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2019 年度 実績報告書

文字列の繰り返し構造の組合せ論と応用

研究課題

研究課題/領域番号 16H02783
研究機関九州大学

研究代表者

坂内 英夫  九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 (20323644)

研究分担者 井 智弘  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 准教授 (20773360)
稲永 俊介  九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 (60448404)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
キーワードトライ上の繰り返し構造 / 最長共通繰り返し構造 / 索引構造
研究実績の概要

本年度の主な成果は以下のとおりである 1) 辺に文字ラベルを持つ根付木(トライ)上に出現する極大繰り返し構造(連)を考え、辺数 n のトライに対して n 以下であることを示し、トライ上の連をすべて列挙する O(n (loglog n)^2) 時間アルゴリズムを提案した。また、トライ上の極大回文および異なる回文に関しても同様にそれぞれ 2n-1, n+1個以下dであることを示し、O(n log n) 時間ですべて列挙するアルゴリズムを提案した。2) 与えられた文字列の Lyndon 分解の項数 m と自己参照を許した LZ 分解の項数 z について、m < 4z という関係が成り立つことを示した。3) 前処理可能な文字列集合と、クエリ文字列が与えられたときに、クエリ文字列と文字列集合中の少なくとも k 個の文字列に共通な部分文字列のうち特定の性質をもつ最長のものを答える問題について、回分、平方、繰り返し構造、Lyndon語という性質について、線形時間の前処理で任意のクエリに対してクエリ長に線形時間で答えることのできるデータ構造とアルゴリズムを示した。4) パラメータ化接尾辞配列を直接構築する問題について、パラメータ化アルファベットのサイズがπ、静的アルファベットが整数アルファベットの時O(nπ) 時間、O(n) 領域で動作するアルゴリズムを示した。π が定数の時、これはパラメータ化接尾辞配列およびパラメータ化接尾辞木を構築する現時点で最速のアルゴリズムである。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (36件)

すべて 2020 2019 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (19件) (うち国際共著 5件、 査読あり 19件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 15件)

  • [国際共同研究] ア・コルーニャ大学(スペイン)

    • 国名
      スペイン
    • 外国機関名
      ア・コルーニャ大学
  • [国際共同研究] ヘルシンキ大学(フィンランド)

    • 国名
      フィンランド
    • 外国機関名
      ヘルシンキ大学
  • [雑誌論文] Refining the r-index2020

    • 著者名/発表者名
      Bannai Hideo、Gagie Travis、I Tomohiro
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 812 ページ: 96~108

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.tcs.2019.08.005

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Dynamic index and LZ factorization in compressed space2020

    • 著者名/発表者名
      Nishimoto Takaaki、I Tomohiro、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 雑誌名

      Discrete Applied Mathematics

      巻: 274 ページ: 116~129

    • DOI

      doi.org/10.1016/j.dam.2019.01.014

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time2020

    • 著者名/発表者名
      Alanko Jarno、Bannai Hideo、Cazaux Bastien、Peterlongo Pierre、Stoye Jens
    • 雑誌名

      Algorithms for Molecular Biology

      巻: 15 ページ: 2:1-7

    • DOI

      doi.org/10.1186/s13015-020-0163-6

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Faster STR-EC-LCS Computation2020

    • 著者名/発表者名
      Yamada Kohei、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics (SOFSEM 2020)

      巻: LNCS 12011 ページ: 125~135

    • DOI

      10.1007/978-3-030-38919-2_11

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Minimal Unique Substrings and Minimal Absent Words in a Sliding Window2020

    • 著者名/発表者名
      Mieno Takuya、Kuhara Yuki、Akagi Tooru、Fujishige Yuta、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics (SOFSEM 2020)

      巻: LNCS 12011 ページ: 148~160

    • DOI

      10.1007/978-3-030-38919-2_13

    • 査読あり
  • [雑誌論文] On the size of the smallest alphabet for Lyndon trees2019

    • 著者名/発表者名
      Nakashima Yuto、Takagi Takuya、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 792 ページ: 131~143

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2018.06.044

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Parameterized Position Heap of a Trie2019

    • 著者名/発表者名
      Fujisato Noriki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the 11th International Conference on Algorithms and Complexity (CIAC 2019)

      巻: LNCS 11485 ページ: 237~248

    • DOI

      10.1007/978-3-030-17402-6_20

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Direct Linear Time Construction of Parameterized Suffix and LCP Arrays for Constant Alphabets2019

    • 著者名/発表者名
      Fujisato Noriki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the 26th International Symposium String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2019)

      巻: LNCS 11811 ページ: 382~391

    • DOI

      10.1007/978-3-030-32686-9_27

    • 査読あり
  • [雑誌論文] On Longest Common Property Preserved Substring Queries2019

    • 著者名/発表者名
      Kai Kazuki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki、Kociumaka Tomasz
    • 雑誌名

      Proceedings of the 26th International Symposium String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2019)

      巻: LNCS 11811 ページ: 162~174

    • DOI

      10.1007/978-3-030-32686-9_12

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Compact Data Structures for Shortest Unique Substring Queries2019

    • 著者名/発表者名
      Mieno Takuya、Koeppl Dominik、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the 26th International Symposium String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2019)

      巻: LNCS 11811 ページ: 107~123

    • DOI

      10.1007/978-3-030-32686-9_8

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Shortest Unique Palindromic Substring Queries on Run-Length Encoded Strings2019

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Kiichi、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 雑誌名

      Proceedings of the 30th Internal Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2019)

      巻: LNCS 11638 ページ: 430~441

    • DOI

      10.1007/978-3-030-25005-8_35

    • 査読あり
  • [雑誌論文] An Improved Data Structure for Left-Right Maximal Generic Words Problem2019

    • 著者名/発表者名
      Yuta Fujishige, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 雑誌名

      Proceedings of the 30th International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2019)

      巻: LIPIcs 149 ページ: 40:1-40:12

    • DOI

      10.4230/LIPIcs.ISAAC.2019.40

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] On the Size of Overlapping Lempel-Ziv and Lyndon Factorizations2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Urabe, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 雑誌名

      Proceedings of the 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019)

      巻: LIPIcs 128 ページ: 29:1-29:11

    • DOI

      10.4230/LIPIcs.CPM.2019.29

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Faster Queries for Longest Substring Palindrome After Block Edit2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuru Funakoshi, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 雑誌名

      Proceedings of the 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019)

      巻: LIPIcs 128 ページ: 27:1-27:13

    • DOI

      10.4230/LIPIcs.CPM.2019.27

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Computing Runs on a Trie2019

    • 著者名/発表者名
      Ryo Sugahara, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 雑誌名

      Proceedings of the 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019)

      巻: LIPIcs 128 ページ: 23:1-23:11

    • DOI

      10.4230/LIPIcs.CPM.2019.23

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Indexing the Bijective BWT2019

    • 著者名/発表者名
      Hideo Bannai, Juha Karkkainen, Dominik Koeppl, Marcin Piatkowski
    • 雑誌名

      Proceedings of the 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019)

      巻: LIPIcs 128 ページ: 17:1-17:14

    • DOI

      10.4230/LIPIcs.CPM.2019.17

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] k-Abelian Pattern Matching: Revisited, Corrected, and Extended2019

    • 著者名/発表者名
      Golnaz Badkobeh, Hideo Bannai, Maxime Crochemore, Tomohiro I, Shunsuke Inenaga, Shiho Sugimoto
    • 雑誌名

      Proceedings of Prague Stringology Conference 2019

      巻: - ページ: 29-40

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Computing Maximal Palindromes and Distinct Palindromes in a Trie2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuru Funakoshi, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 雑誌名

      Proceedings of Prague Stringology Conference 2019

      巻: - ページ: 3-15

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time2019

    • 著者名/発表者名
      Jarno Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
    • 雑誌名

      Proceedings of the 19th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2019)

      巻: LIPIcs 143 ページ: 8:1-8:9

    • DOI

      doi.org/10.4230/LIPIcs.WABI.2019.8

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Faster STR-EC-LCS Computation2020

    • 著者名/発表者名
      Yamada Kohei、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 学会等名
      46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics (SOFSEM 2020)
    • 国際学会
  • [学会発表] Minimal Unique Substrings and Minimal Absent Words in a Sliding Window2020

    • 著者名/発表者名
      Mieno Takuya、Kuhara Yuki、Akagi Tooru、Fujishige Yuta、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 学会等名
      46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics (SOFSEM 2020)
    • 国際学会
  • [学会発表] The Parameterized Position Heap of a Trie2019

    • 著者名/発表者名
      Fujisato Noriki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 学会等名
      11th International Conference on Algorithms and Complexity (CIAC 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] Direct Linear Time Construction of Parameterized Suffix and LCP Arrays for Constant Alphabets2019

    • 著者名/発表者名
      Fujisato Noriki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 学会等名
      26th International Symposium String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] On Longest Common Property Preserved Substring Queries2019

    • 著者名/発表者名
      Kai Kazuki、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki、Kociumaka Tomasz
    • 学会等名
      26th International Symposium String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] Compact Data Structures for Shortest Unique Substring Queries2019

    • 著者名/発表者名
      Mieno Takuya、Koeppl Dominik、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 学会等名
      26th International Symposium String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] Shortest Unique Palindromic Substring Queries on Run-Length Encoded Strings2019

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Kiichi、Nakashima Yuto、Inenaga Shunsuke、Bannai Hideo、Takeda Masayuki
    • 学会等名
      30th Internal Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] On the Size of Overlapping Lempel-Ziv and Lyndon Factorizations2019

    • 著者名/発表者名
      Yuki Urabe, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 学会等名
      30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] Faster Queries for Longest Substring Palindrome After Block Edit2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuru Funakoshi, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 学会等名
      30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] Computing Runs on a Trie2019

    • 著者名/発表者名
      Ryo Sugahara, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 学会等名
      30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] Indexing the Bijective BWT2019

    • 著者名/発表者名
      Hideo Bannai, Juha Karkkainen, Dominik Koeppl, Marcin Piatkowski
    • 学会等名
      30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] k-Abelian Pattern Matching: Revisited, Corrected, and Extended2019

    • 著者名/発表者名
      Golnaz Badkobeh, Hideo Bannai, Maxime Crochemore, Tomohiro I, Shunsuke Inenaga, Shiho Sugimoto
    • 学会等名
      Prague Stringology Conference 2019
    • 国際学会
  • [学会発表] Computing Maximal Palindromes and Distinct Palindromes in a Trie2019

    • 著者名/発表者名
      Mitsuru Funakoshi, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 学会等名
      Prague Stringology Conference 2019
    • 国際学会
  • [学会発表] Finding All Maximal Perfect Haplotype Blocks in Linear Time2019

    • 著者名/発表者名
      Jarno Alanko, Hideo Bannai, Bastien Cazaux, Pierre Peterlongo, Jens Stoye
    • 学会等名
      19th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2019)
    • 国際学会
  • [学会発表] An Improved Data Structure for Left-Right Maximal Generic Words Problem2019

    • 著者名/発表者名
      Yuta Fujishige, Yuto Nakashima, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda
    • 学会等名
      30th International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2019)
    • 国際学会

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公開日: 2021-01-27  

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