| 研究課題/領域番号 |
16658055
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
加藤 久典 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 助教授 (40211164)
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| 研究分担者 |
塩田 邦郎 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (80196352)
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| キーワード | DNAメチル化 / エピジェネティクス / 食餌タンパク質 / ラット / ゲノム / RLGS / 栄養条件 |
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| 研究概要 |
栄養条件によるDNAメチル化の網羅的解析を行うため、ラットにおけるRLGS(restriction landmark genomic scanning)法を試みた。本手法をラットに適用するための条件の検討から行った。Wistar系ラットゲノムDNAをNot Iで切断・標識し、二次元電気泳動を行って、2000個余りのDNA断片をスポットとして検出することができた。栄養条件によってメチル化が変化するか否かを検討するため、モデル系として一週間の無タンパク質食摂取が肝臓のDNAメチル化に及ぼす影響を解析したDNAメチル化状態の変化しているスポットが11個検出された。
クローニングによる各スポットの同定は非常に困難であると考えられたので、in silicoでのvirtual RLGSを行って2次元電気泳動の結果との比較を試みた。まず解析ソフトを比較した結果Vi-RLGSが有効であると判断された。NCBI rat build 2 version 1の配列を利用したが、完全に一致するものを発見するには至らなかった。近傍のスポットを計29個選択し、Not Iによる切断の程度を基礎とした定量的PCR(Q-RCR)を用いてメチル化の検出を試みた。8個のスポットについてはプライマーの設計が困難でありDNAメチル化の測定をすることができなかった。また別の2個はドラフト配列に起因する偽スポットであることが判明した。それ以外のスポットについてQ-PCRによりメチル化を測定したが、食餌タンパク質の影響による変化は認められなかった。現段階のラットゲノム情報では、精度が不十分であるために正確なvirtual RLGSへの適用は困難と考えられた。
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