| 研究課題/領域番号 |
16F16391
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| 研究機関 | 独立行政法人国立科学博物館 |
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研究代表者 |
海老原 淳 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 研究主幹 (20435738)
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| 研究分担者 |
NITTA JOEL 独立行政法人国立科学博物館, 植物研究部, 外国人特別研究員
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| 研究期間 (年度) |
2016-11-07 – 2019-03-31
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| キーワード | 高次倍数体 / 系統樹 / 次世代シーケンサー / 雑種 / シダ植物 |
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| 研究実績の概要 |
従来のDNA解析法では、ハシゴシダ近縁種群の系統的関係を十分に改名することが困難であるため、新たなDNA解析技術（次世代シーケンサー）を用いることによって解決できると考えている。新たなDNA解析技術として、本研究では２種類の方法を用いる予定です。一つは数百から千個以上の遺伝子を解読できるシーケンスキャプチャーという方法である。この方法は古い断片化したDNAにも応用できるので、植物標本庫にある標本をDNA解析の材料として用いることができる。もう一つは10個程度の遺伝子を網羅的に長く読むパックバイオ社の次世代シーケンサーを用いた方法である。この方法は質度の高いDNAが条件であるため、植物標本をDNA材料としては使えないが、DNAを一分子ずつ長く解読できるので、微妙に違うDNAコピーを持つ高次倍数体の解析には有力である。
本年度は、5種2雑種を含む34サンプルについて、長さ約1000bpの4遺伝子領域(COP9, DUF1077, IBR3、PGIC)を増幅し、これらをパックバイオ社の次世代シーケンサーによって配列決定した。25879のCCSリードが得られ、うちクオリティチェックを通過した18751リードを解析に用いた。各サンプル内の配列多型は、概ね既知のゲノム数（倍数性）を上回らないことが確認されたが、IBR3領域については長短2つのコピーが存在し、それらのキメラやPCRエラーが本解析では排除できない結果になった。DUF1077領域についても配列のdepthが十分ではないため、残りのCOP9とPGIC領域についてネットワーク解析を行った。
シーケンスキャプチャー法については、次年度のランに使用するためののbait配列の設計を行った。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
シーケンスキャプチャー用bait配列の設計にあたって、汎用性を高めるために一部年度を繰り越した予算執行を行ったが、結果的には順調に進捗した。
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| 今後の研究の推進方策 |
本研究の予算・研究期間では、MiSeqのランは一度しか行えないため、1度のランで満足のいく結果が得られるよう、慎重なサンプル調製・サンプル絞り込みを行う。
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