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2016 年度 実績報告書

簡潔データ構造の理論と応用

研究課題

研究課題/領域番号 16H02781
研究機関東京大学

研究代表者

定兼 邦彦  東京大学, 大学院情報理工学系研究科, 教授 (20323090)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2021-03-31
キーワード簡潔データ構造 / データ圧縮
研究実績の概要

Hybrid DenseZDD の効率的実装を行った.ZDD は集合族をコンパクトに表現するデータ構造であり,DenseZDD はそのデータ構造をさらに圧縮した簡潔データ構造である.DenseZDD は静的なデータ構造であり,要素の追加・削除は行えない.それを可能にするために提案されたものが Hybrid DenseZDD であり,静的な DenseZDD と動的な ZDD を組み合わせたものである.Hybrid DenseZDD はDenzumiらにより2014年に提案されたものだが,その効率的な実装はこれまで存在しなかった.
本研究ではその効率的な実装を行った.工夫を要する点は,動的な ZDD を圧縮して DenseZDD に変換する際に必要な作業領域を削減する必要があるということである.変換の処理順序を工夫することで,必要な計算機のメモリを動的なZDDのサイズに比例するようにした.計算機実験により,提案手法は従来の ZDD よりも少ないメモリで動作し,速度低下も少ないことを示した.
また,文字列集合を格納する圧縮されたトライ構造を開発した.これは整数集合での直前/直後の数 (predecessor/successor) を求めるデータ構造を基にしており,パタンの検索,挿入,削除を高速に実現できる.実験により,標準的なコンパクトトライ構造よりも高速であり,ノード数は少なくなることを示した.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

集合族を表現するデータ構造については,目標通りの成果が得られた.

今後の研究の推進方策

幾何データ,特に地図データや高次元点データの検索のためのデータ構造の開発を行う.

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2016 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 1件)

  • [国際共同研究] 香港大学(中国 (香港))

    • 国名
      その他の国・地域
    • 外国機関名
      香港大学
  • [国際共同研究] Universitat Politecnica de Valencia(スペイン)

    • 国名
      スペイン
    • 外国機関名
      Universitat Politecnica de Valencia
  • [雑誌論文] Engineering Hybrid DenseZDDs2016

    • 著者名/発表者名
      Taito Lee, Shuhei Denzumi, Kunihiko Sadakane
    • 雑誌名

      Proceedings of SEA

      巻: LNCS 9685 ページ: 201-216

    • DOI

      10.1007/978-3-319-38851-9_14

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Packed Compact Tries: A Fast and Efficient Data Structure for Online String Processing2016

    • 著者名/発表者名
      Takuya Takagi, Shunsuke Inenaga, Kunihiko Sadakane, Hiroki Arimura
    • 雑誌名

      Proceedings of IWOCA

      巻: LNCS 9843 ページ: 213-225

    • DOI

      10.1007/978-3-319-44543-4_17

  • [雑誌論文] Space-Efficient Dictionaries for Parameterized and Order-Preserving Pattern Matching2016

    • 著者名/発表者名
      Arnab Ganguly, Wing-Kai Hon, Kunihiko Sadakane, Rahul Shah, Sharma V. Thankachan, Yilin Yang
    • 雑誌名

      Proceedings of CPM

      巻: 54(2) ページ: 1-12

    • DOI

      10.4230/LIPIcs.CPM.2016.2

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Pair-End Inexact Mapping on Hybrid GPU Environments and Out-Of-Core Indexes2016

    • 著者名/発表者名
      Jose Salavert Torres, Andres Tomas, Ignacio Medina, Kunihiko Sadakane, Ignacio Blanquer
    • 雑誌名

      Current Bioinformatics

      巻: 11(4) ページ: 459-469

    • DOI

      10.2174/1574893611666160212235359

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] MEGAHIT v1.0: A Fast and Scalable Metagenome Assembler driven by Advanced Methodologies and Community Practices2016

    • 著者名/発表者名
      Dinghua Li, Ruibang Luo, Chi-Man Liu, Chi-Ming Leung, Hing-Fung Ting, Kunihiko Sadakane, Hiroshi Yamashita, Tak-Wah Lam
    • 雑誌名

      Methods

      巻: 102 ページ: 3-11

    • DOI

      10.1016/j.ymeth.2016.02.020

    • 査読あり / 国際共著

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公開日: 2018-01-16   更新日: 2022-02-16  

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