| 研究課題/領域番号 |
16390197
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 研究機関 | 久留米大学 |
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研究代表者 |
神田 芳郎 久留米大学, 医学部, 教授 (90231307)
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| 研究分担者 |
常岡 誠 久留米大学, 医学部, 助教授 (50197745)
副島 美貴子 久留米大学, 医学部, 助手 (80279140)
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| キーワード | SNPs / DHPLC / DNAシークエンス / ハプロタイプ解析 |
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| 研究概要 |
我々は本科学研究費の補助を受け、これまでDNAシークエンス解析をおこなったヒトの様々な遺伝子座に存在するSNPsについてDHPLC解析の条件検討を試みている。今年度検討をおこなった遺伝子座については以下の通りである。(1)非常にSNPに富むABO式血液型分泌型遺伝子(FUT2)のGC richな蛋白翻訳領域をスリランカ人112名および既に遺伝子型が分かっている他集団のサンプルについてシークエンス解析とDHPLC解析を比較した。増幅プライマーにGC richなシークエンス(GCクランプ)を付加することによりシークエンス解析に匹敵する感度でDHPLC解析によるSNPsおよびその遺伝子型の特定が可能であることが分かった。(論文投稿中)(2)メラニン合成に関与するAIM1(MATP)遺伝子のヨーロッパ系集団に特異的な蛋白翻訳領域多型およびその周囲のSNPsに関してもDHPLC解析によりシークエンス解析と遜色のない感度と特異性でそれらを同定することが示唆された。(投稿準備中)(3)補体第6成分(C6)の主要アロタイプC6AとC6Bの蛋白翻訳領域多型およびその周囲のSNPsのタイピングにもDHPLCは利用可能であることが分かった。(4)P式血液型遺伝子A4GALTのプロモーター領域の解析ではこのGCに富んだ配列のためシークエンス解析は困難であったがこのような領域でもDHPLCによるSNPの特定が可能であるかどうかを検討中である。以上の結果からこれまでは主として特定の責任変異のスクリーニングのツールとして用いられてきたDHPLC法はプライマー設定の工夫((1)場所、(2)GCクランプの付加、等)によりSNPsがdenseな領域のハプロタイプ解析への応用が可能であることが分かった。
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