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2005 年度 実績報告書

クロマチン沈降・DNAチップ法を用いたヒト転写因子標的遺伝子の網羅的同定法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16681015
研究機関東京大学

研究代表者

鈴木 穣  東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (40323646)

キーワード完全長cDNA / 転写開始点 / ChIP on chip / クロマチン免疫沈降 / 転写因子 / トランスクリプトーム
研究概要

本研究においては、ヒト転写因子標的遺伝子の網羅的な同定を目的としたクロマチン免疫沈降-DNAチップ法(ChIP on CHIP法)の方法論的確立を目指した。また同法を用いて、ヒト転写因子STAT6の標的遺伝子の探索を試みた。はじめにクロマチン免疫沈降の素過程(細胞の溶解、DNAの裁断、免疫沈降に用いる担体と洗浄条件)について詳細な条件検討を行い、再現性よくSTAT6既知標的遺伝子を同定できる実験系を確立した。この系をヒト肺内皮細胞BEAS2B(喘息における炎症モデルにしばし用いられる)に対して用いて、我々の運営するプロモーターデータベースDBTSSにおいてSTAT6結合コンセンサス配列を転写開始点上流1kb以内に持つ遺伝子群の中から、4個のSTAT6標的遺伝子(プロモーター部分のLuciferase assay、RT-PCR、ChIP法においていずれも有為にSTAT6による発現誘導を認めるものと定義)を同定した。またLuciferase assay、RT-PCR、ChIPの各々では有為な発現誘導を示したものの、相互に誘導、非誘導の結果が一致しなかったものも多数認められ、その生物学的意義は興味深いと考えさらに詳細に解析を進めている。また、研究開始時点では独自のプロモーターチップの作成を計画していたが、平成17年度に入りコスト面で有利であると期待されたプロモーターチップがアジレント社から市販品として入手可能となった。また我々が、転写因子E2F4の標的遺伝子について、同チップの有効性を検証したところ、我々の実験系を用いればE2F4の新規/既知標的遺伝子を同様に精度よく検出可能であることが確認された。現在、上記STAT6標的遺伝子についても同様の検討を行い、同社プロモーターチップとその他のものとの比較検討、さらにその他の転写因子の標的遺伝子の同定に向けての有効性の検討を行っている。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2006 2005

すべて 雑誌論文 (6件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Diversification of Transcriptional Modulation: Large-scale Identification and Characterization of Putative Alternative Promoters of Human Genes2006

    • 著者名/発表者名
      Kimura et al.
    • 雑誌名

      Genome Research 16(1)

      ページ: 55-65

  • [雑誌論文] DBTSS: DataBase of Human Transcription Start Sites, Progress report2006

    • 著者名/発表者名
      Yamashita et al.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research 34

      ページ: D86-D89

  • [雑誌論文] Gene expression analysis of human hepatocellular carcinoma by using full-length cDNA library2006

    • 著者名/発表者名
      Tsai et al.
    • 雑誌名

      Journal Biomedical Sciences 34

      ページ: 1-9

  • [雑誌論文] Transcriptome Analyses of Human Genes and Applications for Proteome Analyses2006

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, Sugano
    • 雑誌名

      Current Protein and Peptide Sciences 7

      ページ: 1-17

  • [雑誌論文] Genome-wide analysis reveals strong correlation between CpG islands with nearby transcription start sites of genes and their tissue specificity.2005

    • 著者名/発表者名
      Yamashita et al.
    • 雑誌名

      Gene 350(2)

      ページ: 129-136

  • [雑誌論文] Analyses of the Human Genome Based on Large-Scale Full-length cDNA Resources2005

    • 著者名/発表者名
      Suzuki, Sugano
    • 雑誌名

      Current Genomics 6

      ページ: 269-291

  • [図書] 蛋白質・核酸・酵素増刊号「ゲノムから生命システムへ」2005

    • 著者名/発表者名
      谷野他
    • 総ページ数
      304
    • 出版者
      ヒトのトランスクリプトーム

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公開日: 2007-04-02   更新日: 2016-04-21  

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