| 研究課題/領域番号 |
16H02902
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| 研究機関 | 国立研究開発法人理化学研究所 |
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研究代表者 |
川路 英哉 国立研究開発法人理化学研究所, 情報基盤センター, 開発ユニットリーダー (20525406)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2021-03-31
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| キーワード | transcriptome / TSS / promoter / enahncer / epigenetics / nucleosome |
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| 研究実績の概要 |
近位・遠位より転写に影響を与えるプロモータ・エンハンサーのサブクラスを始めとする様々な 転写制御領域における転写開始活性の数理的構造抽出のための基盤として、様々な細胞における転写開始活性データの統合を実施した (Lizio M et al. Nucleic Acids Res. 45:D737-D743, 2017)。このデータを用い、公開されているエピジェネティクス・データの一部との統合解析を予備検討として実施した。またこれと並行して、国際会議への参加等を通じ、転写開始活性とその解析法に関する基礎検討を実施した。転写開始・転写制御の構造的基盤を明らかにする高解像度ヌクレオソームプロファイルについては、これを取得する準備作業を実施した。本研究においてはプロモータ領域のみでなくエンハンサー領域をも視野に入れているが、エンハンサー活性は一般的に発現が低く測定が難しいことが知られている。そこで、これの精密な測定が期待される細胞を選定した。その上で、細胞の準備を行うと共に、次世代シーケンサーによって高解像度ヌクレオソームプロファイルを得る実験準備を行った。
今後は、高解像度ヌクレオソームプロファイルのデータ処理を実施すると共に、これの処理法の検討を実施する。その上で、予備検討において試みた転写開始活性との統合解析を本データへ適用する。数理構造抽出に関する新たなアプローチも模索すると共に、上記を補完する実験データ取得も検討する。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
近位・遠位より転写に影響を与えるプロモータ・エンハンサーのサブクラスを始めとする様々な 転写制御領域における転写開始活性の数理的構造抽出のための基盤として、様々な細胞における転写開始活性データの統合を実施した (Lizio M et al. Nucleic Acids Res. 45:D737-D743, 2017)。このデータを用い、公開されているエピジェネティクス・データの一部との統合解析を予備検討として実施した。またこれと並行して、国際会議への参加等を通じ、転写開始活性とその解析法に関する基礎検討を実施した。転写開始・転写制御の構造的基盤を明らかにする高解像度ヌクレオソームプロファイルについては、これを取得する準備作業を実施した。本研究においてはプロモータ領域のみでなくエンハンサー領域をも視野に入れていることから、一般的に発現が低くて測定の難しいエンハンサー活性について、これの精密な測定結果をも得られるような細胞を選定した。その上で、細胞の準備を行うと共に、次世代シーケンサーによるデータ産出を実施する準備を行った。
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| 今後の研究の推進方策 |
今後は、高解像度ヌクレオソームプロファイルのデータ処理を実施すると共に、これの処理法の検討を実施する。その上で、予備検討において試みた転写開始活性との統合解析を本データへ適用する。数理構造抽出に関する新たなアプローチも模索すると共に、上記を補完する実験データ取得も検討する。
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