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2016 年度 実績報告書

無酸素環境を利用した鉄硫黄クラスターの生合成機構および新規機能の解析

研究課題

研究課題/領域番号 16H04754
研究機関宮崎大学

研究代表者

和田 啓  宮崎大学, 医学部, 准教授 (80379304)

研究分担者 高橋 康弘  埼玉大学, 理工学研究科, 教授 (10154874)
藤田 祐一  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (80222264)
福山 恵一  大阪大学, 工学研究科, 招へい研究員 (80032283)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2020-03-31
キーワード鉄硫黄クラスター / 結晶構造 / 無酸素実験
研究実績の概要

鉄硫黄クラスター(Fe-S)は、酸素に脆弱なタンパク質コファクターである。Fe-S クラスターが生体内において、どこでどのように生合成されるのか、その分子機構解明は遅々として進んでいない。この原因は、Fe-S クラスターの酸素へ不安定性にあり、遺伝学的には生合成マシナリー群は同定されたものの、合成途上のクラスターを実験的に捉えた例は皆無である。
本課題では、細胞内をミミックした無酸素条件下での機能解析を遂行し、クラスター合成反応を試験管内でコントロールする新たな系(無細胞"ex situ"系)を確立することを目指している。さらに、ダイナミックな構造変化を伴う生合成コア複合体の動きを固定・制御することで、多段階に亘る合成途上の中間体クラスターをトラップし、それらの配位構造から生合成メカニズムを解き明かす。また、無細胞クラスター合成系を利用した新規センサーFe-S タンパク質 CnfR の構造機能解析も展開する。これらの目的を達成するために、本年度は以下の項目を実施した。
・Fe-Sクラスター合成複合体にさまざまな変異を導入し、機能に必要な残基をin vivoアッセイによりスクリーニングした。さらに、幾つかの変異コア複合体を大量に精製し分析した結果、Fe-Sクラスターの生合成に必要な材料(硫黄)をトラップした状態の複合体を作製することに成功した。
・新規センサータンパク質である CnfR の大腸菌における発現系を構築した。発現したCnfRを酸素条件下での精製すると、不安定なFe-Sクラスターは崩壊し、アポ型CnfRを得ることができた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

平成28度の計画書では、[1]コア複合体におけるFe-S クラスター中間状態をトラップ、[2]CnfR の大腸菌における発現系を構築を掲げていた。途中、菌体ストックしていた超低温フリーザーの故障により、予想外の遅れを生じた。研究計画を見直し、5ヶ月程の計画後ろ倒しに変更して進めることにした。これ以降の計画は、順調に進んでいる。

今後の研究の推進方策

今後は、無酸素環境下でのコア複合体およびCnfRの精製を実施しながら、得られた精製蛋白質を用いた結晶化スクリーニングを並行して進める予定である。この際、結晶化スクリーニングでは専用ロボットを活用することで、必要サンプル量および作業時間を大幅に削減することを図り、効率的な研究推進を目指す。

  • 研究成果

    (12件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (8件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] A substrate-bound structure of cyanobacterial biliverdin reductase identifies stacked substrates as critical for activity2017

    • 著者名/発表者名
      Takao Haruna、Hirabayashi Kei、Nishigaya Yuki、Kouriki Haruna、Nakaniwa Tetsuko、Hagiwara Yoshinori、Harada Jiro、Sato Hideaki、Yamazaki Toshimasa、Sakakibara Yoichi、Suiko Masahito、Asada Yujiro、Takahashi Yasuhiro、Yamamoto Ken、Fukuyama Keiichi、Sugishima Masakazu、Wada Kei
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 8 ページ: 14397~14397

    • DOI

      10.1038/ncomms14397

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Atomic-resolution structure of the phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase I86D mutant in complex with fully protonated biliverdin2016

    • 著者名/発表者名
      Hagiwara Yoshinori、Wada Kei、Irikawa Teppei、Sato Hideaki、Unno Masaki、Yamamoto Ken、Fukuyama Keiichi、Sugishima Masakazu
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 590 ページ: 3425~3434

    • DOI

      10.1002/1873-3468.12387

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Phosphonate-based irreversible inhibitors of human γ-glutamyl transpeptidase (GGT). GGsTop is a non-toxic and highly selective inhibitor with critical electrostatic interaction with an active-site residue Lys562 for enhanced inhibitory activity2016

    • 著者名/発表者名
      Kamiyama Akane、Nakajima Mado、Han Liyou、Wada Kei、Mizutani Masaharu、Tabuchi Yukiko、Kojima-Yuasa Akiko、Matsui-Yuasa Isao、Suzuki Hideyuki、Fukuyama Keiichi、Watanabe Bunta、Hiratake Jun
    • 雑誌名

      Bioorganic & Medicinal Chemistry

      巻: 24 ページ: 5340~5352

    • DOI

      10.1016/j.bmc.2016.08.050

    • 査読あり
  • [雑誌論文] ビリン還元酵素PcyAと基質ビリベルジン複合体の中性子結晶構造解析で見えてきたもの2016

    • 著者名/発表者名
      海野昌喜、日下勝弘、玉田太郎、杉島正一、和田啓、萩原義徳、福山恵一
    • 雑誌名

      日本中性子科学会誌「波紋」

      巻: 26 ページ: 130~134

  • [学会発表] 窒素固定性シアノバクテリアLeptolyngbya boryanaの窒素固定遺伝子発現に必須の転 写活性化タンパク質CnfRのDNA結合2017

    • 著者名/発表者名
      橋本薫槻、山川壽伯、辻本良真、和田啓、藤田祐一
    • 学会等名
      第58回日本植物生理学会年会
  • [学会発表] ヒドロキシメチルビラン合成酵素-阻害剤複合体の結晶構造解析2016

    • 著者名/発表者名
      佐藤 秀明,杉島 正一、塚口 舞、増子 隆博、小俣 義明、和田 啓、久枝 良 雄、山本 健、野口 正人
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] グルタチオン分解を担うγ-グルタミルトランスペプチダーゼの阻害剤結合構造および 基質認識機構2016

    • 著者名/発表者名
      和田啓、平林佳、李春傑、髙尾春奈、鈴木英之、平竹潤、福山恵一
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
  • [学会発表] I86D変異フィコシアノビリン:フェレドキシン還元酵素(PcyA)の精密構造解析から見え てきた活性部位周辺酸性残基の水素化状態2016

    • 著者名/発表者名
      萩原義徳、和田啓、入川鉄平、佐藤秀明、海野昌喜、山本健、福山恵一、杉島正 一
    • 学会等名
      第89回日本生化学会年会
  • [学会発表] グルタチオン代謝を担うγ-グルタミルトランスペプチダーゼの立体構造と反応機構2016

    • 著者名/発表者名
      和田 啓
    • 学会等名
      第89回日本生化学会年会
  • [学会発表] 鉄硫黄クラスター生合成系の中核成分SufBCD複合体の遺伝生化学的解析2016

    • 著者名/発表者名
      湯田瑛樹、田中尚志、平林佳、福山恵一、和田啓、高橋康弘
    • 学会等名
      第89回日本生化学会年会
  • [学会発表] ヒト由来γ-グルタミルトランスペプチダーゼ-基質アナログ複合体の結晶構造2016

    • 著者名/発表者名
      高尾春奈,鈴木秀之,福山恵一,平竹潤, 和田啓
    • 学会等名
      第89回日本生化学会年会
  • [学会発表] Neutron Crystallographic Study of a Bilin Reductase, PcyA2016

    • 著者名/発表者名
      Masaki Unno, Masakazu Sugishima, Kei Wada, Yoshinori Hagiwara, Katsuhiro Kusaka, Taro Tamada, Keisuke Igarashi, and Keiichi Fukuyama
    • 学会等名
      the 2016 Asian Crystallographic Association Meeting(AsCA 2016)
    • 招待講演

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公開日: 2018-12-17  

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