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2017 年度 実績報告書

分岐型糖鎖とレクチンの相互作用に関する構造生物学研究

研究課題

研究課題/領域番号 16H04758
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

山口 芳樹  国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 研究員 (90323451)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
キーワード糖鎖 / ダイナミクス / レクチン / NMR / X線結晶構造解析 / 分子動力学計算
研究実績の概要

ジャカリン様マンノースレクチンファミリーに属するレクチンは共通のフォールドを有しているにもかかわらず、それぞれ固有の糖鎖結合特異性を有している。その結合多様性をもたらす構造基盤は不明である。本研究では、ジャカリン様マンノースレクチンと分岐糖鎖の相互作用解析を行った。Calsepaはジャカリン様マンノースレクチンファミリーに属するレクチンであり、バイセクト型分岐糖鎖に対して親和性を有する。これまでの解析からCalsepaはバイセクト型糖鎖の特徴的な折れ曲がり型構造を認識して相互作用することを明らかにしていたが、今回の解析によりCalsepaはバイセクトGlcNAcを持たない2本鎖糖鎖に対してもその折れ曲がり構造を認識していることを明らかにした。このことはCalsepaがバイセクトGlcNAcを直接認識して親和性に寄与しているというよりはむしろ、糖鎖の折れ曲がり構造を認識して結合していることを強く示唆している。一方、同じくジャカリン様マンノースレクチンファミリーに属するOrysataは高マンノース型糖鎖および1-6分枝が伸長した2本鎖複合型糖鎖と結合する。構造解析を行ったところ、OrysataもCalsepaと同様に2本鎖複合型糖鎖を挟み込むように相互作用していたが、結晶構造からはOrysataのリガンド結合特異性を十分説明できるものではなかった。そのため分子動力学計算を行ったところ、Orysataは1-3分枝・1-6分枝のいずれも認識することが可能であり、特に1-3分枝がOrysataと直接相互作用している際に1-6分枝が糖鎖のコア部分に折れ曲がって糖鎖内相互作用を実現し、系の安定化に寄与していることが明らかになった。これは直接レクチンと相互作用していない領域が親和性に寄与することを示しており、分岐糖鎖とレクチンの相互作用を考察する上で重要な知見を得ることができた。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

マンノース結合レクチンの複雑な糖鎖結合特異性の構造基盤の解明に成功しており、おおむね当初の計画目標を達成している。

今後の研究の推進方策

多分岐型糖鎖の構造とレクチンによる認識についての解析に着手する。また糖鎖リガンド結合にともなうシグナル伝達のメカニズムについて定量的な解析を進める。

  • 研究成果

    (26件)

すべて 2017

すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 5件、 査読あり 13件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 5件、 招待講演 5件) 図書 (1件)

  • [雑誌論文] Distinct roles for each N-glycan branch interacting with mannose-binding type Jacalin-related lectins Orysata and Calsepa2017

    • 著者名/発表者名
      Nagae Masamichi、Mishra Sushil K、Hanashima Shinya、Tateno Hiroaki、Yamaguchi Yoshiki
    • 雑誌名

      Glycobiology

      巻: 27 ページ: 1120~1133

    • DOI

      10.1093/glycob/cwx081

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] A keratan sulfate disaccharide prevents inflammation and the progression of emphysema in murine models2017

    • 著者名/発表者名
      Gao C, Fujinawa R, Yoshida T, Ueno M, Ota F, Kizuka Y, Hirayama T, Korekane H, Kitazume S, Maeno T, Ohtsubo K, Yoshida K, Yamaguchi Y, Lepenies B, Aretz J, Rademacher C, Kabata H, Hegab AE, Seeberger PH, Betsuyaku T, Kida K, Taniguchi N
    • 雑誌名

      American Journal of Physiology-Lung Cellular and Molecular Physiology

      巻: 312 ページ: L268~L276

    • DOI

      10.1152/ajplung.00151.2016

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Sialylation of extracellular superoxide dismutase (EC-SOD) enhances furin-mediated cleavage and secretion2017

    • 著者名/発表者名
      Ota Fumi、Kizuka Yasuhiko、Nakano Miyako、Yamaguchi Yoshiki、Kitazume Shinobu、Ookawara Tomomi、Taniguchi Naoyuki
    • 雑誌名

      Glycobiology

      巻: 27 ページ: 1081~1088

    • DOI

      10.1093/glycob/cwx087

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An Alkynyl-Fucose Halts Hepatoma Cell Migration and Invasion by Inhibiting GDP-Fucose-Synthesizing Enzyme FX, TSTA32017

    • 著者名/発表者名
      Kizuka Yasuhiko、Nakano Miyako、Yamaguchi Yoshiki、Nakajima Kazuki、Oka Ritsuko、Sato Keiko、Ren Chien-Tai、Hsu Tsui-Ling、Wong Chi-Huey、Taniguchi Naoyuki
    • 雑誌名

      Cell Chemical Biology

      巻: 24 ページ: 1467~1478.e5

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2017.08.023

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Synthesis of a biotinylated keratan sulfate tetrasaccharide composed of dimeric Galβ1-4GlcNAc6Sβ2017

    • 著者名/発表者名
      Takeda-Okuda Naoko、Yamaguchi Yoshiki、Uzawa Jun、Tamura Jun-ichi
    • 雑誌名

      Carbohydrate Research

      巻: 452 ページ: 97~107

    • DOI

      10.1016/j.carres.2017.09.005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] A unique glycan-isoform of transferrin in cerebrospinal fluid: A potential diagnostic marker for neurological diseases2017

    • 著者名/発表者名
      Hoshi Kyoka、Matsumoto Yuka、Ito Hiromi、Saito Kiyoshi、Honda Takashi、Yamaguchi Yoshiki、Hashimoto Yasuhiro
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      巻: 1861 ページ: 2473~2478

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.07.005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Novel missense mutation in DLL4 in a Japanese sporadic case of Adams?Oliver syndrome2017

    • 著者名/発表者名
      Nagasaka Miwako、Taniguchi-Ikeda Mariko、Inagaki Hidehito、Ouchi Yuya、Kurokawa Daisuke、Yamana Keiji、Harada Risa、Nozu Kandai、Sakai Yoshitada、Mishra Sushil K、Yamaguchi Yoshiki、Morioka Ichiro、Toda Tatsushi、Kurahashi Hiroki、Iijima Kazumoto
    • 雑誌名

      Journal of Human Genetics

      巻: 62 ページ: 851~855

    • DOI

      10.1038/jhg.2017.48

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Simple Gd3+-Neu5NAc complexation results in NMR chemical shift asymmetries of structurally equivalent complex-type N-glycan branches2017

    • 著者名/発表者名
      Usachev Konstantin、Yamaguchi Yoshiki、Takamatsu Masayuki、Pavlova Nataliya、Klochkov Vladimir、Kurbangalieva Almira、Murase Takefumi、Shimoda Taiji、Tanaka Katsunori
    • 雑誌名

      The Analyst

      巻: 142 ページ: 2897~2900

    • DOI

      10.1039/c7an00817a

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Disruption of the structural and functional features of surfactant protein A by acrolein in cigarette smoke2017

    • 著者名/発表者名
      Takamiya Rina、Uchida Koji、Shibata Takahiro、Maeno Toshitaka、Kato Masaki、Yamaguchi Yoshiki、Ariki Shigeru、Hasegawa Yoshihiro、Saito Atsushi、Miwa Soichi、Takahashi Hiroki、Akaike Takaaki、Kuroki Yoshio、Takahashi Motoko
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 7 ページ: 8304

    • DOI

      10.1038/s41598-017-08588-5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Reactivity of anti-HNK-1 antibodies to branched O- mannose glycans associated with demyelination2017

    • 著者名/発表者名
      Sakuda Kanoko、Kizuka Yasuhiko、Yamaguchi Yoshiki、Tanaka Katsunori、Ogiwara Ken、Segawa Tatsuya、Hagiwara Yoshiaki、Matsuo Ichiro、Ogawa Haruko、Taniguchi Naoyuki、Kitazume Shinobu
    • 雑誌名

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      巻: 487 ページ: 450~456

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2017.04.085

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallographic analysis of murine p24γ2 Golgi dynamics domain2017

    • 著者名/発表者名
      Nagae Masamichi、Liebschner Dorothee、Yamada Yusuke、Morita-Matsumoto Kana、Matsugaki Naohiro、Senda Toshiya、Fujita Morihisa、Kinoshita Taroh、Yamaguchi Yoshiki
    • 雑誌名

      Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

      巻: 85 ページ: 764~770

    • DOI

      10.1002/prot.25242

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 3D structural analysis of protein O-mannosyl kinase, POMK, a causative gene product of dystroglycanopathy2017

    • 著者名/発表者名
      Nagae Masamichi、Mishra Sushil K.、Neyazaki Makiko、Oi Rika、Ikeda Akemi、Matsugaki Naohiro、Akashi Satoko、Manya Hiroshi、Mizuno Mamoru、Yagi Hirokazu、Kato Koichi、Senda Toshiya、Endo Tamao、Nogi Terukazu、Yamaguchi Yoshiki
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: 22 ページ: 348~359

    • DOI

      10.1111/gtc.12480

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evaluation of blood-brain barrier function by quotient alpha2 macroglobulin and its relationship with interleukin-6 and complement component 3 levels in neuropsychiatric systemic lupus erythematosus2017

    • 著者名/発表者名
      Asano Tomoyuki、Ito Hiromi、Kariya Yoshinobu、Hoshi Kyoka、Yoshihara Akioh、Ugawa Yoshikazu、Sekine Hideharu、Hirohata Shunsei、Yamaguchi Yoshiki、Sato Shuzo、Kobayashi Hiroko、Migita Kiyoshi、Ohira Hiromasa、Hashimoto Yasuhiro、Watanabe Hiroshi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 12 ページ: e0186414

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0186414

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] ありふれた糖鎖がシグナルになる秘密:CLEC-2の立体構造から学ぶ2017

    • 著者名/発表者名
      山口芳樹
    • 学会等名
      第3回レクチン利用技術研究会
    • 招待講演
  • [学会発表] Mammalian C-type lectin receptors: ligand recognition and signaling2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Yamaguchi
    • 学会等名
      ACADEMIA Sinica symposium
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Cooperative ligand binding of a C-type lectin like receptor Dectin-12017

    • 著者名/発表者名
      Hari P. Dulal, Shinya Hanashima and Yoshiki Yamaguchi
    • 学会等名
      RIKEN-Max Planck Joint Research Center for Systems Chemical Biology, 6th Annual Symposium
    • 国際学会
  • [学会発表] 抗体-薬物複合体(ADC)の均一合成の試み: 現状の問題点と今後2017

    • 著者名/発表者名
      山口芳樹
    • 学会等名
      44回BMSコンファレンス(BMS2017)
    • 招待講演
  • [学会発表] 糖鎖改変を利用した抗体・薬物複合体の合成の試み2017

    • 著者名/発表者名
      山口芳樹
    • 学会等名
      バイオ医療セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] ENGaseを用いた抗体への糖鎖導入の条件検討2017

    • 著者名/発表者名
      山口芳樹
    • 学会等名
      第3回ENGase研究会
  • [学会発表] Dectin-1のβ-グルカン結合に伴う協同的なオリゴマー化の解析2017

    • 著者名/発表者名
      デュラル ハリ、安達禎之、大野尚仁、山口芳樹
    • 学会等名
      第36回 日本糖質学会年会
  • [学会発表] Cooperative ligand binding of a C-type lectin like receptor Dectin-12017

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Yamaguchi
    • 学会等名
      Glyco 24
    • 国際学会
  • [学会発表] Looking for glycan structure code from a structural biology approach2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Yamaguchi
    • 学会等名
      江南大学セミナー
    • 招待講演
  • [学会発表] Cooperative ligand binding of a C-type lectin like receptor Dectin-12017

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Yamaguchi
    • 学会等名
      Society For Glycobiology, Portland
    • 国際学会
  • [学会発表] 溶液NMR法によるtau凝集体と低分子化合物の相互作用解析2017

    • 著者名/発表者名
      山口芳樹、松本加奈、佐原成彦
    • 学会等名
      第56回NMR討論会
  • [学会発表] Structural Glycobiology: Glycan Structure, Dynamics and Interaction2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Yamaguchi
    • 学会等名
      Systems Glycobiology and Beyond
    • 国際学会
  • [図書] NMR in Glycoscience and Glycotechnology2017

    • 著者名/発表者名
      Yoshiki Yamaguchi, Hirokazu Yagi and Koichi Kato
    • 総ページ数
      402
    • 出版者
      Royal Society of Chemistry
    • ISBN
      978-1-78262-310-6

URL: 

公開日: 2019-12-27  

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