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2018 年度 実績報告書

新奇酵素、鉄硫黄フラボプロテイン・シトクロム脱水素酵素の分子機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16H04175
研究機関東京農工大学

研究代表者

早出 広司  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 客員教授 (10187883)

研究分担者 吉田 裕美  香川大学, 総合生命科学研究センター, 准教授 (10313305)
山崎 智彦  国立研究開発法人物質・材料研究機構, 機能性材料研究拠点, 主幹研究員 (50419264)
津川 若子  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (80376871)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード直接電子移動 / グルコース脱水素酵素 / 鉄硫黄クラスタ / ヘムc / 分子内電子伝達 / 分子間電子伝達
研究実績の概要

鉄硫黄フラボプロテイン・シトクロムグルコース脱水素酵素αβγ複合体の結晶構造解析を進めた。しかし、複合体の結晶は得られたものの、構造解析が行えるだけのX線回折パターンを得ることができなかった。さらにβサブユニット単独のタンパク質試料を調製し、その結晶化を試みたが、同様に構造解析が行えるだけの結晶試料が得られなかった。一方で、全長のβサブユニットと相同性を有するタンパク質は現在PDBには見出すことができなかったが、N末から3番目のヘムが結合しているドメイン(ヘム3)領域については30%程度の相同性を有するタンパク質が見いだされた。そこでヘム3の構造を予測し、ヘム3だけから構成されるtruncatedβサブユニットをデザインし、γαサブユニットとの複合体を組み換え生産した。その結果、三者が会合体を形成し、触媒サブユニットからヘム3への電子伝達が確認され、正常に還元的半反応ならびに外部電子受容体を用いた酸化的半反応が観察された。さらに同複合体が直接電子移動反応を示した。全長のβサブユニットおよびtruncatedβサブユニットを含む会合体の酸化還元電位滴定を行うことで、それぞれのヘムの酸化還元電位を推察した。その結果、ヘム3⇒ヘム2⇒ヘム1へと電子が流れるような酸化還元電位にてそれぞれのヘムが存在することがあきらかになった。以上のことから、ヘム3は触媒サブユニットから電子を受け取るヘムドメインであることが明らかとなり、さらに同ドメインが会合体をつくために必要な構造を含んでいることがあきらかとなった。おそらくヘム2およびヘム1の領域は触媒サブユニットと直接相互作用していないことから、水溶液中では一定の構造を形成していないことが結晶化を困難としている原因であると推察された。また、鉄硫黄クラスタがFADの共有結合を形成する際に重要な役割を担っていることも変異酵素解析から示唆された。

現在までの達成度 (段落)

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (6件)

すべて 2018 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [国際共同研究] Univ. North Carolina at Chapel Hill/North Carolina State Univeristy(米国)

    • 国名
      米国
    • 外国機関名
      Univ. North Carolina at Chapel Hill/North Carolina State Univeristy
  • [雑誌論文] Construction and characterization of FAD glucose dehydrogenase complex harboring truncated electron transfer subunit2018

    • 著者名/発表者名
      Junko Okuda-Shimazaki, Noya Loew, Nana Hirose, Katsuhiro Kojima, Kazushige Mori, Wakako Tsugawa, Koji SODE
    • 雑誌名

      Electrochimica Acta

      巻: 277 ページ: 276-286

    • DOI

      10.1016/j.electacta.2018.04.060

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Direct electron transfer (DET) mechanism of FAD dependent dehydrogenase complexes ; from the elucidation of intra- and inter-molecular electron transfer pathway to the construction of engineered DET enzyme complexes2018

    • 著者名/発表者名
      Yuki Yamashita, Inyoung Lee, Noya Loew, Koji SODE
    • 雑誌名

      Current Opinion in Electrochemistry

      巻: 12 ページ: 92-100

    • DOI

      10.1016/j.coelec.2018.07.013

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Understanding and Exploiting Direct Electron Transfer Type Glucose Dehydrogenase Complex Dedicating for Innovative Biosensing Technologies2018

    • 著者名/発表者名
      Koji SODE, Hiromi Yoshida,, Junko Okuda-Shimazaki, Noya Loew, Katsuhiro Kojima, Kazushige Mori, Wakako Tsugawa
    • 学会等名
      28th Anniversary World Congress on Biosensors
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Burkholderia cepacia 由来FADグルコース脱水素酵素のX線結晶構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      吉田裕美,小嶋勝博,神鳥成弘,早出広司
    • 学会等名
      蛋白質科学会
  • [学会発表] X-ray structure of the direct electron transfer type FAD-dependent glucose dehydrogenase from Burkholderia cepacia2018

    • 著者名/発表者名
      Hiromi Yoshida, Katsuhiro Kojima, Shigehiro Kamitori, Koji Sode
    • 学会等名
      Enzymes, biocatalysis and chemical biology;EMBO Workshop
    • 国際学会

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公開日: 2019-12-27  

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