Wide Analyses of Cooperative Transcriptional Regulations with Context-Dependent Probabilistic Models2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Kawada, Y.Sakakibara
    • 雑誌名

      12th Inter. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology and 3rd European Conf. on Computational Biology

      ページ: D-32, 106

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] The synthesis and Biological activity of pyranonaphthoquione derivatives from Streptomyces sp. and their related substances2004

    • 著者名/発表者名
      A.Shinbashi, A.Tsuchiya, M.Imoto, S.Nishiyama
    • 雑誌名

      Bull. Chem. Soc. Japan 77

      ページ: 1925-1930

    • 説明
      「研究成果報告書概要(和文)」より
  • [雑誌論文] Genome-Wide Analyses of Cooperative Transcriptional Regulations with Context-Dependent Probabilistic Models2004

    • 著者名/発表者名
      Y.Kawada, Y.Sakakibara
    • 雑誌名

      12th Inter. Conf. on Intelligent Systems for Molecular Biology and 3rd European Conf. on Computational Biology D-32

      ページ: 106

    • 説明
      「研究成果報告書概要(欧文)」より

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公開日: 2008-05-27  

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