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2018 年度 実績報告書

メタバーコーディングとメタゲノミクスを用いた生物多様性と食物網機能の研究

研究課題

研究課題/領域番号 16F16092
研究機関京都大学

研究代表者

本川 雅治  京都大学, 総合博物館, 教授 (30293939)

研究分担者 HE KAI  京都大学, 総合博物館, 外国人特別研究員
研究期間 (年度) 2016-10-07 – 2019-03-31
キーワードメタバーコーディング / 哺乳類 / 生物多様性 / 種分化 / 真無盲腸類 / 同所的分布 / 垂直分布
研究実績の概要

本研究ではメタバーコーディングとメタゲノミクスの手法を用い,同所的に分布する真無盲腸類(食虫類)の食性と腸内微生物相の多様性解明を目指した.前年度までに収集したサンプルについて,その食性を明らかにするためのメタバーコーディングと同位体解析を行った.胃内容物から動物性および植物性のDNAを新たに抽出し,春,夏,秋の季節変化および標高(低,中,高)による違いを考慮した解析を行った.Illuminaプラットフォームを用いて,無脊椎動物についてはCOI,植物質についてはchloroplast trnl遺伝子をDNAバーコーディング領域とした.得られた配列データはスーパーコンピュータを用いて,既存のDNAバーコードデータとの比較を行い,真無盲腸類が食物として利用している無脊椎動物および植物質を明らかにした.腸内微生物相についてはメタゲノミクスにより腸内微生物相やその多様性を明らかにし,さらに真無盲腸類の種間,季節,標高による違いを解明した.研究では,真無盲腸類と同所的に分布するが生態学的・系統学的に異なるネズミ類との比較も行った.同位体分析は乾燥させた体毛を用い,種間,季節,標高を考慮して,C13とN15の同位体比をもとに食物連鎖において,同所的に分布する真無盲腸類がその生態学的位置を時系列で変化させていることを明らかにした.また,無脊椎動物への食物としての依存についても検証し,メタバーコーディングにより得られた結果との比較を進めている.一連の研究で得られた成果について現在投稿論文としての作成を進めている.

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (10件)

すべて 2019 2018

すべて 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 9件、 査読あり 9件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Systematics and macroevolution of extant and fossil scalopine moles (Mammalia, Talpidae)2019

    • 著者名/発表者名
      Schwermann Achim H.、He Kai、Peters Benjamin J.、Plogschties Thorsten、Sansalone Gabriele
    • 雑誌名

      Palaeontology

      巻: - ページ: -

    • DOI

      doi: 10.1111/pala.12422

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A new genus of Asiatic short-tailed shrew (Soricidae, Eulipotyphla) based on molecular and morphological comparisons2018

    • 著者名/発表者名
      Kai He, Xing Chen, Peng Chen, Shui-Wang He, Feng Cheng, Xue-Long Jiang, Kevin Campbell
    • 雑誌名

      Zoological Research

      巻: 39 ページ: 321~334

    • DOI

      10.24272/j.issn.2095-8137.2018.058

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Taxonomic revision of the genus Mesechinus (Mammalia: Erinaceidae) with description of a new species2018

    • 著者名/発表者名
      Huai-Sen Ai*, Kai He*,#, Zhong-Zheng Chen*, Jia-Qi Li, Tao Wan, Quan Li, Wen-Hui Nie, Jin-Huan Wang, Wei-Ting Su, Xue-Long Jiang
    • 雑誌名

      Zoological Research

      巻: 39 ページ: 335~347

    • DOI

      10.24272/j.issn.2095-8137.2018.034

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Species identification of crested gibbons (Nomascus) in captivity in China using karyotyping- and PCR-based approaches2018

    • 著者名/発表者名
      Wenhui Nie#, Jinhuan Wang, Wei-Ting Su, Yi Hu, Shuiwang He, Xuelong Jiang#, Kai He
    • 雑誌名

      Zoological Research

      巻: 39 ページ: 356~363

    • DOI

      10.24272/j.issn.2095-8137.2018.036

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] How many species of Apodemus and Rattus occur in China? A survey based on mitochondrial cyt b and morphological analyses2018

    • 著者名/発表者名
      Shao-Ying Liu, Kai He, Shun-De Chen, Wei Jin, Robert W. Murphy, Ming-Kun Tang, Rui Liao, Feng-Jun Li
    • 雑誌名

      Zoological Research

      巻: 39 ページ: 309~320

    • DOI

      doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2018.053

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Fossil gibbons (Mammalia, Hylobatidae) from the Pleistocene of Chongzuo, Guangxi Zhuang Autonomous2018

    • 著者名/発表者名
      Ying-Qi Zhang, Chang-Zhu Jin, Yuan Wang, Alejandra Ortiz, Kai He, Terry Harrison
    • 雑誌名

      Vertebrata PalAsiatica

      巻: 56 ページ: 248-263

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Dispersal and female philopatry in a long-term, stable, polygynous gibbon population: Evidence from 16 years field observation and genetics2018

    • 著者名/発表者名
      Hu Naiqing、Guan Zhenhua、Huang Bei、Ning Wenhe、He Kai、Fan Pengfei、Jiang Xuelong
    • 雑誌名

      American Journal of Primatology

      巻: 80 ページ: e22922~e22922

    • DOI

      10.1002/ajp.22922

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Climate niche conservatism and complex topography illuminate the cryptic diversification of Asian shrew-like moles2018

    • 著者名/発表者名
      Wan Tao、He Kai、Jin Wei、Liu Shao-Ying、Chen Zhong-Zheng、Zhang Bin、Murphy Robert W.、Jiang Xue-Long
    • 雑誌名

      Journal of Biogeography

      巻: 45 ページ: 2400~2414

    • DOI

      doi:10.1111/jbi.13401

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular phylogeny and taxonomy of subgenus Eothenomys (Cricetidae: Arvicolinae: Eothenomys) with the description of four new species from Sichuan, China2018

    • 著者名/発表者名
      Liu Shao-Ying、Chen Shun-De、He Kai、Tang Mingkun、Liu Yang、Jin Wei、Li Song、Li Quan、Zeng Tao、Sun Zhi-Yu、Fu Jian-Rong、Liao Rui、Meng Yang、Wang Xin、Jiang Xue-Long、Murphy Robert W
    • 雑誌名

      Zoological Journal of the Linnean Society

      巻: - ページ: -

    • DOI

      doi:10.1093/zoolinnean/zly071

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Niche partitioning and Gut microbiome of small mammals shaped by environmental habitats and seasonal change2018

    • 著者名/発表者名
      He Kai, 斉藤浩明, 本川雅治
    • 学会等名
      The 2018 Annual Meeting of the Mammal Society of Japan

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公開日: 2019-12-27  

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