| 研究課題/領域番号 |
16310142
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
応用ゲノム科学
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| 研究機関 | 独立行政法人産業技術総合研究所 |
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研究代表者 |
今西 規 独立行政法人産業技術総合研究所, 生物情報解析研究センター, 研究チーム長 (80270461)
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| 研究分担者 |
山口 由美 独立行政法人産業技術総合研究所, 研究員 (10358236)
伊藤 剛 独立行政法人農業生物資源研究所, ゲノム研究グループ, チームリーダー (80356469)
池尾 一穂 国立遺伝学研究所, 生命情報DDBJ研究センター, 助教授 (20249949)
ロベルト バレロ 国立遺伝学研究所, 生命情報DDBJ研究センター, 助手 (20390627)
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| 研究期間 (年度) |
2004 – 2005
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| キーワード | 配列モチーフ / ヒトゲノム / マイクロRNA / 比較ゲノム |
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| 研究概要 |
高等真核生物ゲノムを対象としたnon-coding領域の機能性配列の解明をめざし、平成16年度から17年度にかけて、ヒトを中心とした主なモデル生物の全ゲノム配列を対象とした比較ゲノム解析と、機能性RNAの情報解析・機能解析を実施した。比較ゲノム解析に関しては、ヒトとマウスの全ゲノム配列の比較解析結果を格納したG-compassというデータベースを開発し、インターネットを通じて一般に公開した(http://www.jbirc.aist.go.jp/g-compass/)。また、この比較ゲノム解析を通して、ヒトとマウスの間で塩基配列が完全に保存されているゲノム領域がヒトゲノム上に82カ所あることを発見した。
その中には既知の遺伝子が存在しない領域も多数あり、ここには何らかの未知の機能性因子があることが示唆された。この研究成果を藤井らの論文に発表した。このほか、ヒト、チンパンジー、マウス、ラットの4生物種の全ゲノム比較解析によって、これらの種間で保存されているゲノム領域がヒトゲノム全体の16.4%に相当することを明らかにした。この成果を坂手らの論文に発表した。機能性RNAの情報解析・機能解析に関しては、ヒトゲノムおよび転写産物の配列データの情報解析によりマイクロRNAとその被制御遺伝子を予測するための手法を開発し、予測された結果を用いて実験的な検証を行った。この成果の一部を特許申請した。以上の研究により、比較ゲノム解析等を用いたゲノム機能性因子探索の方法を開発し、新しい発見をすることに成功したと考えている。
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