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亜鉛フィンガーモチーフはそれらを複数個つなげることで長鎖DNA配列への結合が可能である。また、フィンガーの数を増やしていくことで、より高い配列選択性と高親和性でのDNA結合が期待できる。本研究では15個の亜鉛フィンガードメインを持つ、人工では最長のマルチフィンガータンパク質を創製し、そのDNA結合性を明らかにすることを目指した。ヒト由来転写因子Sp1の3つの亜鉛フィンガーモチーフを1ユニットとして、合計5ユニットをTGEKPリンカーでつなげることによりSp1ZF15(Fig.2a)を創製した。さらに、Sp1亜鉛フィンガーのDNA認識配列であるGC box(Fig.2b)を基にした5種類の標的配列を用意し、それらに対する結合親和性、結合様式をゲルシフト法とDNaseIフットプリント法を用いて解析した。Sp1ZF15は約50塩基ものGC配列に対して全てのフィンガードメインを用いて特異的に結合した。また、短いGC配列に対してはその長さに対応するフィンガー数で結合した。さらに、AT配列を含むDNAに対してはAT配列部分を識別する結合様式をとった。以上の結果より、マルチ亜鉛フィンガーが長鎖DNA配列のみならず複数のDNA配列に対応した結合様式をとることが示された。このことは、マルチ亜鉛フィンガーが天然においても同様な機能で限られた数の転写因子による多様な遺伝子調節に寄与している可能性を示すものである。
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